More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2696 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  100 
 
 		 435 aa  882    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  75.4 
 
 		 434 aa  682    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  70.33 
 
 		 424 aa  605  9.999999999999999e-173  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  69.41 
 
 		 423 aa  605  9.999999999999999e-173  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  68.74 
 
 		 434 aa  595  1e-169  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  67.93 
 
 		 425 aa  584  1e-166  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  64.99 
 
 		 418 aa  569  1e-161  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  68.75 
 
 		 440 aa  563  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  65.07 
 
 		 445 aa  550  1e-155  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  62.59 
 
 		 431 aa  546  1e-154  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  61.07 
 
 		 430 aa  541  9.999999999999999e-153  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  63.66 
 
 		 423 aa  533  1e-150  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  63.27 
 
 		 423 aa  532  1e-150  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  60.64 
 
 		 457 aa  530  1e-149  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  59.62 
 
 		 431 aa  520  1e-146  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  61.1 
 
 		 443 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  60.56 
 
 		 431 aa  512  1e-144  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  61.16 
 
 		 430 aa  502  1e-141  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  59.76 
 
 		 426 aa  496  1e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  59.39 
 
 		 443 aa  484  1e-135  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  60 
 
 		 424 aa  480  1e-134  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  55.61 
 
 		 444 aa  454  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  50 
 
 		 419 aa  398  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  46.05 
 
 		 466 aa  360  3e-98  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  37.37 
 
 		 436 aa  241  2e-62  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  34.87 
 
 		 408 aa  193  5e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  35.28 
 
 		 393 aa  192  7e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  34.96 
 
 		 393 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  34.43 
 
 		 416 aa  187  3e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  35.43 
 
 		 435 aa  184  3e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  36.39 
 
 		 406 aa  182  9.000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  36.39 
 
 		 406 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  34.27 
 
 		 400 aa  180  4.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  32.48 
 
 		 418 aa  177  2e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  33.62 
 
 		 393 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  33.62 
 
 		 393 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  33.33 
 
 		 393 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0948  geranylgeranyl reductase  33.33 
 
 		 417 aa  162  7e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  34.62 
 
 		 415 aa  162  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  37.75 
 
 		 413 aa  158  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  32.84 
 
 		 384 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  36.28 
 
 		 420 aa  151  3e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  30.79 
 
 		 398 aa  144  4e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  32.85 
 
 		 411 aa  144  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  29.26 
 
 		 398 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  31.08 
 
 		 376 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  33.86 
 
 		 409 aa  127  5e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  30.36 
 
 		 408 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  33.16 
 
 		 375 aa  119  7.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  31.04 
 
 		 414 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  32.94 
 
 		 420 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  31.33 
 
 		 425 aa  110  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  27.86 
 
 		 415 aa  110  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  28.77 
 
 		 403 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  31.37 
 
 		 406 aa  108  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  29.39 
 
 		 379 aa  107  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 398 aa  107  5e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  27.78 
 
 		 387 aa  106  8e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  30.7 
 
 		 409 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  31.82 
 
 		 429 aa  103  5e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  31.44 
 
 		 378 aa  102  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  25.3 
 
 		 376 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  30.84 
 
 		 385 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  28.88 
 
 		 382 aa  99.8  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  28.65 
 
 		 402 aa  97.8  3e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  26.23 
 
 		 455 aa  96.3  9e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  30.13 
 
 		 367 aa  95.1  2e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  29.62 
 
 		 389 aa  95.5  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  29.08 
 
 		 396 aa  94.7  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  26.32 
 
 		 370 aa  94.7  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  28.89 
 
 		 362 aa  94.7  3e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3185  monooxygenase FAD-binding protein  26.14 
 
 		 375 aa  93.6  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.388588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  30.86 
 
 		 403 aa  92.8  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  29.38 
 
 		 407 aa  92.8  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  29.94 
 
 		 384 aa  92  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1375  geranylgeranyl reductase  26.39 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.545102  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1077  geranylgeranyl reductase  28.78 
 
 		 399 aa  92.4  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0240225  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1307  geranylgeranyl reductase  27.4 
 
 		 391 aa  91.7  2e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.398981  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2724  tryptophan halogenase  27.88 
 
 		 506 aa  91.3  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.656683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  28.61 
 
 		 452 aa  90.9  4e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  32.7 
 
 		 406 aa  90.9  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3957  tryptophan halogenase  26.05 
 
 		 444 aa  91.3  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  32.12 
 
 		 394 aa  90.1  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  32.12 
 
 		 394 aa  90.1  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  32.56 
 
 		 384 aa  89.7  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  27.93 
 
 		 390 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2031  tryptophan halogenase  27.92 
 
 		 413 aa  88.2  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0818162  normal  0.0655371 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  32.53 
 
 		 368 aa  88.6  2e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0718  geranylgeranyl reductase  27.11 
 
 		 387 aa  87.4  4e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0578  geranylgeranyl reductase  26.81 
 
 		 395 aa  87.4  4e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  27.38 
 
 		 362 aa  86.7  8e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  29.47 
 
 		 401 aa  86.7  8e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  29.04 
 
 		 406 aa  85.9  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  29.48 
 
 		 381 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  30.51 
 
 		 384 aa  84.7  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  30.46 
 
 		 400 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16731  aromatic-ring hydroxylase (flavoprotein monooxygenase)  26.74 
 
 		 468 aa  83.6  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1825  FAD dependent oxidoreductase  23.87 
 
 		 455 aa  83.6  0.000000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.133963  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  30.35 
 
 		 365 aa  83.6  0.000000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1347  geranylgeranyl reductase  28.65 
 
 		 453 aa  83.6  0.000000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0129504  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>