More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2646 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
216 aa  431  1e-120  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  87.96 
 
 
216 aa  393  1e-108  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  80.28 
 
 
218 aa  362  3e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  77 
 
 
217 aa  350  7e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  77.36 
 
 
216 aa  343  1e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4507  50S ribosomal protein L3  74.76 
 
 
221 aa  321  7e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.787031  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  72.09 
 
 
216 aa  318  5e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  71.09 
 
 
222 aa  315  4e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  70.28 
 
 
215 aa  310  1e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1123  ribosomal protein L3  70.28 
 
 
220 aa  309  2e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  69.77 
 
 
218 aa  307  7e-83  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  69.38 
 
 
219 aa  303  1e-81  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  70.48 
 
 
213 aa  301  5e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0627  ribosomal protein L3  68.72 
 
 
217 aa  301  6e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1185  50S ribosomal protein L3  73.81 
 
 
220 aa  301  6e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.108943 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0582  50S ribosomal protein L3  66.67 
 
 
235 aa  299  2e-80  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2659  50S ribosomal protein L3  66.97 
 
 
219 aa  298  4e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29740  LSU ribosomal protein L3P  66.51 
 
 
219 aa  295  3e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23810  LSU ribosomal protein L3P  68.27 
 
 
226 aa  293  1e-78  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6049  50S ribosomal protein L3  64.76 
 
 
236 aa  293  2e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.185718  normal  0.220559 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  63.68 
 
 
216 aa  292  3e-78  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  68.08 
 
 
218 aa  292  3e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2975  50S ribosomal protein L3  64.15 
 
 
216 aa  291  4e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.454423  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2687  50S ribosomal protein L3  64.15 
 
 
216 aa  291  5e-78  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.740328 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4315  50S ribosomal protein L3  68.6 
 
 
219 aa  291  6e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00341518 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3923  50S ribosomal protein L3  69.08 
 
 
219 aa  291  6e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  68.54 
 
 
217 aa  290  1e-77  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  65.14 
 
 
219 aa  290  1e-77  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  66.67 
 
 
217 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  66.67 
 
 
217 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1013  50S ribosomal protein L3  66.67 
 
 
217 aa  289  2e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20870  LSU ribosomal protein L3P  63.98 
 
 
219 aa  287  9e-77  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.235842  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3905  50S ribosomal protein L3  65.24 
 
 
223 aa  286  1e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3143  ribosomal protein L3  65.87 
 
 
220 aa  286  1e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0896196  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  66.36 
 
 
218 aa  286  2e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0688  ribosomal protein L3  63.38 
 
 
219 aa  286  2e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.409644 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1707  50S ribosomal protein L3  58.65 
 
 
213 aa  256  2e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00287886  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0255  50S ribosomal protein L3  56.6 
 
 
216 aa  249  3e-65  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  54.5 
 
 
212 aa  231  7e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0715  ribosomal protein L3  54.85 
 
 
204 aa  225  5e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  54.41 
 
 
209 aa  224  6e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  2.70125e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  55.5 
 
 
209 aa  223  2e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  56.25 
 
 
209 aa  221  8e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0691  50S ribosomal protein L3  53.59 
 
 
211 aa  220  1e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208666  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  53.62 
 
 
210 aa  218  5e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  9.81122e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  52.15 
 
 
210 aa  217  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  7.29954e-06 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  51.46 
 
 
206 aa  216  2e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  4.02835e-07  hitchhiker  3.18342e-09 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 
210 aa  216  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  52.88 
 
 
214 aa  214  1e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  4.79377e-07  decreased coverage  1.16579e-05 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
210 aa  212  3e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  52.17 
 
 
209 aa  212  4e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 
211 aa  212  4e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.30884e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2559  50S ribosomal protein L3  51.76 
 
 
211 aa  209  2e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.101168  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  51.21 
 
 
210 aa  208  5e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  7.29631e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  51.44 
 
 
211 aa  207  1e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.51121e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 
207 aa  204  9e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.58376e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
211 aa  204  1e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.94381e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1938  50S ribosomal protein L3  49.26 
 
 
205 aa  203  1e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0215  50S ribosomal protein L3  52.17 
 
 
209 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  3.70606e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3703  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
212 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1795  50S ribosomal protein L3P  51.21 
 
 
268 aa  202  2e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.170696  normal  0.0358825 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0398  ribosomal protein L3  47.14 
 
 
213 aa  202  3e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2324  ribosomal protein L3  49.52 
 
 
215 aa  202  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000235705  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0458  50S ribosomal protein L3P  51.94 
 
 
218 aa  202  4e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0122  50S ribosomal protein L3  52.86 
 
 
210 aa  201  5e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.05997e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0141  50S ribosomal protein L3  52.86 
 
 
210 aa  201  5e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  5.51418e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0104  50S ribosomal protein L3  52.86 
 
 
210 aa  201  5e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  1.68091e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0110  50S ribosomal protein L3  52.86 
 
 
210 aa  201  5e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  2.46604e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  50.25 
 
 
208 aa  201  5e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0131  50S ribosomal protein L3  52.86 
 
 
210 aa  201  5e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.41135e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0106  50S ribosomal protein L3  52.86 
 
 
210 aa  201  5e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.67077e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0110  50S ribosomal protein L3  52.86 
 
 
210 aa  201  5e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  9.86131e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0110  50S ribosomal protein L3  52.86 
 
 
210 aa  201  5e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.28056e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0759  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 
245 aa  200  1e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496484  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  49.03 
 
 
214 aa  200  1e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  6.7151e-11  hitchhiker  1.66028e-07 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  50.49 
 
 
206 aa  200  1e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  2.66904e-09  hitchhiker  5.67921e-07 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  52.38 
 
 
214 aa  200  1e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  3.24929e-11  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0252  50S ribosomal protein L3  49.05 
 
 
212 aa  200  1e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2232  50S ribosomal protein L3  50.98 
 
 
213 aa  200  1e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.422626 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0249  50S ribosomal protein L3  49.05 
 
 
212 aa  200  1e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.587373  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5195  50S ribosomal protein L3  52.38 
 
 
210 aa  200  2e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  8.42867e-10  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0105  50S ribosomal protein L3  52.38 
 
 
210 aa  200  2e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  7.75669e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0962  ribosomal protein L3  50.97 
 
 
206 aa  199  2e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  6.08869e-05  hitchhiker  2.69964e-11 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0276  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
279 aa  200  2e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.948053  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  50.95 
 
 
210 aa  199  2e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.19433e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  47.6 
 
 
209 aa  199  2e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  2.31855e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  48.57 
 
 
211 aa  199  3e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  49.29 
 
 
212 aa  199  3e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  2.33446e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 
212 aa  198  4e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
209 aa  199  4e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  1.95061e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0361  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 
240 aa  199  4e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  47.12 
 
 
209 aa  198  4e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  8.24684e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  51.44 
 
 
211 aa  198  4e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  3.99657e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  48.57 
 
 
211 aa  198  4e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.74639e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1716  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 
240 aa  199  4e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0849831  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2903  50S ribosomal protein L3  47.87 
 
 
212 aa  198  5e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  4.77342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  51.24 
 
 
213 aa  198  5e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  49.51 
 
 
210 aa  198  5e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  50 
 
 
213 aa  198  5e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  48.56 
 
 
213 aa  198  6e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>