More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0004 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  100 
 
 
377 aa  746    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  69.23 
 
 
377 aa  502  1e-141  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  63.52 
 
 
390 aa  462  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  64.84 
 
 
401 aa  444  1.0000000000000001e-124  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  68.5 
 
 
379 aa  444  1.0000000000000001e-124  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  61.52 
 
 
381 aa  431  1e-119  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  64.36 
 
 
371 aa  431  1e-119  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  59.64 
 
 
390 aa  418  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  56.87 
 
 
420 aa  419  1e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  59.05 
 
 
399 aa  417  9.999999999999999e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.19 
 
 
397 aa  410  1e-113  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  57.98 
 
 
378 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  60.48 
 
 
377 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  62.33 
 
 
376 aa  404  1e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  55.18 
 
 
414 aa  399  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  61.99 
 
 
391 aa  400  9.999999999999999e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.53 
 
 
380 aa  397  1e-109  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  54.05 
 
 
402 aa  397  1e-109  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  60.59 
 
 
380 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  60.59 
 
 
380 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  57.37 
 
 
389 aa  392  1e-108  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  60.59 
 
 
380 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  60.45 
 
 
398 aa  393  1e-108  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  57.22 
 
 
386 aa  390  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.79 
 
 
399 aa  385  1e-106  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  52.13 
 
 
401 aa  380  1e-104  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  57.64 
 
 
390 aa  377  1e-103  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  55.7 
 
 
401 aa  377  1e-103  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  54.57 
 
 
385 aa  351  1e-95  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  51.36 
 
 
371 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  50.27 
 
 
397 aa  334  2e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  48.24 
 
 
415 aa  334  2e-90  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  47.24 
 
 
414 aa  322  9.000000000000001e-87  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.29 
 
 
485 aa  312  6.999999999999999e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  48.8 
 
 
404 aa  298  1e-79  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  63.56 
 
 
457 aa  265  1e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  37.39 
 
 
375 aa  238  2e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  38.42 
 
 
395 aa  228  2e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  31.65 
 
 
361 aa  223  4e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  31.65 
 
 
361 aa  223  4e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  35.26 
 
 
375 aa  223  4e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  35.26 
 
 
375 aa  222  8e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  35.26 
 
 
375 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  33.16 
 
 
374 aa  221  1.9999999999999999e-56  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  35 
 
 
375 aa  220  3e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  35 
 
 
375 aa  220  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  35 
 
 
375 aa  220  3e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  35 
 
 
375 aa  220  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  35 
 
 
375 aa  220  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  35 
 
 
375 aa  220  3e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  39.34 
 
 
398 aa  219  7.999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  35.26 
 
 
373 aa  218  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  36.16 
 
 
374 aa  217  2.9999999999999998e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  34.74 
 
 
364 aa  215  8e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  35 
 
 
375 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  34.66 
 
 
370 aa  214  1.9999999999999998e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  34.66 
 
 
370 aa  214  1.9999999999999998e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.58 
 
 
376 aa  212  7.999999999999999e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  35.09 
 
 
372 aa  211  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  34.48 
 
 
371 aa  211  2e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.16 
 
 
372 aa  211  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  33.6 
 
 
374 aa  209  9e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  32.72 
 
 
369 aa  204  2e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  33.25 
 
 
371 aa  203  5e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  32.96 
 
 
369 aa  202  6e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.55 
 
 
373 aa  201  9.999999999999999e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.89 
 
 
371 aa  200  3e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  31.95 
 
 
374 aa  200  3.9999999999999996e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.24 
 
 
360 aa  199  6e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  29.59 
 
 
433 aa  199  7e-50  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.42 
 
 
365 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  34.56 
 
 
365 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.59 
 
 
386 aa  194  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.72 
 
 
382 aa  194  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  32.72 
 
 
359 aa  193  4e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  34.46 
 
 
365 aa  192  6e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  37 
 
 
392 aa  192  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.99 
 
 
364 aa  191  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  35.14 
 
 
364 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  32.01 
 
 
366 aa  189  8e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  37.5 
 
 
394 aa  187  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  32.58 
 
 
371 aa  185  1.0000000000000001e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  36.59 
 
 
387 aa  179  9e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  33.24 
 
 
370 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.42 
 
 
360 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  27.15 
 
 
362 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  34.53 
 
 
384 aa  172  6.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.51 
 
 
370 aa  172  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  34.5 
 
 
386 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.1 
 
 
370 aa  171  3e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  33.8 
 
 
368 aa  170  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  38.02 
 
 
385 aa  170  5e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  27.3 
 
 
359 aa  169  9e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.49 
 
 
359 aa  169  1e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  30.51 
 
 
364 aa  167  2e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.29 
 
 
374 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  30.73 
 
 
369 aa  165  9e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.18 
 
 
358 aa  161  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.51 
 
 
362 aa  160  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.25 
 
 
363 aa  160  3e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>