More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0080 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  71.28 
 
 		 665 aa  855    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  100 
 
 		 648 aa  1266    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  57.98 
 
 		 645 aa  627  1e-178  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  56.96 
 
 		 644 aa  552  1e-156  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  56.12 
 
 		 637 aa  541  9.999999999999999e-153  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  52.82 
 
 		 647 aa  514  1e-144  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  54.13 
 
 		 619 aa  511  1e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  56.63 
 
 		 639 aa  509  1e-143  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  52.8 
 
 		 627 aa  479  1e-134  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  48.8 
 
 		 614 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 659 aa  146  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 563 aa  137  9e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  29.13 
 
 		 616 aa  136  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  28.64 
 
 		 705 aa  136  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  30.65 
 
 		 553 aa  126  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 597 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  27.15 
 
 		 741 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  28.5 
 
 		 562 aa  114  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  31.94 
 
 		 602 aa  109  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  25 
 
 		 600 aa  108  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 553 aa  106  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  26 
 
 		 403 aa  96.3  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  94  7e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  29.7 
 
 		 518 aa  92.8  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 537 aa  89.7  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  22.36 
 
 		 739 aa  88.2  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  33.44 
 
 		 525 aa  85.5  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  22.57 
 
 		 555 aa  84.3  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  26.63 
 
 		 848 aa  82.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03709  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  32.98 
 
 		 772 aa  82.8  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.3 
 
 		 356 aa  81.6  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.29 
 
 		 362 aa  81.3  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  20.65 
 
 		 740 aa  80.5  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 785 aa  80.5  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 		 1014 aa  78.6  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.31 
 
 		 1017 aa  79  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  23.08 
 
 		 616 aa  78.6  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  32.04 
 
 		 537 aa  78.2  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.07 
 
 		 732 aa  78.2  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  31.58 
 
 		 525 aa  77  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  28.17 
 
 		 520 aa  76.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3668  transcriptional regulator, CdaR  25.49 
 
 		 534 aa  76.6  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.36524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3570  metal dependent phosphohydrolase  30.39 
 
 		 571 aa  76.3  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 		 2153 aa  75.9  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 404 aa  74.7  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2748  metal dependent phosphohydrolase  32.63 
 
 		 574 aa  74.7  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.941576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  31.25 
 
 		 438 aa  73.9  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  32.37 
 
 		 505 aa  72.8  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  26.07 
 
 		 558 aa  73.2  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.45 
 
 		 756 aa  73.2  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.37 
 
 		 947 aa  72  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.8 
 
 		 819 aa  71.6  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  26.38 
 
 		 554 aa  71.2  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  26.55 
 
 		 547 aa  70.9  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.52 
 
 		 1785 aa  70.5  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2290  transcriptional regulator, CdaR  34.26 
 
 		 403 aa  70.5  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0424892 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2264  putative GAF sensor protein  27.13 
 
 		 236 aa  70.1  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0685  CdaR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 546 aa  69.7  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.217307  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 733 aa  69.3  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3845  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  30 
 
 		 762 aa  69.3  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.61 
 
 		 548 aa  69.3  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 552 aa  68.9  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.35 
 
 		 2161 aa  69.3  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1217  metal dependent phosphohydrolase  23.6 
 
 		 371 aa  69.3  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  27.44 
 
 		 311 aa  69.3  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2414  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  33.73 
 
 		 756 aa  68.6  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  26.75 
 
 		 404 aa  68.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0884  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  33.75 
 
 		 755 aa  68.6  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  33.33 
 
 		 425 aa  68.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 		 3470 aa  68.9  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  32 
 
 		 410 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  32 
 
 		 410 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  32 
 
 		 410 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  32 
 
 		 410 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  32 
 
 		 410 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  32 
 
 		 410 aa  68.6  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  20.15 
 
 		 537 aa  67.4  0.0000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1029  transcriptional regulator CdaR  27.3 
 
 		 536 aa  67.4  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.133296 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23280  hypothetical protein  33.45 
 
 		 512 aa  67  0.0000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.122242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  32 
 
 		 410 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0566  transcriptional regulator, PucR family  28.8 
 
 		 532 aa  66.6  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 408 aa  66.6  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3631  signal transduction histidine kinase  27.86 
 
 		 666 aa  66.6  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.6 
 
 		 602 aa  66.6  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.525886  normal  0.309242 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 552 aa  66.6  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3177  adenylate/guanylate cyclase with GAF and PAS/PAC sensors  31.53 
 
 		 971 aa  67  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  26 
 
 		 717 aa  65.9  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 1527 aa  65.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  31.23 
 
 		 405 aa  66.2  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.87 
 
 		 819 aa  66.2  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  33.98 
 
 		 473 aa  66.6  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  31.93 
 
 		 543 aa  65.5  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0905  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  29.22 
 
 		 748 aa  64.7  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0677572  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  20.11 
 
 		 413 aa  64.7  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  28.36 
 
 		 398 aa  64.7  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 405 aa  64.7  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  34.65 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2694  putative PAS/PAC sensor protein  28.78 
 
 		 969 aa  64.3  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0176534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3398  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  29.22 
 
 		 748 aa  64.7  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00100115  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2414  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 		 545 aa  64.3  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>