More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_0509 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  100 
 
 		 396 aa  794    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  49.6 
 
 		 392 aa  358  9.999999999999999e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  44.74 
 
 		 388 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  38.01 
 
 		 399 aa  270  2e-71  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  39.57 
 
 		 374 aa  260  3e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  39.77 
 
 		 381 aa  256  4e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  36.56 
 
 		 392 aa  255  8e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  39.63 
 
 		 392 aa  255  8e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  39.9 
 
 		 395 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  39.79 
 
 		 393 aa  253  3e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  40 
 
 		 395 aa  248  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  37.47 
 
 		 379 aa  245  9.999999999999999e-64  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  41.85 
 
 		 389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  37.7 
 
 		 386 aa  241  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  39.15 
 
 		 382 aa  239  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  37.34 
 
 		 383 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  34.46 
 
 		 385 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  37.47 
 
 		 384 aa  238  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  37.47 
 
 		 384 aa  238  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  38.08 
 
 		 405 aa  237  3e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  34.73 
 
 		 385 aa  236  6e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  37.34 
 
 		 405 aa  236  6e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  36.81 
 
 		 392 aa  236  7e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  34.73 
 
 		 385 aa  235  9e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  38.77 
 
 		 377 aa  235  9e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  38.38 
 
 		 382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  35.6 
 
 		 384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  38.24 
 
 		 392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  35.09 
 
 		 385 aa  234  3e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  37.67 
 
 		 377 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  37.43 
 
 		 377 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  38.38 
 
 		 377 aa  232  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  38.36 
 
 		 392 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  37.4 
 
 		 377 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  37.86 
 
 		 382 aa  230  4e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  38.34 
 
 		 384 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  37.63 
 
 		 377 aa  229  7e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  36.27 
 
 		 381 aa  229  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  36.62 
 
 		 395 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  37.7 
 
 		 386 aa  228  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  35.43 
 
 		 381 aa  226  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  37.21 
 
 		 389 aa  226  7e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  37.14 
 
 		 377 aa  226  8e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  36.18 
 
 		 386 aa  224  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  37.47 
 
 		 388 aa  224  2e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  37.04 
 
 		 377 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  36.39 
 
 		 385 aa  222  8e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  35.16 
 
 		 427 aa  222  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  37.73 
 
 		 384 aa  222  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  37.44 
 
 		 401 aa  221  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  37.63 
 
 		 393 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  36.69 
 
 		 394 aa  218  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  36.43 
 
 		 384 aa  218  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  33.85 
 
 		 391 aa  216  4e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  36.55 
 
 		 396 aa  216  7e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  35.53 
 
 		 385 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  37.1 
 
 		 374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  31.93 
 
 		 379 aa  213  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  38.43 
 
 		 367 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  39.46 
 
 		 375 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  38.08 
 
 		 388 aa  209  6e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  34.71 
 
 		 373 aa  209  7e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  38.08 
 
 		 384 aa  209  7e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  38.08 
 
 		 384 aa  209  8e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  37.59 
 
 		 371 aa  209  9e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  38.79 
 
 		 369 aa  208  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  38.79 
 
 		 369 aa  208  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  38.79 
 
 		 369 aa  208  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  37.41 
 
 		 369 aa  207  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  31.51 
 
 		 370 aa  207  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  34.74 
 
 		 385 aa  207  4e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  34.74 
 
 		 385 aa  207  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  38.79 
 
 		 369 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  37.63 
 
 		 367 aa  205  9e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  35.54 
 
 		 400 aa  205  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  37.01 
 
 		 369 aa  205  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  33.97 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  33.97 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  37.47 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  34.37 
 
 		 385 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1615  3'-5' exonuclease  36.1 
 
 		 396 aa  204  2e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47386  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  33.97 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  34.07 
 
 		 371 aa  204  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.299724 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  34.07 
 
 		 371 aa  204  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2009  ribonuclease D  34.79 
 
 		 403 aa  203  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  33.7 
 
 		 375 aa  203  4e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  33.7 
 
 		 375 aa  203  4e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  33.7 
 
 		 375 aa  203  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  33.7 
 
 		 375 aa  202  6e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  36.99 
 
 		 385 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  37.64 
 
 		 369 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  31.4 
 
 		 388 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  34.2 
 
 		 384 aa  199  7.999999999999999e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2402  ribonuclease D  33.8 
 
 		 373 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  32.78 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  33.8 
 
 		 373 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000328628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  33.8 
 
 		 373 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  32.78 
 
 		 375 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000119147  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  32.78 
 
 		 375 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  32.78 
 
 		 375 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000740588  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>