More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1123 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 309 aa  620  1e-177  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  81.49 
 
 		 308 aa  496  1e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  77.99 
 
 		 309 aa  477  1e-133  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  78.96 
 
 		 309 aa  471  1e-132  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  73.14 
 
 		 310 aa  457  9.999999999999999e-129  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  67.31 
 
 		 312 aa  428  1e-119  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.51 
 
 		 308 aa  427  1e-119  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  65.47 
 
 		 310 aa  417  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  68.2 
 
 		 308 aa  419  1e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  69.61 
 
 		 307 aa  414  1e-114  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  64.38 
 
 		 308 aa  409  1e-113  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  70.26 
 
 		 309 aa  407  1.0000000000000001e-112  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.16 
 
 		 314 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  68.98 
 
 		 314 aa  400  9.999999999999999e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  66.89 
 
 		 309 aa  398  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  70.36 
 
 		 315 aa  397  9.999999999999999e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  67.53 
 
 		 313 aa  398  9.999999999999999e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.9 
 
 		 312 aa  395  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  61.69 
 
 		 313 aa  393  1e-108  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.38 
 
 		 311 aa  391  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.67 
 
 		 313 aa  392  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.46 
 
 		 309 aa  391  1e-108  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  65.56 
 
 		 309 aa  391  1e-108  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  63.4 
 
 		 308 aa  385  1e-106  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  63.93 
 
 		 312 aa  384  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  67 
 
 		 314 aa  379  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  63.31 
 
 		 308 aa  370  1e-101  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  66.56 
 
 		 310 aa  367  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  67.43 
 
 		 311 aa  364  1e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.96 
 
 		 308 aa  356  2.9999999999999997e-97  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60 
 
 		 308 aa  353  2e-96  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  61.17 
 
 		 308 aa  334  1e-90  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.34 
 
 		 320 aa  320  3e-86  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  44.19 
 
 		 321 aa  267  2e-70  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  44.26 
 
 		 304 aa  230  2e-59  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.52 
 
 		 308 aa  223  2e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  47.19 
 
 		 327 aa  222  6e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.75 
 
 		 300 aa  222  8e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.91 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.44 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  46.8 
 
 		 316 aa  219  6e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  42.09 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  37.63 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  45.42 
 
 		 331 aa  215  7e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  44.48 
 
 		 313 aa  215  7e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.47 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  42.19 
 
 		 319 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 315 aa  209  7e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  51.69 
 
 		 258 aa  207  1e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  41.96 
 
 		 377 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  39.04 
 
 		 311 aa  205  6e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.08 
 
 		 391 aa  205  7e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  38.7 
 
 		 311 aa  205  7e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.99 
 
 		 334 aa  205  7e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.99 
 
 		 347 aa  205  8e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.93 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  42.37 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.5 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.4 
 
 		 395 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.4 
 
 		 395 aa  202  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  42.22 
 
 		 329 aa  203  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  42.9 
 
 		 334 aa  203  4e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 320 aa  202  4e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  45.4 
 
 		 395 aa  202  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  45.4 
 
 		 389 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  45.4 
 
 		 389 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.04 
 
 		 301 aa  202  5e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  45.4 
 
 		 389 aa  202  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  45.4 
 
 		 389 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  42.16 
 
 		 318 aa  202  8e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.25 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  42.76 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  39.8 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  43.05 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.67 
 
 		 334 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  39.59 
 
 		 306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  41.1 
 
 		 329 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 400 aa  199  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.56 
 
 		 321 aa  198  7.999999999999999e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  42.99 
 
 		 405 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  40.89 
 
 		 352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  38.79 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  39.19 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.68 
 
 		 353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.39 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  42.99 
 
 		 407 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.88 
 
 		 320 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  35.05 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.01 
 
 		 438 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  40.2 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.01 
 
 		 402 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  40.99 
 
 		 327 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  40.94 
 
 		 331 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 		 299 aa  196  6e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  44.01 
 
 		 402 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  44.01 
 
 		 402 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  39.03 
 
 		 319 aa  195  7e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>