250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0041 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_0041  RNA polymerase factor sigma-70  100 
 
 
206 aa  408  1e-113  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0878225  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0232  RNA polymerase factor sigma-70  63.05 
 
 
207 aa  251  4.0000000000000004e-66  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0387  RNA polymerase factor sigma-70  56.84 
 
 
193 aa  228  5e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0403  RNA polymerase factor sigma-70  56.84 
 
 
193 aa  228  5e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.181976  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0346  RNA polymerase factor sigma-70  46.23 
 
 
212 aa  156  3e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0285516  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0088  RNA polymerase factor sigma-70  38.38 
 
 
219 aa  104  8e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000106454  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0093  RNA polymerase factor sigma-70  38.38 
 
 
219 aa  103  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000440627  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0104  RNA polymerase factor sigma-70  38.38 
 
 
218 aa  103  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.05753e-61 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0093  RNA polymerase factor sigma-70  38.38 
 
 
218 aa  103  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000966245  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0090  RNA polymerase factor sigma-70  38.38 
 
 
218 aa  103  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  8.822440000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0089  RNA polymerase factor sigma-70  38.38 
 
 
218 aa  103  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000740123  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5212  RNA polymerase factor sigma-70  38.38 
 
 
219 aa  103  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000000417002  unclonable  7.821880000000001e-26 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0093  RNA polymerase factor sigma-70  38.38 
 
 
218 aa  103  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000656402  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0090  RNA polymerase factor sigma-70  36.41 
 
 
238 aa  104  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0124  RNA polymerase factor sigma-70  38.38 
 
 
218 aa  103  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000124346  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0114  RNA polymerase factor sigma-70  38.38 
 
 
219 aa  104  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000174821  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0094  RNA polymerase factor sigma-70  36.41 
 
 
216 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000196498  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0088  RNA polymerase factor sigma-70  38.38 
 
 
220 aa  103  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000937894  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01000  RNA polymerase factor sigma-70  35.14 
 
 
215 aa  97.1  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000027918  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2728  RNA polymerase factor sigma-70  35.38 
 
 
223 aa  95.9  4e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.191075  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0192  RNA polymerase factor sigma-70  35.38 
 
 
216 aa  95.1  6e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000106571  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3319  RNA polymerase factor sigma-70  34.9 
 
 
214 aa  91.7  7e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000496723  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0850  RNA polymerase factor sigma-70  36.22 
 
 
214 aa  90.9  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000558431  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0176  RNA polymerase factor sigma-70  34.54 
 
 
213 aa  90.9  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000382421  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2418  RNA polymerase factor sigma-70  36.61 
 
 
215 aa  90.9  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000693947  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2059  RNA polymerase factor sigma-70  34.87 
 
 
214 aa  90.9  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.116438  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0198  RNA polymerase factor sigma-70  35.68 
 
 
214 aa  90.9  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000245155  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2732  RNA polymerase factor sigma-70  36.07 
 
 
215 aa  90.1  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.814856  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1693  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.11 
 
 
216 aa  86.7  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.355338  normal  0.202273 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0407  RNA polymerase factor sigma-70  33.51 
 
 
215 aa  85.5  5e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000161705  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0269  RNA polymerase factor sigma-70  34.59 
 
 
214 aa  85.1  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000122079  normal  0.0102214 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2351  RNA polymerase factor sigma-70  33.67 
 
 
216 aa  85.1  7e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0946718  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0402  RNA polymerase factor sigma-70  35 
 
 
217 aa  84.7  8e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  3.38021e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2479  RNA polymerase factor sigma-70  35.14 
 
 
217 aa  80.9  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000414905  hitchhiker  0.0088894 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2041  RNA polymerase factor sigma-70  32.67 
 
 
244 aa  80.9  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000162862  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16490  RNA polymerase factor sigma-70  30.15 
 
 
207 aa  80.1  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000101762  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2812  RNA polymerase factor sigma-70  28.02 
 
 
206 aa  66.6  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0140144  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3321  RNA polymerase factor sigma-70  28.57 
 
 
213 aa  63.9  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0397857  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3088  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22 
 
 
209 aa  62.4  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0544  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.61 
 
 
209 aa  62  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1140  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.92 
 
 
221 aa  60.8  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.311277  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1900  sporulation sigma factor SigE  39.42 
 
 
239 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  21.79 
 
 
206 aa  56.6  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1448  sigma factor RpoE (sigma 24)  24.16 
 
 
187 aa  56.6  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1648  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  30.24 
 
 
213 aa  57  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334042  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1030  sporulation sigma factor SigE  40.38 
 
 
239 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000129886  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1535  sigma factor RpoE (sigma 24)  24.16 
 
 
187 aa  55.5  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0517  sporulation sigma factor SigK  26.94 
 
 
244 aa  53.5  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3949  sporulation sigma factor SigE  40.38 
 
 
239 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000781708  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3755  sporulation sigma factor SigE  40.38 
 
 
239 aa  53.1  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00369355  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3646  sporulation sigma factor SigE  40.38 
 
 
239 aa  53.1  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000510031  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3663  sporulation sigma factor SigE  40.38 
 
 
239 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000395259  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3957  sporulation sigma factor SigE  40.38 
 
 
239 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000112899  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2553  sporulation sigma factor SigE  40.38 
 
 
239 aa  52.8  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000344705  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4043  sporulation sigma factor SigE  40.38 
 
 
239 aa  53.1  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123936  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1012  sporulation sigma factor SigK  35.78 
 
 
236 aa  53.1  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4005  sporulation sigma factor SigE  40.38 
 
 
239 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00100878  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3918  sporulation sigma factor SigE  40.38 
 
 
239 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000071882 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1236  sporulation sigma factor SigE  40.38 
 
 
239 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000024975  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1553  sporulation sigma factor SigE  39.76 
 
 
242 aa  52.8  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000347236  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3731  sporulation sigma factor SigE  40.62 
 
 
239 aa  52  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000278458  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1290  sporulation sigma factor SigE  37.89 
 
 
249 aa  51.6  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.63 
 
 
199 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.63 
 
 
199 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.37 
 
 
199 aa  50.4  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.13 
 
 
191 aa  50.4  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2015  sporulation sigma factor SigE  39.51 
 
 
235 aa  50.1  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.785691  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1733  sporulation sigma factor SigE  39.51 
 
 
235 aa  50.1  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0265453  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.63 
 
 
199 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.63 
 
 
199 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.63 
 
 
199 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.63 
 
 
199 aa  50.1  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0686  sporulation sigma factor SigE  38.24 
 
 
241 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.144622  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.63 
 
 
392 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1310  sporulation sigma factor SigE  33.33 
 
 
239 aa  48.9  0.00005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000184343  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1661  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  35.96 
 
 
253 aa  48.9  0.00005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.691015  normal  0.251698 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.6 
 
 
191 aa  48.9  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  24.06 
 
 
191 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.06 
 
 
191 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.06 
 
 
191 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  24.06 
 
 
191 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.06 
 
 
191 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.06 
 
 
191 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.06 
 
 
191 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.06 
 
 
191 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1501  sporulation sigma factor SigK  29.92 
 
 
231 aa  48.5  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0852  sporulation sigma factor SigE  39.33 
 
 
243 aa  48.5  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0114797  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  24.74 
 
 
192 aa  48.5  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.06 
 
 
191 aa  48.5  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4236  sporulation sigma factor SigK  28.16 
 
 
237 aa  48.1  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4084  sporulation sigma factor SigK  28.16 
 
 
237 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0778  sporulation sigma factor SigK  28.16 
 
 
237 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.377161  hitchhiker  0.0088749 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4459  sporulation sigma factor SigK  28.16 
 
 
237 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177817  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2423  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  26.53 
 
 
210 aa  48.1  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0647995  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4472  sporulation sigma factor SigK  28.16 
 
 
237 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4190  sporulation sigma factor SigK  28.16 
 
 
237 aa  48.1  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.06 
 
 
191 aa  48.5  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05860  sporulation sigma factor SigK  30.93 
 
 
232 aa  48.1  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000165586  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2062  sporulation sigma factor SigE  37.04 
 
 
243 aa  48.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000360983  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  24.06 
 
 
191 aa  48.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>