173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1080 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1080  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
181 aa  377  1e-104  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65410  oligoribonuclease  68.54 
 
 
180 aa  257  6e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134577  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5680  oligoribonuclease  67.98 
 
 
180 aa  256  8e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1847  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  65.75 
 
 
188 aa  255  3e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0353601 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0515  oligoribonuclease  68.36 
 
 
180 aa  254  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.460562  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4954  oligoribonuclease  67.98 
 
 
180 aa  254  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.445881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4902  oligoribonuclease  67.98 
 
 
180 aa  254  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4778  oligoribonuclease  67.98 
 
 
180 aa  254  4e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4693  oligoribonuclease  67.98 
 
 
180 aa  254  6e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07470  oligoribonuclease  70.06 
 
 
180 aa  253  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  63.64 
 
 
205 aa  250  7e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  64.57 
 
 
210 aa  249  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  66.3 
 
 
181 aa  249  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  66.3 
 
 
181 aa  249  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.3 
 
 
181 aa  249  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  66.3 
 
 
181 aa  249  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  66.3 
 
 
181 aa  249  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  66.3 
 
 
181 aa  249  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  66.3 
 
 
181 aa  249  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  66.3 
 
 
181 aa  249  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1839  oligoribonuclease  62.43 
 
 
182 aa  248  3e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  62.29 
 
 
219 aa  248  4e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4619  oligoribonuclease  66.3 
 
 
181 aa  248  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4768  oligoribonuclease  66.3 
 
 
181 aa  248  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.0613691 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4628  oligoribonuclease  66.3 
 
 
181 aa  248  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4747  oligoribonuclease  66.3 
 
 
181 aa  248  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00828868  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4711  oligoribonuclease  66.3 
 
 
181 aa  248  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.036759  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0539  oligoribonuclease  63.54 
 
 
181 aa  246  1e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5678  oligoribonuclease  65.75 
 
 
181 aa  246  1e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000295119  normal  0.99134 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  66.29 
 
 
183 aa  246  2e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0341  oligoribonuclease  62.98 
 
 
183 aa  244  4.9999999999999997e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.828352  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0387  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.29 
 
 
180 aa  244  6e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146575  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0476  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.29 
 
 
180 aa  243  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.459407  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3212  oligoribonuclease  59.67 
 
 
181 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0348  oligoribonuclease  65.19 
 
 
181 aa  243  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000355346  unclonable  0.00000209228 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0628  oligoribonuclease  63.84 
 
 
180 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1552  oligoribonuclease  65 
 
 
195 aa  243  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145931  normal  0.275073 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3753  oligoribonuclease  65.91 
 
 
180 aa  242  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0424  oligoribonuclease  64.09 
 
 
181 aa  242  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000286047  hitchhiker  0.000000586556 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0564  oligoribonuclease  66.67 
 
 
178 aa  242  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4192  oligoribonuclease  63.64 
 
 
206 aa  241  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1734  oligoribonuclease  64.44 
 
 
195 aa  241  3e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0026371  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1502  oligoribonuclease  67.4 
 
 
193 aa  241  3e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.678384 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0813  oligoribonuclease  65.14 
 
 
219 aa  242  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.526826  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4950  oligoribonuclease  66.67 
 
 
178 aa  241  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3931  oligoribonuclease  65.91 
 
 
180 aa  241  5e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0778  oligoribonuclease  63.58 
 
 
207 aa  240  7.999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.101637 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0551  oligoribonuclease  60.77 
 
 
181 aa  240  9e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000104193  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3774  oligoribonuclease  60.77 
 
 
181 aa  240  9e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00192179  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3900  oligoribonuclease  60.77 
 
 
181 aa  240  9e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262855  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3287  oligoribonuclease  60.22 
 
 
181 aa  239  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.161862  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3717  oligoribonuclease  60.77 
 
 
181 aa  239  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.624227  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2676  oligoribonuclease  61.88 
 
 
181 aa  238  2.9999999999999997e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0811  oligoribonuclease  64.44 
 
 
193 aa  238  2.9999999999999997e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0543642  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0591  oligoribonuclease  59.67 
 
 
181 aa  238  4e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.886614  hitchhiker  0.000123281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3439  oligoribonuclease  59.67 
 
 
181 aa  238  4e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704694  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1994  oligoribonuclease  60.22 
 
 
182 aa  238  4e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0106356  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0884  oligoribonuclease  64.57 
 
 
215 aa  238  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0590  oligoribonuclease  59.67 
 
 
181 aa  238  5e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000254654 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1670  oligoribonuclease  62.5 
 
 
229 aa  237  8e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.904673  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1473  oligoribonuclease  58.01 
 
 
183 aa  236  1e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.777714  normal  0.355719 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2911  oligoribonuclease  64 
 
 
191 aa  236  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1566  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.43 
 
 
183 aa  235  2e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0708  oligoribonuclease  62.78 
 
 
181 aa  235  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.367398  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3661  oligoribonuclease  62.78 
 
 
181 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474416  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3808  oligoribonuclease  62.78 
 
 
181 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372044  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2776  oligoribonuclease  62.36 
 
 
180 aa  235  3e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1270  oligoribonuclease  62.57 
 
 
187 aa  234  4e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768994  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0559  oligoribonuclease  61.33 
 
 
181 aa  234  4e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.198605 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0592  oligoribonuclease  59.12 
 
 
181 aa  234  6e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2968  oligoribonuclease  61.27 
 
 
203 aa  234  6e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139128  normal  0.188792 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3317  oligoribonuclease  57.46 
 
 
181 aa  233  9e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000232212  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3547  oligoribonuclease  61.71 
 
 
181 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1016  oligoribonuclease  61.27 
 
 
207 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0790  oligoribonuclease  59.12 
 
 
181 aa  232  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0246544  hitchhiker  0.00115856 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4178  oligoribonuclease  58.56 
 
 
181 aa  231  5e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2225  oligoribonuclease  64.2 
 
 
211 aa  231  5e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002252  oligoribonuclease  59.67 
 
 
181 aa  230  8.000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000410797  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0954  oligoribonuclease  63.01 
 
 
206 aa  230  9e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3032  oligoribonuclease  59.67 
 
 
181 aa  230  9e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.102944  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0958  oligoribonuclease  63.01 
 
 
206 aa  230  9e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.8305 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1483  oligoribonuclease  58.29 
 
 
198 aa  229  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135513  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1700  oligoribonuclease  59.2 
 
 
187 aa  229  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104292  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0985  oligoribonuclease  60 
 
 
187 aa  229  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0599  oligoribonuclease  63.64 
 
 
206 aa  228  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62121  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1100  oligoribonuclease  59.67 
 
 
184 aa  228  3e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0275698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1078  oligoribonuclease  63.64 
 
 
206 aa  228  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.783759  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2908  oligoribonuclease  62.5 
 
 
201 aa  228  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.4726  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1037  oligoribonuclease  63.64 
 
 
206 aa  228  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0392  oligoribonuclease  62.5 
 
 
201 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.484174  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2535  oligoribonuclease  62.5 
 
 
201 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.391495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0908  oligoribonuclease  62.5 
 
 
201 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2848  oligoribonuclease  62.5 
 
 
201 aa  228  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0239  oligoribonuclease  62.5 
 
 
201 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2783  oligoribonuclease  59.12 
 
 
181 aa  227  6e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2958  oligoribonuclease  62.5 
 
 
229 aa  227  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1379  oligoribonuclease  59.67 
 
 
183 aa  226  9e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.969782  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3481  oligoribonuclease  57.46 
 
 
181 aa  227  9e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.122162  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1320  oligoribonuclease  59.67 
 
 
183 aa  226  9e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.255771  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1470  oligoribonuclease  59.2 
 
 
187 aa  226  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.255303 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>