64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1296 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  100 
 
 
154 aa  321  3e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  56.77 
 
 
155 aa  180  7e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.239177 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  50.82 
 
 
149 aa  129  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  32.21 
 
 
157 aa  70.9  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  29.33 
 
 
155 aa  70.5  0.000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  29.14 
 
 
150 aa  63.9  0.0000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  28.38 
 
 
155 aa  62.8  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  29.91 
 
 
146 aa  62.4  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  30.07 
 
 
150 aa  61.2  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  29.68 
 
 
151 aa  59.7  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  28.46 
 
 
159 aa  58.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2256  cytochrome c, class II  30.71 
 
 
147 aa  59.3  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.335708  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  27.03 
 
 
152 aa  58.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  26.35 
 
 
149 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  26.35 
 
 
149 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  25.68 
 
 
149 aa  58.2  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  29.93 
 
 
147 aa  57.8  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  28.29 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  29.29 
 
 
146 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  26.35 
 
 
149 aa  57  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  25.68 
 
 
149 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  25.68 
 
 
149 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  28.57 
 
 
146 aa  55.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  25.17 
 
 
149 aa  55.5  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  30.33 
 
 
136 aa  54.7  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2868  cytochrome c  29.61 
 
 
159 aa  53.5  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  25 
 
 
149 aa  53.9  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  25 
 
 
149 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  28.46 
 
 
148 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  36.51 
 
 
151 aa  52  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0041  cytochrome c, class II  26.62 
 
 
151 aa  51.2  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.417622  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  28.1 
 
 
153 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  30.47 
 
 
172 aa  50.1  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  29.27 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  26.02 
 
 
153 aa  49.3  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  26.24 
 
 
156 aa  49.7  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2396  cytochrome c, class II  29.13 
 
 
149 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00865436  normal  0.433653 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  28.22 
 
 
153 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  27.41 
 
 
149 aa  48.5  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  24.43 
 
 
153 aa  47.8  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1455  cytochrome c, class II  24.67 
 
 
153 aa  47.4  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  28.46 
 
 
151 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4420  cytochrome c, class II  32.86 
 
 
154 aa  46.2  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  24.22 
 
 
170 aa  45.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  31.43 
 
 
148 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1785  cytochrome c prime  24.6 
 
 
151 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.849922  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  25.2 
 
 
150 aa  45.1  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  30.49 
 
 
149 aa  43.9  0.0007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  36.23 
 
 
151 aa  43.9  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  21.57 
 
 
153 aa  43.9  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  20.26 
 
 
153 aa  43.5  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0850  cytochrome c prime  30.14 
 
 
146 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.990375 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  33.73 
 
 
153 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  30.49 
 
 
149 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0408  cytochrome c, class II  34.55 
 
 
148 aa  42.4  0.003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0156942 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  30.08 
 
 
153 aa  42.4  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000294803 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3283  cytochrome c, class II  25.5 
 
 
152 aa  42  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00438456  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  22.64 
 
 
159 aa  42  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  21.77 
 
 
144 aa  41.6  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  31.43 
 
 
148 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  23.97 
 
 
149 aa  41.2  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  29.27 
 
 
153 aa  40.8  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49090  Cytochrome C, class II  25.2 
 
 
151 aa  41.2  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.472535  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  30 
 
 
149 aa  40.4  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>