120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1601 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  100 
 
 		 970 aa  1959    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2572  CRISPR-associated helicase Cas3  50.51 
 
 		 986 aa  793    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  67.7 
 
 		 965 aa  1275    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  66.08 
 
 		 968 aa  1195    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  57.75 
 
 		 1540 aa  974    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3055  CRISPR-associated helicase Cas3  43.14 
 
 		 918 aa  602  1e-170  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107976  hitchhiker  0.000610459 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  32.63 
 
 		 948 aa  450  1e-125  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  35.63 
 
 		 922 aa  402  9.999999999999999e-111  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  34.5 
 
 		 962 aa  390  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  34.41 
 
 		 943 aa  392  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  35.12 
 
 		 944 aa  354  4e-96  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  32.08 
 
 		 887 aa  325  2e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  32.53 
 
 		 899 aa  319  2e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  34 
 
 		 905 aa  309  1.0000000000000001e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  31.95 
 
 		 854 aa  299  2e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.62 
 
 		 885 aa  288  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  33.25 
 
 		 929 aa  282  2e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  32.05 
 
 		 879 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  32.02 
 
 		 832 aa  270  1e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  29.41 
 
 		 908 aa  267  8e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  32.01 
 
 		 901 aa  266  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.77 
 
 		 971 aa  264  4.999999999999999e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  30.78 
 
 		 921 aa  255  3e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.95 
 
 		 892 aa  251  5e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  31.86 
 
 		 927 aa  244  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.56 
 
 		 944 aa  244  5e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  32.41 
 
 		 919 aa  243  1e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  30.16 
 
 		 899 aa  241  6.999999999999999e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  29.79 
 
 		 906 aa  237  8e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  29.8 
 
 		 912 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  29.03 
 
 		 915 aa  232  3e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  29.6 
 
 		 912 aa  227  7e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  28.55 
 
 		 854 aa  226  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  32.44 
 
 		 892 aa  220  8.999999999999998e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  34.74 
 
 		 701 aa  216  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.11 
 
 		 920 aa  216  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.06 
 
 		 897 aa  216  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  27.88 
 
 		 887 aa  215  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  29.7 
 
 		 904 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  27.95 
 
 		 887 aa  214  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  31.35 
 
 		 897 aa  214  9e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  28.06 
 
 		 899 aa  211  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  29.74 
 
 		 860 aa  208  3e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  27.63 
 
 		 907 aa  207  7e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  27.62 
 
 		 899 aa  207  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  32.52 
 
 		 933 aa  206  2e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  36.12 
 
 		 897 aa  206  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  28.4 
 
 		 885 aa  204  8e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  27.03 
 
 		 837 aa  202  3e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  27.57 
 
 		 888 aa  201  7e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  26.32 
 
 		 908 aa  199  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.18776 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  29.29 
 
 		 888 aa  198  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  27.36 
 
 		 860 aa  198  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  33.73 
 
 		 883 aa  197  8.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  28 
 
 		 888 aa  196  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  28.34 
 
 		 871 aa  194  8e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  32.14 
 
 		 594 aa  178  5e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  26.6 
 
 		 823 aa  171  5e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  28.93 
 
 		 881 aa  158  5.0000000000000005e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  28.52 
 
 		 871 aa  157  9e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  29.1 
 
 		 876 aa  153  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  29.08 
 
 		 887 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  29.06 
 
 		 868 aa  151  7e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  29.79 
 
 		 888 aa  148  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  28.51 
 
 		 885 aa  137  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  23.76 
 
 		 737 aa  131  7.000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  32.58 
 
 		 456 aa  122  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  30 
 
 		 857 aa  117  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  27.18 
 
 		 750 aa  116  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  25.77 
 
 		 763 aa  107  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  24.9 
 
 		 741 aa  103  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  28.67 
 
 		 729 aa  100  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  29.02 
 
 		 795 aa  99.4  3e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  26.65 
 
 		 827 aa  95.5  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  24.94 
 
 		 778 aa  94.4  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  22.86 
 
 		 736 aa  90.1  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  28.25 
 
 		 804 aa  89  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  25 
 
 		 741 aa  88.6  6e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  24.78 
 
 		 750 aa  85.5  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  23.08 
 
 		 726 aa  84  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  26.6 
 
 		 917 aa  83.2  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  21.76 
 
 		 762 aa  83.2  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  24.26 
 
 		 807 aa  81.3  0.00000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  28.61 
 
 		 781 aa  80.5  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0351  CRISPR-associated helicase Cas3  19.8 
 
 		 651 aa  78.6  0.0000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0262148  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  25.71 
 
 		 779 aa  78.2  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  22.54 
 
 		 764 aa  76.6  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  29.35 
 
 		 1027 aa  74.3  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  27.01 
 
 		 783 aa  73.2  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  28.88 
 
 		 850 aa  73.6  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.30369 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  24.43 
 
 		 744 aa  70.9  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  28.33 
 
 		 566 aa  70.1  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  28.71 
 
 		 801 aa  70.1  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  25.85 
 
 		 775 aa  68.2  0.0000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1639  CRISPR-associated helicase Cas3  26.01 
 
 		 791 aa  66.2  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0940  CRISPR-associated helicase Cas3  21.13 
 
 		 800 aa  63.9  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  21.28 
 
 		 729 aa  64.3  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2872  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  26.06 
 
 		 1209 aa  61.6  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.286079  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  29.85 
 
 		 811 aa  61.2  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2649  CRISPR-associated helicase Cas3  34.78 
 
 		 873 aa  58.2  0.0000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00423349  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>