More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_3129 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  65.23 
 
 
554 aa  667  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  64.84 
 
 
551 aa  667  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  67.51 
 
 
548 aa  724  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  66.17 
 
 
582 aa  722  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  74.46 
 
 
574 aa  819  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  70.24 
 
 
555 aa  760  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  65.75 
 
 
553 aa  714  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  64.49 
 
 
549 aa  699  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  64.98 
 
 
551 aa  693  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 
554 aa  1090  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  66.23 
 
 
541 aa  693  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  64.98 
 
 
551 aa  693  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  68.93 
 
 
551 aa  712  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  54.6 
 
 
554 aa  559  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  53.75 
 
 
534 aa  559  1e-158  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  54.87 
 
 
526 aa  548  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  52.25 
 
 
535 aa  547  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  53.57 
 
 
526 aa  544  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  54.61 
 
 
523 aa  545  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  54.2 
 
 
539 aa  539  1e-152  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  51.33 
 
 
550 aa  533  1e-150  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  52.79 
 
 
540 aa  532  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  53.64 
 
 
529 aa  530  1e-149  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  53.36 
 
 
525 aa  528  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  54.03 
 
 
529 aa  526  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  52.73 
 
 
526 aa  518  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  52.9 
 
 
525 aa  520  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  51.6 
 
 
531 aa  509  1e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  53.5 
 
 
535 aa  509  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  48.29 
 
 
606 aa  496  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003138  High-affinity choline uptake protein BetT  56.13 
 
 
450 aa  489  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.29409e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  50 
 
 
538 aa  476  1e-133  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  47.07 
 
 
545 aa  463  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1282  transporter, BCCT family  45.91 
 
 
534 aa  461  1e-128  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  48.22 
 
 
667 aa  443  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  48.59 
 
 
583 aa  443  1e-123  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  45.97 
 
 
659 aa  439  1e-122  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  44.91 
 
 
657 aa  441  1e-122  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  46.17 
 
 
659 aa  441  1e-122  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  46.05 
 
 
656 aa  438  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  45.49 
 
 
661 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  44.27 
 
 
637 aa  430  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  44.42 
 
 
661 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  44.64 
 
 
660 aa  419  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  48.13 
 
 
520 aa  419  1e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  46.9 
 
 
668 aa  416  1e-115  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  46.41 
 
 
660 aa  418  1e-115  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  46.5 
 
 
658 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  46.5 
 
 
658 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  46.8 
 
 
667 aa  415  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  46.8 
 
 
667 aa  415  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  46.5 
 
 
658 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  46.6 
 
 
667 aa  414  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  46.8 
 
 
667 aa  415  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  43.37 
 
 
567 aa  410  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  44.19 
 
 
550 aa  409  1e-113  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  43.47 
 
 
553 aa  407  1e-112  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  45.93 
 
 
658 aa  407  1e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  46.8 
 
 
658 aa  409  1e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  41.06 
 
 
551 aa  407  1e-112  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  45.91 
 
 
658 aa  405  1e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  46.14 
 
 
664 aa  407  1e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  44.9 
 
 
573 aa  407  1e-112  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  47.15 
 
 
673 aa  408  1e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  45.72 
 
 
658 aa  404  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  44.55 
 
 
661 aa  404  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  45.53 
 
 
658 aa  400  1e-110  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  9.08403e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  42.57 
 
 
646 aa  401  1e-110  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  42.62 
 
 
584 aa  400  1e-110  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  8.57259e-11  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  43.89 
 
 
524 aa  401  1e-110  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  46.12 
 
 
661 aa  397  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  46.12 
 
 
658 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  42.83 
 
 
530 aa  394  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  41.73 
 
 
542 aa  389  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  1.08541e-06 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  44.31 
 
 
676 aa  389  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  43.28 
 
 
573 aa  391  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  43.56 
 
 
583 aa  387  1e-106  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  44.09 
 
 
490 aa  385  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  43.12 
 
 
698 aa  383  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  39.76 
 
 
526 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  44.31 
 
 
691 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  41.98 
 
 
644 aa  382  1e-104  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  41.68 
 
 
556 aa  380  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  42.58 
 
 
603 aa  379  1e-104  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  44.49 
 
 
673 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  44.05 
 
 
497 aa  376  1e-103  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  41.19 
 
 
685 aa  376  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  44.05 
 
 
676 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  40.04 
 
 
582 aa  379  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  40.04 
 
 
582 aa  379  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  42.97 
 
 
573 aa  377  1e-103  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  44.49 
 
 
541 aa  375  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  42.97 
 
 
582 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  42.94 
 
 
676 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  42.94 
 
 
676 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  41.5 
 
 
682 aa  378  1e-103  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  41.19 
 
 
503 aa  374  1e-102  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  42.74 
 
 
716 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  42.74 
 
 
676 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  42.74 
 
 
676 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>