207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0018 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  98.44 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  96.92 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0041  tRNA-Met  96.23 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0023  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.013256 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0041  tRNA-Met  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747779  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16830  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  90.77 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0021  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11950  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0612113  normal  0.0857463 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0055  tRNA-Met  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0266099  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0036  tRNA-Met  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  92 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0032  tRNA-Met  88.52 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.094935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000378723  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0031  tRNA-Met  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0003  tRNA-Met  88.52 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000201379  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0038  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000161182  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0031  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000967357  normal  0.0254093 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000026454  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0028  tRNA-Met  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.260556 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000229594  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t013  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114065  hitchhiker  0.000000000483497 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0028  tRNA-Met  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882337  normal  0.0510984 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000771704  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0100  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000240677  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t108  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000118343  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109758  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000402123  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000830942  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0053  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000949911  hitchhiker  0.00166028 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0039  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.474012  normal  0.0104027 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>