51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_0405 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  100 
 
 
118 aa  236  6e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2905  XRE family transcriptional regulator  43.18 
 
 
134 aa  64.3  6e-10  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0131008  normal  0.248064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 
110 aa  61.6  3e-09  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  2.19561e-10 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 
110 aa  61.6  3e-09  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  6.11184e-06 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4829  XRE family transcriptional regulator  33.63 
 
 
123 aa  59.7  1e-08  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.584136  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4178  helix-turn-helix domain-containing protein  33.63 
 
 
130 aa  59.7  1e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.886419  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3337  XRE family transcriptional regulator  33.63 
 
 
123 aa  59.7  1e-08  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.98805  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3025  DNA-binding protein, putative  38.1 
 
 
120 aa  57.4  6e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111076  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0797  XRE family transcriptional regulator  32.71 
 
 
116 aa  57.4  7e-08  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  5.38753e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0314  XRE family transcriptional regulator  32.71 
 
 
116 aa  57.4  7e-08  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  2.14612e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1627  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 
135 aa  56.6  1e-07  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00124147  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2626  transcriptional regulator, XRE family  42.35 
 
 
137 aa  55.8  2e-07  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0239529  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0766  Cro/CI family transcriptional regulator  32.69 
 
 
106 aa  55.5  2e-07  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.047378  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  42.86 
 
 
227 aa  54.3  6e-07  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1907  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  34.34 
 
 
173 aa  54.3  6e-07  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629084  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  34.82 
 
 
116 aa  53.1  1e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 
185 aa  52.4  2e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3316  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 
126 aa  52.4  2e-06  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0996495  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3047  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.58 
 
 
149 aa  51.6  4e-06  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  34.74 
 
 
143 aa  51.6  4e-06  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2310  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
130 aa  50.4  7e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.03087e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0177  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.33 
 
 
149 aa  50.4  8e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3376  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 
129 aa  48.9  3e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2276  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 
214 aa  48.9  3e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0220665 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  32.71 
 
 
135 aa  48.1  4e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  32.71 
 
 
135 aa  48.1  4e-05  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 
129 aa  47.8  6e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  7.82403e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  34.18 
 
 
131 aa  47.4  7e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.18001e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1700  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 
156 aa  46.2  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1764  helix-turn-helix domain-containing protein  39.68 
 
 
129 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226226 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3181  transcriptional regulator, putative  32.79 
 
 
149 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.387057  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4100  Cro/CI family transcriptional regulator  39.68 
 
 
129 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.394089  normal  0.0554933 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4866  XRE family transcriptional regulator  33.68 
 
 
179 aa  45.1  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.894538  normal  0.194277 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  31.86 
 
 
123 aa  44.3  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  2.12762e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3742  XRE family transcriptional regulator  27.45 
 
 
130 aa  43.9  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0294477  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
143 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  31.68 
 
 
115 aa  43.5  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.52617e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 
151 aa  43.5  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 
145 aa  43.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  31.68 
 
 
115 aa  43.5  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.42648e-12  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  32.05 
 
 
296 aa  42.4  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  28.85 
 
 
113 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  4.10599e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  32.86 
 
 
240 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  31.34 
 
 
219 aa  41.2  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  32.05 
 
 
118 aa  41.2  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  30.99 
 
 
229 aa  40.8  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.53974e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  32.86 
 
 
240 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3069  transcriptional regulator, XRE family  51.43 
 
 
1191 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.251884 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  29.87 
 
 
109 aa  40.4  0.008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  36.11 
 
 
209 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0427  transcriptional regulator  43.9 
 
 
66 aa  40  0.01  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.423701  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>