More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0064 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  100 
 
 		 696 aa  1400    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  64.48 
 
 		 705 aa  902    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  62.5 
 
 		 703 aa  884    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  62.5 
 
 		 703 aa  884    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  55.29 
 
 		 699 aa  751    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  46.06 
 
 		 708 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  42.51 
 
 		 685 aa  471  1.0000000000000001e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  38.06 
 
 		 711 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  39.18 
 
 		 687 aa  430  1e-119  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  37.08 
 
 		 712 aa  427  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  37.68 
 
 		 704 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  37.73 
 
 		 704 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  37.73 
 
 		 704 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  36.34 
 
 		 705 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  36.06 
 
 		 706 aa  411  1e-113  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  37.04 
 
 		 737 aa  407  1.0000000000000001e-112  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  40.83 
 
 		 659 aa  369  1e-100  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  35.57 
 
 		 714 aa  366  1e-100  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  41.95 
 
 		 603 aa  351  3e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  35.04 
 
 		 752 aa  343  4e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1320  superfamily I DNA/RNA helicase  33.24 
 
 		 683 aa  338  2.9999999999999997e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.875169  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  42.03 
 
 		 679 aa  324  4e-87  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  35.52 
 
 		 759 aa  320  5e-86  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  34.52 
 
 		 737 aa  320  7.999999999999999e-86  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  35.14 
 
 		 690 aa  302  1e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  32.03 
 
 		 821 aa  301  3e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  35.37 
 
 		 717 aa  300  4e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  33.7 
 
 		 716 aa  299  1e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  32.15 
 
 		 696 aa  285  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  32.44 
 
 		 662 aa  279  1e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  31.81 
 
 		 673 aa  271  4e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  35.7 
 
 		 734 aa  192  2e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  32.29 
 
 		 697 aa  187  7e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  32.24 
 
 		 710 aa  183  8.000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  32.27 
 
 		 809 aa  178  4e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  32.78 
 
 		 700 aa  166  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  31.06 
 
 		 695 aa  160  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  30.57 
 
 		 712 aa  154  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  30.55 
 
 		 695 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000385426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  24.36 
 
 		 819 aa  141  3.9999999999999997e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  30.57 
 
 		 663 aa  134  6.999999999999999e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  24.25 
 
 		 815 aa  132  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.34 
 
 		 1107 aa  119  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  28.74 
 
 		 508 aa  108  3e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  27.31 
 
 		 671 aa  103  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  30.74 
 
 		 619 aa  100  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0928  UvrD/REP helicase  30.33 
 
 		 876 aa  95.1  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  33.33 
 
 		 615 aa  93.6  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  30.56 
 
 		 593 aa  91.7  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  31.01 
 
 		 601 aa  89.7  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07530  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.39 
 
 		 694 aa  88.2  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  30.3 
 
 		 607 aa  87.8  6e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  30.28 
 
 		 612 aa  86.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  23.52 
 
 		 564 aa  84.7  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  27.04 
 
 		 632 aa  83.6  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  25.19 
 
 		 616 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3362  UvrD family helicase  23.73 
 
 		 630 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.753608  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  25.58 
 
 		 613 aa  82  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1516  UvrD/REP helicase  29.29 
 
 		 688 aa  82  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200062  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2753  UvrD/REP helicase  27.73 
 
 		 726 aa  81.3  0.00000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  28 
 
 		 610 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0715  UvrD/REP helicase  28.87 
 
 		 690 aa  79  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  32.79 
 
 		 1089 aa  77.8  0.0000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  27.15 
 
 		 689 aa  77.8  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.63 
 
 		 710 aa  77.4  0.0000000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  27.52 
 
 		 616 aa  76.6  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1179  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 		 701 aa  77  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0987227 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  26.82 
 
 		 619 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27560  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.1 
 
 		 699 aa  76.3  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  24.81 
 
 		 681 aa  76.3  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  28.08 
 
 		 625 aa  76.6  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3739  UvrD/REP helicase  28.61 
 
 		 719 aa  76.3  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.156307  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  27.25 
 
 		 682 aa  75.5  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  29.14 
 
 		 674 aa  75.1  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4120  UvrD/REP helicase  28.09 
 
 		 719 aa  74.7  0.000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.344601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0116  hypothetical protein  27.56 
 
 		 335 aa  73.9  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  25.7 
 
 		 712 aa  72.8  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1549  hypothetical protein  45.1 
 
 		 465 aa  72.4  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.400172  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  26.56 
 
 		 708 aa  72.4  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13220  ATP-dependent DNA helicase II uvrD2  26.07 
 
 		 700 aa  71.2  0.00000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.529496 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3743  UvrD/REP helicase  27.3 
 
 		 702 aa  71.2  0.00000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0471553  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7799  UvrD/REP helicase  27.03 
 
 		 787 aa  70.9  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2475  UvrD/REP helicase  25.9 
 
 		 717 aa  70.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000259044 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0656  DNA helicase IV  25.37 
 
 		 699 aa  70.5  0.00000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2469  UvrD/REP helicase  30.26 
 
 		 670 aa  69.7  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0942687  hitchhiker  0.000141757 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2699  UvrD/REP helicase  25.88 
 
 		 709 aa  68.6  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.506078  hitchhiker  0.00000113903 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3101  DNA helicase II  25.88 
 
 		 709 aa  68.6  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.546852  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0786  UvrD/REP helicase  28.94 
 
 		 685 aa  68.6  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.91065  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  26.07 
 
 		 1244 aa  68.2  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.79 
 
 		 802 aa  68.2  0.0000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  26.17 
 
 		 727 aa  67.8  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  24.54 
 
 		 515 aa  67.4  0.0000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  25.69 
 
 		 729 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  25.69 
 
 		 1143 aa  66.6  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1110  hypothetical protein  26.09 
 
 		 702 aa  67  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.924141 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  26.42 
 
 		 726 aa  66.2  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  23.58 
 
 		 1033 aa  65.9  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0461  UvrD/REP helicase  27.06 
 
 		 715 aa  65.5  0.000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  25.83 
 
 		 727 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  28.39 
 
 		 721 aa  65.9  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>