153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1778 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  100 
 
 		 419 aa  857    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  35.31 
 
 		 402 aa  181  2e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  45.55 
 
 		 411 aa  163  7e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  29.72 
 
 		 427 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  30.82 
 
 		 393 aa  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  31.53 
 
 		 419 aa  147  3e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.49 
 
 		 388 aa  139  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.72 
 
 		 404 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  30.98 
 
 		 415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.15 
 
 		 412 aa  126  7e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  37.64 
 
 		 562 aa  125  1e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  41.36 
 
 		 406 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  25.52 
 
 		 435 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  25.74 
 
 		 417 aa  119  7e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  36.55 
 
 		 595 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  26.41 
 
 		 420 aa  110  5e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  25.39 
 
 		 404 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.65 
 
 		 411 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  32.08 
 
 		 469 aa  106  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.9 
 
 		 413 aa  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0873  restriction modification system DNA specificity subunit  25.85 
 
 		 375 aa  103  5e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  26.98 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.92 
 
 		 433 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  33.7 
 
 		 457 aa  100  6e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  30.57 
 
 		 374 aa  99  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  40.94 
 
 		 380 aa  97.8  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  24.34 
 
 		 397 aa  94.4  3e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  25.63 
 
 		 383 aa  88.6  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  25.63 
 
 		 423 aa  89  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.19 
 
 		 438 aa  88.6  2e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  26.05 
 
 		 401 aa  87.8  3e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  27.95 
 
 		 432 aa  87.8  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  24.43 
 
 		 439 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  35.88 
 
 		 387 aa  85.5  0.000000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.2 
 
 		 401 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.3 
 
 		 424 aa  81.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  27.24 
 
 		 417 aa  80.5  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  27.08 
 
 		 411 aa  80.5  0.00000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  27.08 
 
 		 411 aa  80.5  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  25.18 
 
 		 435 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  27.18 
 
 		 428 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  25.86 
 
 		 392 aa  73.2  0.000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  27.78 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  25.37 
 
 		 429 aa  70.5  0.00000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  35.34 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 		 402 aa  69.7  0.00000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  25.41 
 
 		 425 aa  68.9  0.0000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  26.2 
 
 		 434 aa  69.3  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  24.22 
 
 		 442 aa  68.2  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  21.08 
 
 		 436 aa  68.2  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  25.36 
 
 		 405 aa  68.2  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  29.21 
 
 		 438 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.53 
 
 		 444 aa  67.4  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.69 
 
 		 422 aa  67  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  28.38 
 
 		 413 aa  67  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  25.21 
 
 		 399 aa  67  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  22.33 
 
 		 400 aa  67  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  28.49 
 
 		 775 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  22.19 
 
 		 416 aa  65.1  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  27.04 
 
 		 429 aa  65.1  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  22.89 
 
 		 453 aa  64.7  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  22.3 
 
 		 430 aa  64.3  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  23.4 
 
 		 409 aa  63.5  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  23.4 
 
 		 409 aa  63.5  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  24.5 
 
 		 461 aa  63.5  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  25.57 
 
 		 434 aa  62.8  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  23.18 
 
 		 453 aa  62  0.00000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  29.94 
 
 		 424 aa  61.2  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.4 
 
 		 457 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  21.49 
 
 		 412 aa  61.2  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  23.3 
 
 		 425 aa  61.6  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.54 
 
 		 442 aa  61.6  0.00000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  26.2 
 
 		 577 aa  60.5  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.77 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  25.29 
 
 		 427 aa  60.5  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.12 
 
 		 433 aa  60.1  0.00000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.17 
 
 		 423 aa  59.3  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  23.33 
 
 		 427 aa  59.7  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  28.49 
 
 		 401 aa  59.3  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  21.28 
 
 		 391 aa  58.9  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  27.8 
 
 		 390 aa  58.9  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  22.55 
 
 		 446 aa  58.2  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  24.04 
 
 		 492 aa  58.2  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  22.38 
 
 		 425 aa  57.8  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.01 
 
 		 423 aa  58.2  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.29 
 
 		 413 aa  56.6  0.0000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  22.65 
 
 		 479 aa  57  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  26.64 
 
 		 380 aa  57  0.0000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  22.25 
 
 		 405 aa  56.6  0.0000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  26.18 
 
 		 387 aa  55.8  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  21.95 
 
 		 427 aa  55.8  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  22.15 
 
 		 419 aa  55.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  24.94 
 
 		 405 aa  55.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  22.94 
 
 		 477 aa  54.7  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  26.95 
 
 		 576 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  22.9 
 
 		 349 aa  53.9  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.97 
 
 		 400 aa  53.1  0.000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.3 
 
 		 384 aa  52.8  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  24.61 
 
 		 556 aa  52.8  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  24.89 
 
 		 585 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>