More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0543 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  100 
 
 		 223 aa  434  1e-121  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0980  rhomboid family protein  60.45 
 
 		 224 aa  259  2e-68  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0334  rhomboid family protein  55.67 
 
 		 235 aa  238  6.999999999999999e-62  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.589878  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0352  rhomboid family protein  55.67 
 
 		 235 aa  238  6.999999999999999e-62  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  47.03 
 
 		 226 aa  202  4e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  36.67 
 
 		 519 aa  116  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  40.44 
 
 		 365 aa  115  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  38.12 
 
 		 327 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  41.32 
 
 		 342 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  34.34 
 
 		 554 aa  112  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  40.72 
 
 		 342 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  37.58 
 
 		 541 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  39.53 
 
 		 386 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  40.12 
 
 		 356 aa  102  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  39.87 
 
 		 371 aa  100  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  38.46 
 
 		 523 aa  100  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  41.14 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  38.73 
 
 		 486 aa  98.6  7e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  41.3 
 
 		 487 aa  95.9  5e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  34.87 
 
 		 267 aa  95.9  5e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  41.3 
 
 		 487 aa  95.9  5e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  31.52 
 
 		 547 aa  95.1  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  31.52 
 
 		 541 aa  94.7  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  42.75 
 
 		 303 aa  94.7  9e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  37.14 
 
 		 389 aa  94.7  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  35.83 
 
 		 225 aa  93.6  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  36.27 
 
 		 283 aa  94  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  41.3 
 
 		 303 aa  92.4  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1048  rhomboid family protein  40 
 
 		 511 aa  92  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04802  hypothetical protein  33.16 
 
 		 569 aa  91.3  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113999 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  34.07 
 
 		 227 aa  91.3  1e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  35.05 
 
 		 287 aa  90.9  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9252  predicted protein  33.52 
 
 		 261 aa  89.7  3e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00301456  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2212  Rhomboid family protein  38.36 
 
 		 234 aa  89.7  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00605445  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  37.16 
 
 		 236 aa  89  5e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  36.77 
 
 		 268 aa  88.2  8e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  34.78 
 
 		 358 aa  88.2  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  36.59 
 
 		 224 aa  87.8  1e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1208  rhomboid family protein  31.18 
 
 		 219 aa  85.9  5e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102271  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  37.27 
 
 		 579 aa  85.1  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2194  rhomboid family protein  35.37 
 
 		 489 aa  84.7  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456574 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15482  predicted protein  35.85 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6351  Rhomboid family protein  36.57 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.704682 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  38.52 
 
 		 525 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  35.29 
 
 		 513 aa  82.4  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  42.19 
 
 		 281 aa  82  0.000000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  34.64 
 
 		 271 aa  80.5  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  33.1 
 
 		 279 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  43 
 
 		 520 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  34.15 
 
 		 273 aa  79.3  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  33.1 
 
 		 528 aa  79  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  43 
 
 		 520 aa  79  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  36.95 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0176  membrane-associated serine protease  29.9 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001752  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  41.96 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  32.86 
 
 		 356 aa  76.3  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  43.9 
 
 		 515 aa  76.3  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  34.78 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  37.78 
 
 		 306 aa  75.9  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_42439  predicted protein  31.95 
 
 		 570 aa  75.9  0.0000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00659721  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0404  rhomboid family protein  36.89 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.613435  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  30.11 
 
 		 289 aa  75.5  0.0000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  30.21 
 
 		 348 aa  75.1  0.0000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  30.89 
 
 		 376 aa  73.6  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  32.67 
 
 		 315 aa  73.6  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  28.8 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1384  membrane-associated serine protease  33.16 
 
 		 228 aa  73.6  0.000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000348789  hitchhiker  4.81213e-16 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  28.8 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  29.39 
 
 		 248 aa  72.8  0.000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  28.79 
 
 		 258 aa  72.8  0.000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  35.66 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  34.78 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_5543  predicted protein  30.07 
 
 		 141 aa  70.5  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0202221  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1088  Rhomboid family protein  36.11 
 
 		 205 aa  70.9  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  37.93 
 
 		 220 aa  70.5  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  35.25 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  32.2 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0305  rhomboid-like protein  35.86 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  32.09 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  36.45 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  31.69 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0278  rhomboid family protein  35.86 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2750  rhomboid family protein  37.37 
 
 		 369 aa  69.3  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.717687 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  37.7 
 
 		 263 aa  68.9  0.00000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3276  Rhomboid family protein  34.44 
 
 		 430 aa  68.9  0.00000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  29 
 
 		 396 aa  68.9  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  32.95 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  32.74 
 
 		 282 aa  68.6  0.00000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  32.86 
 
 		 302 aa  68.6  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0786  rhomboid family protein  31.25 
 
 		 172 aa  68.2  0.00000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.169699  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2070  rhomboid family protein  30.26 
 
 		 224 aa  68.2  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122974  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  31.43 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47107  predicted protein  37.5 
 
 		 342 aa  67.8  0.0000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0432891  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39588  Rhomboid-related protein 1 (RRP) (Rhomboid-like protein 1)  33.33 
 
 		 556 aa  67  0.0000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0102742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  32.52 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  34.27 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  28.57 
 
 		 284 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  43.75 
 
 		 232 aa  66.2  0.0000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  34.19 
 
 		 359 aa  66.2  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0479  Rhomboid family protein  33.62 
 
 		 254 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000451425 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>