More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2323 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  632  1e-180  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  76.22 
 
 		 327 aa  442  1e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  68.93 
 
 		 320 aa  393  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  61.46 
 
 		 333 aa  349  3e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  58.9 
 
 		 304 aa  323  2e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  57.88 
 
 		 322 aa  320  9.999999999999999e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  56.06 
 
 		 304 aa  305  6e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  51.76 
 
 		 298 aa  266  4e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  47.55 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  46.04 
 
 		 285 aa  250  3e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 280 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 320 aa  228  8e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  44.52 
 
 		 342 aa  217  2e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  41.25 
 
 		 319 aa  214  9.999999999999999e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  42.21 
 
 		 299 aa  209  7e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  41.64 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  40.77 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2045  putative transcriptional regulator, RpiR family  42.91 
 
 		 291 aa  192  6e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1348  transcriptional regulator, RpiR family  38.11 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.478547  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 284 aa  188  1e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 284 aa  186  4e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  34.97 
 
 		 284 aa  186  6e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  34.97 
 
 		 284 aa  185  8e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  36.43 
 
 		 281 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 285 aa  176  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0770  transcriptional regulator, RpiR family  41.61 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000975666  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  33.46 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  34.75 
 
 		 291 aa  169  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  37.5 
 
 		 279 aa  168  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  36.57 
 
 		 287 aa  165  8e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 292 aa  165  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 292 aa  165  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 270 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  33.22 
 
 		 293 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 283 aa  155  9e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  29.3 
 
 		 272 aa  151  2e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  33.21 
 
 		 320 aa  149  5e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  29.82 
 
 		 282 aa  148  9e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 281 aa  146  6e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 288 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0825  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 642 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125163  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0894  transcriptional regulator  36.1 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  31.07 
 
 		 285 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0926  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 642 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4068  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 642 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0150237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0486  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 642 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 285 aa  143  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0965  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 642 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899614  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  33.09 
 
 		 288 aa  143  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 282 aa  142  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  33.7 
 
 		 288 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  29.41 
 
 		 280 aa  143  5e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2433  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 642 aa  142  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0837  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 642 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  32.4 
 
 		 286 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 288 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  33.7 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3454  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 638 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454105  normal  0.179776 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1025  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 638 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.745776  normal  0.175715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2132  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 641 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  32.21 
 
 		 274 aa  141  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3001  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 641 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3090  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 641 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2612  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 620 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.85018  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2002  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 620 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3055  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 641 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.570164  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0778  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 620 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  37.6 
 
 		 281 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  31.72 
 
 		 285 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  32.16 
 
 		 293 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  32.66 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 278 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.66 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  32.66 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 285 aa  139  6e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1550  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 641 aa  139  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 281 aa  139  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  32.66 
 
 		 296 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  32.66 
 
 		 296 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  31.45 
 
 		 281 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 285 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0625  bifunctional glucokinase/RpiR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 639 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 284 aa  138  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>