More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1232 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_1232  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
218 aa  447  1e-125  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1085  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 
187 aa  112  5e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.973817  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1058  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 
187 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1074  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 
187 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.220175  normal  0.111345 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1714  transcriptional regulator, TetR family  34.34 
 
 
211 aa  105  6e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.058675  normal  0.0438262 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  35.96 
 
 
215 aa  98.2  8e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.323857 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  31.49 
 
 
200 aa  95.5  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0253  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
208 aa  91.7  8e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.920099  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0641  TetR family transcriptional regulator  36.78 
 
 
211 aa  90.9  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.109704  normal  0.126118 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28140  transcriptional regulator  32.12 
 
 
216 aa  87.4  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5705  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 
220 aa  86.7  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3404  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
198 aa  86.7  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.64747  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0472  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
193 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.957077  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0483  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
193 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0459  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
193 aa  85.5  5e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2588  transcriptional regulator, TetR family  38.01 
 
 
185 aa  85.5  6e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9138  putative transcriptional regulator, TetR family  32.77 
 
 
217 aa  84.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2830  TetR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
187 aa  83.2  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.082996  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5561  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 
196 aa  82  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.842065 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2723  regulatory protein TetR  29.89 
 
 
198 aa  78.6  0.00000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.769324  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  28.43 
 
 
207 aa  75.9  0.0000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6563  putative transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 
186 aa  74.7  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0113679 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1366  TetR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
235 aa  73.9  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0482522  normal  0.0728361 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4395  transcriptional regulator, TetR family  34.19 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4918  TetR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
193 aa  73.2  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3408  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
205 aa  73.2  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.954504  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2249  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
227 aa  72.8  0.000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.111246  normal  0.0445772 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2569  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
197 aa  72.4  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.498768  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0252  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 
194 aa  71.6  0.000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  30.9 
 
 
198 aa  71.2  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  28.44 
 
 
213 aa  69.3  0.00000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2506  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 
219 aa  68.9  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.368527  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1733  transcriptional regulator, TetR family  31.64 
 
 
213 aa  68.6  0.00000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0446931  hitchhiker  0.00691691 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3581  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
200 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.919672  normal  0.194712 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6679  transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 
209 aa  67.8  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.874837  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0982  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
194 aa  66.6  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3662  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
191 aa  66.6  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.995327  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2395  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 
205 aa  64.7  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.431985  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0576  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
210 aa  62.8  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2959  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
204 aa  62.4  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.878802  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3003  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
204 aa  62.4  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.384269 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
206 aa  62.4  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3630  transcriptional regulator, TetR family  30.35 
 
 
203 aa  62.4  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0460373 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2974  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
204 aa  62  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.329725  normal  0.021189 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0297  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
203 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0512572 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0416  transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 
228 aa  58.9  0.00000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  26.52 
 
 
226 aa  58.5  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4037  TetR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
219 aa  57.4  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.766436 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0087  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 
211 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0096  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 
211 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0589326 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0077  TetR family transcriptional regulator  45.9 
 
 
211 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3080  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 
190 aa  55.5  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0935243  normal  0.29502 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1562  putative transcriptional regulator, TetR family  27.12 
 
 
194 aa  55.1  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.196181  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6809  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 
178 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.318139  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1862  transcriptional regulator, TetR family  27.91 
 
 
213 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349014  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  43.28 
 
 
258 aa  53.1  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4666  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
200 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.243183 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  31.25 
 
 
214 aa  52.8  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 
212 aa  52.8  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10145  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
280 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.33 
 
 
223 aa  52  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  43.33 
 
 
223 aa  52  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.33 
 
 
223 aa  52  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.33 
 
 
223 aa  52  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.33 
 
 
223 aa  52  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  43.33 
 
 
223 aa  52  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.33 
 
 
223 aa  52  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.852921 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.33 
 
 
223 aa  52  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0744  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
217 aa  51.6  0.000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5773  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 
212 aa  52  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2565  transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 
248 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000672076  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0412  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 
212 aa  51.2  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.417244  normal  0.216002 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3775  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 
224 aa  51.2  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  29.77 
 
 
235 aa  51.6  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0873  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
186 aa  50.8  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4256  regulatory protein TetR  32.45 
 
 
215 aa  51.2  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.671328  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  41.67 
 
 
223 aa  50.8  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  38.04 
 
 
208 aa  51.2  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2860  TetR family transcriptional regulator  31.3 
 
 
226 aa  50.8  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.253372  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3815  regulatory protein, TetR  29.52 
 
 
252 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00651597  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2766  regulatory protein, TetR  31.96 
 
 
198 aa  50.4  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.597397  hitchhiker  0.0084658 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 
209 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
242 aa  50.1  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3212  TetR family transcriptional regulator  44.64 
 
 
223 aa  49.7  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.59703  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
266 aa  49.7  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5487  transcriptional regulator, TetR family  27.21 
 
 
205 aa  49.7  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.28208  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1287  putative DNA-binding transcriptional regulator  44.07 
 
 
225 aa  50.1  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.746343  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1177  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
190 aa  49.7  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 
263 aa  49.7  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
222 aa  49.3  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2875  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 
219 aa  49.3  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
235 aa  49.3  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 
190 aa  49.7  0.00004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0995  TetR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
190 aa  49.7  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.713352  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  38.81 
 
 
201 aa  49.3  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1801  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 
216 aa  49.7  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0914  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.33 
 
 
224 aa  49.3  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1159  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 
190 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1237  transcriptional regulator, TetR family  26.21 
 
 
190 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0313  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
202 aa  49.3  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.121906  hitchhiker  0.00929139 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>