More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1605 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



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Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_1605  putative xylose repressor  100 
 
 
417 aa  815    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5569  ROK family protein  64.94 
 
 
448 aa  501  1e-140  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.575796  normal  0.481694 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  47.04 
 
 
403 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1294  transcriptional repressor of the xylose operon  47.76 
 
 
401 aa  293  3e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3783  ROK family protein  40.5 
 
 
457 aa  266  2.9999999999999995e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00347065  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1608  putative xylose repressor  41.11 
 
 
416 aa  250  3e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000726705  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0352  ROK family protein  38.42 
 
 
391 aa  215  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0149  ROK family protein  45.05 
 
 
473 aa  204  3e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0514897 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1794  ROK family protein  38.89 
 
 
382 aa  200  5e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00140797  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5345  ROK family protein  36.93 
 
 
417 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  36.83 
 
 
418 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22700  transcriptional regulator/sugar kinase  37.84 
 
 
413 aa  197  3e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  33.59 
 
 
409 aa  192  8e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06180  transcriptional regulator/sugar kinase  38.65 
 
 
406 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.977582  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0465  ROK family protein  33.57 
 
 
410 aa  180  4.999999999999999e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0180  ROK family protein  37.43 
 
 
404 aa  180  4.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  29.21 
 
 
410 aa  179  7e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2429  ROK family protein  39.41 
 
 
418 aa  174  3.9999999999999995e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01680  transcriptional regulator/sugar kinase  36.1 
 
 
392 aa  174  3.9999999999999995e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28270  transcriptional regulator/sugar kinase  36.25 
 
 
434 aa  172  1e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2826  ROK family protein  35.8 
 
 
403 aa  169  1e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  31.62 
 
 
395 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1129  ROK family protein  35.44 
 
 
436 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0571556 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  29.11 
 
 
399 aa  165  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2683  ROK domain-containing protein  37.53 
 
 
400 aa  163  5.0000000000000005e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  30.95 
 
 
397 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  32.38 
 
 
414 aa  162  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  29.31 
 
 
396 aa  162  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  33.33 
 
 
408 aa  160  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  33.33 
 
 
405 aa  159  7e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  32.97 
 
 
401 aa  159  8e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  29.08 
 
 
383 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  27.76 
 
 
408 aa  159  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6688  ROK family protein  38.1 
 
 
406 aa  158  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.395851 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  32.91 
 
 
400 aa  158  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  30.89 
 
 
399 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  30.88 
 
 
391 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  32.45 
 
 
399 aa  155  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2271  ROK family protein  35.26 
 
 
401 aa  155  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0826731 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  32.66 
 
 
398 aa  155  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3375  ROK family protein  33.84 
 
 
389 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0937322  normal  0.711006 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  28.12 
 
 
396 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1809  ROK family protein  29.21 
 
 
396 aa  151  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2379  ROK family protein  35.56 
 
 
395 aa  151  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1887  NagC family Transcriptional regulator  31.64 
 
 
409 aa  151  2e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0103401  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5021  ROK family protein  35.17 
 
 
387 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  30.27 
 
 
428 aa  150  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4867  ROK family protein  31.58 
 
 
389 aa  150  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  27.59 
 
 
416 aa  149  7e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2670  ROK family protein  34.72 
 
 
408 aa  149  9e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000218357  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24360  transcriptional regulator/sugar kinase  32.41 
 
 
389 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20601  normal  0.121694 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  32.2 
 
 
422 aa  148  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  31.04 
 
 
425 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  31.37 
 
 
398 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6738  ROK family protein  33.5 
 
 
413 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.193033 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  29.37 
 
 
400 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  32.07 
 
 
401 aa  147  3e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0904  ROK domain-containing protein  33.93 
 
 
408 aa  147  3e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  26.88 
 
 
400 aa  147  5e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1506  ROK family protein  33.68 
 
 
390 aa  146  7.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.809262  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2174  ROK family protein  35.03 
 
 
409 aa  145  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000419301 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0855  ROK family protein  27.23 
 
 
385 aa  145  1e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  34.28 
 
 
395 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  27.75 
 
 
364 aa  144  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0267  ROK family protein  34.24 
 
 
414 aa  145  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.234434  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  31.11 
 
 
402 aa  144  3e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  32.55 
 
 
387 aa  143  4e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5222  ROK family protein  32.1 
 
 
429 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  31.86 
 
 
389 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  26.46 
 
 
405 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  28.1 
 
 
407 aa  142  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  25.58 
 
 
408 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  31.36 
 
 
397 aa  142  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0646  ROK family protein  35.22 
 
 
438 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0223419  hitchhiker  0.00474804 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  27.16 
 
 
434 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3852  ROK family protein  32.96 
 
 
390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  28.86 
 
 
406 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  28.86 
 
 
406 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  28.86 
 
 
406 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  30.05 
 
 
393 aa  140  3e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  28.86 
 
 
406 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  28.86 
 
 
406 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4658  ROK family protein  31.39 
 
 
503 aa  140  3.9999999999999997e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00909635  hitchhiker  0.00487921 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  32.81 
 
 
410 aa  140  6e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  31.97 
 
 
429 aa  139  7e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5295  ROK family protein  33.51 
 
 
404 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.101654  normal  0.123744 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3130  ROK family protein  29.63 
 
 
407 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  28.15 
 
 
405 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  29.74 
 
 
402 aa  138  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  30 
 
 
404 aa  138  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  34.04 
 
 
425 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2986  ROK family protein  37.57 
 
 
398 aa  138  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.132315  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  31.12 
 
 
392 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013159  Svir_09540  transcriptional regulator/sugar kinase  30.56 
 
 
427 aa  137  4e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.208854 
 
 
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NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  28.35 
 
 
406 aa  137  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
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NC_012917  PC1_1201  ROK family protein  28.25 
 
 
407 aa  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0872056  n/a   
 
 
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NC_009953  Sare_4239  ROK family protein  31.7 
 
 
393 aa  137  5e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0397832  normal  0.0388456 
 
 
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NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  29.03 
 
 
406 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal 
 
 
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NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  29.03 
 
 
406 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal 
 
 
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NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  29.03 
 
 
406 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal 
 
 
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