More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2878 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3266  DNA helicase II, putative  47.37 
 
 		 1078 aa  656    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  100 
 
 		 1050 aa  2101    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  55.19 
 
 		 1032 aa  1018    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  40.22 
 
 		 1082 aa  683    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2402  UvrD/REP helicase  39.89 
 
 		 1027 aa  643    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  45.18 
 
 		 1075 aa  639    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3499  ATP-dependent DNA helicase UvrD  41.31 
 
 		 1089 aa  657    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5049  UvrD/REP helicase  58.06 
 
 		 1062 aa  1088    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0107382 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  40.03 
 
 		 1232 aa  727    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3744  UvrD/REP helicase  54.71 
 
 		 1124 aa  1073    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.183659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  59.96 
 
 		 1001 aa  1172    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  62 
 
 		 1089 aa  1233    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  45.62 
 
 		 1132 aa  732    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0167  UvrD/REP helicase  51.57 
 
 		 1161 aa  980    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4539  UvrD/REP helicase  57.5 
 
 		 1067 aa  1056    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  39.22 
 
 		 1127 aa  637    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0992  UvrD/REP helicase  52.9 
 
 		 1156 aa  1019    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.175331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  39.29 
 
 		 1033 aa  629  1e-179  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7469  ATP-dependent DNA helicase  65.5 
 
 		 428 aa  575  1.0000000000000001e-162  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.747593 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0022  UvrD/REP helicase  42.41 
 
 		 1174 aa  574  1.0000000000000001e-162  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  54.95 
 
 		 1244 aa  478  1e-133  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0632  hypothetical protein  53.22 
 
 		 414 aa  464  1e-129  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2545  hypothetical protein  53.28 
 
 		 408 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000698733  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3587  UvrD/REP helicase  57.04 
 
 		 446 aa  451  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000249291  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1328  hypothetical protein  50 
 
 		 411 aa  410  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2955  hypothetical protein  49.27 
 
 		 411 aa  402  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1268  PHP domain protein  42.48 
 
 		 414 aa  350  9e-95  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.128961  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.23 
 
 		 747 aa  309  2.0000000000000002e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.88 
 
 		 753 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.73 
 
 		 753 aa  308  3e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.64 
 
 		 741 aa  308  5.0000000000000004e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.78 
 
 		 747 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.78 
 
 		 751 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  32.78 
 
 		 751 aa  305  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  32.78 
 
 		 753 aa  305  4.0000000000000003e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.78 
 
 		 751 aa  305  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.63 
 
 		 751 aa  303  2e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.63 
 
 		 747 aa  303  2e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  33.96 
 
 		 707 aa  297  8e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.97 
 
 		 763 aa  294  8e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  35.34 
 
 		 706 aa  292  3e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.36 
 
 		 794 aa  291  5.0000000000000004e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.38 
 
 		 758 aa  290  7e-77  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.5 
 
 		 718 aa  288  2.9999999999999996e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  35.33 
 
 		 726 aa  287  5.999999999999999e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.86 
 
 		 765 aa  287  5.999999999999999e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.03 
 
 		 729 aa  279  3e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.24 
 
 		 838 aa  278  3e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 		 851 aa  277  8e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.58 
 
 		 786 aa  273  8.000000000000001e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.5 
 
 		 730 aa  273  9e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.5 
 
 		 730 aa  273  9e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.19 
 
 		 729 aa  271  4e-71  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.14 
 
 		 1023 aa  270  8e-71  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  29.66 
 
 		 731 aa  270  1e-70  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.05 
 
 		 730 aa  269  2e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.78 
 
 		 741 aa  262  3e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2143  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.92 
 
 		 658 aa  261  7e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.14 
 
 		 715 aa  260  8e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  33.49 
 
 		 671 aa  259  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0860  UvrD/Rep family helicase  29.48 
 
 		 639 aa  258  5e-67  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  41.63 
 
 		 768 aa  257  7e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.86 
 
 		 830 aa  256  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2233  ATP-dependent DNA helicase  31.36 
 
 		 658 aa  255  3e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  31.99 
 
 		 653 aa  253  1e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  33.03 
 
 		 671 aa  251  4e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4873  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.66 
 
 		 775 aa  251  5e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.222415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  38.6 
 
 		 771 aa  251  6e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.227085 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.23 
 
 		 757 aa  249  1e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  35.41 
 
 		 712 aa  250  1e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03620  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.06 
 
 		 640 aa  249  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  40.86 
 
 		 754 aa  248  3e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.4 
 
 		 781 aa  249  3e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.06 
 
 		 773 aa  248  4e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.15 
 
 		 858 aa  248  4e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0050  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.85 
 
 		 658 aa  247  9e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0153579  normal  0.502615 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  29.68 
 
 		 681 aa  247  9.999999999999999e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  33.53 
 
 		 798 aa  246  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.92 
 
 		 837 aa  246  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  32.39 
 
 		 817 aa  246  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.99 
 
 		 831 aa  246  1.9999999999999999e-63  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3764  DNA-dependent helicase II  31.33 
 
 		 724 aa  245  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  36.53 
 
 		 762 aa  245  3.9999999999999997e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.59 
 
 		 781 aa  244  5e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  32.92 
 
 		 735 aa  244  5e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  28.02 
 
 		 689 aa  244  5e-63  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.53 
 
 		 932 aa  244  5e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  28.92 
 
 		 687 aa  244  6e-63  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  30 
 
 		 726 aa  244  9e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4710  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.95 
 
 		 784 aa  243  2e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  31.89 
 
 		 845 aa  243  2e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4330  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.39 
 
 		 785 aa  243  2e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.82343  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1339  ATP-dependent DNA helicase PcrA  36.07 
 
 		 828 aa  243  2e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.574982  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4416  ATP-dependent DNA helicase PcrA  38.39 
 
 		 785 aa  243  2e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.464468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  39.95 
 
 		 797 aa  242  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  32.76 
 
 		 795 aa  242  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.56 
 
 		 751 aa  242  2.9999999999999997e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.56 
 
 		 751 aa  242  2.9999999999999997e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1861  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.83 
 
 		 780 aa  242  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.213031 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  32.82 
 
 		 787 aa  241  4e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>