More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0278 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
65 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  87.69 
 
 
66 aa  118  3e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0945  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 
66 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000276652  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 
66 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000200134  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.78 
 
 
66 aa  107  8.000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 
66 aa  106  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 
66 aa  106  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
65 aa  102  2e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 
83 aa  100  7e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.13 
 
 
67 aa  98.6  2e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  79.37 
 
 
68 aa  98.6  3e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 
67 aa  97.8  4e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  72.58 
 
 
65 aa  98.2  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
65 aa  97.4  6e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  64.62 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  64.62 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  64.62 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  64.62 
 
 
67 aa  97.1  8e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  64.62 
 
 
65 aa  96.7  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  64.62 
 
 
65 aa  96.7  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  64.62 
 
 
65 aa  96.7  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.97 
 
 
65 aa  96.3  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2017  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 
65 aa  95.9  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.679038  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  63.08 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1072  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
68 aa  95.1  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000253624  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  63.08 
 
 
67 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  68.18 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  68.18 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  68.18 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  68.18 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  66.67 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.74 
 
 
66 aa  94.4  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.21 
 
 
66 aa  94.4  4e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  66.67 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  68.18 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  68.18 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.25 
 
 
67 aa  94.4  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2223  cold-shock DNA-binding protein family  64.62 
 
 
65 aa  94.4  5e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000339527  decreased coverage  1.60158e-22 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  68.18 
 
 
69 aa  94  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 
69 aa  94  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  68.18 
 
 
69 aa  94  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  68.18 
 
 
69 aa  94  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  68.18 
 
 
69 aa  94  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  68.18 
 
 
69 aa  94  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  68.18 
 
 
69 aa  94  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 
65 aa  94  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  68.18 
 
 
69 aa  94  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  68.18 
 
 
69 aa  94  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  70.31 
 
 
67 aa  93.6  9e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  68.18 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  68.18 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  64.52 
 
 
66 aa  92.8  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
65 aa  93.2  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  68.18 
 
 
69 aa  92  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
67 aa  92  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2955  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
68 aa  92  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  68.18 
 
 
69 aa  92  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2178  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
65 aa  92  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  68.25 
 
 
69 aa  92  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  68.25 
 
 
69 aa  92  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
67 aa  92  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  66.67 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
66 aa  91.7  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 
65 aa  91.7  3e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.13 
 
 
66 aa  92  3e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
68 aa  91.7  3e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05490  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 
68 aa  91.7  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.94484e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0892  cold-shock DNA-binding domain protein  68.25 
 
 
68 aa  91.3  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0880  cold shock protein  63.93 
 
 
66 aa  90.9  5e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000035682  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
92 aa  90.9  5e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.25 
 
 
68 aa  90.9  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  66.67 
 
 
69 aa  90.9  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  66.67 
 
 
69 aa  90.9  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  90.5  6e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.33 
 
 
66 aa  90.9  6e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  66.67 
 
 
69 aa  90.9  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.49 
 
 
66 aa  90.5  7e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
67 aa  90.5  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 
66 aa  90.1  8e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.21 
 
 
66 aa  90.1  8e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 
69 aa  90.1  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>