More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_0172 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 67 aa  135  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  80.3 
 
 		 67 aa  107  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  75 
 
 		 77 aa  107  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 		 67 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3392  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.56 
 
 		 68 aa  106  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  79.69 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.69 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  79.69 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  79.69 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.69 
 
 		 70 aa  105  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  78.12 
 
 		 67 aa  105  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  78.12 
 
 		 67 aa  104  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  78.12 
 
 		 67 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5764  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 170 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008002 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.56 
 
 		 67 aa  105  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 		 67 aa  104  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 67 aa  103  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 		 67 aa  103  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 67 aa  103  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 67 aa  103  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.64 
 
 		 67 aa  103  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  78.12 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2596  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 		 67 aa  103  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  79.37 
 
 		 69 aa  103  7e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  74.6 
 
 		 69 aa  103  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  74.6 
 
 		 69 aa  103  7e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  74.6 
 
 		 69 aa  103  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 		 67 aa  103  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  74.6 
 
 		 69 aa  103  8e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 		 67 aa  103  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.13 
 
 		 68 aa  102  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 67 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.44 
 
 		 67 aa  103  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 67 aa  102  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.56 
 
 		 67 aa  102  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  74.6 
 
 		 69 aa  102  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  74.6 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  73.44 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  73.44 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  74.6 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  74.6 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  74.6 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  69.7 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  73.44 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  73.44 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  75 
 
 		 72 aa  102  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  74.6 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.44 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.44 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  74.6 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  73.44 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  74.6 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000242015  decreased coverage  0.000000000715587 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5852  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.73 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000587256  normal  0.480668 
 
 
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  76.19 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  76.19 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  74.6 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  76.56 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  73.44 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1909  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000083542  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  74.6 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.88 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2520  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000000151269  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  74.6 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  73.44 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.19 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  73.44 
 
 		 70 aa  101  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0679  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.31 
 
 		 68 aa  102  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.233328  normal  0.774201 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  76.19 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.19 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  77.78 
 
 		 69 aa  102  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  77.78 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>