More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tery_1325 on replicon NC_008312
Organism: Trichodesmium erythraeum IMS101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
334 aa  691    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  78.14 
 
 
357 aa  565  1e-160  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  78.44 
 
 
350 aa  560  1e-158  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  78.44 
 
 
351 aa  540  9.999999999999999e-153  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  74.25 
 
 
337 aa  528  1e-149  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  73.62 
 
 
336 aa  497  1e-140  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  73.62 
 
 
336 aa  497  1e-140  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  50.96 
 
 
335 aa  320  1.9999999999999998e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  50.48 
 
 
335 aa  320  3e-86  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.85 
 
 
335 aa  318  7.999999999999999e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  50 
 
 
335 aa  312  5.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.55 
 
 
356 aa  305  6e-82  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  50 
 
 
336 aa  298  8e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.2 
 
 
334 aa  296  5e-79  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  49.84 
 
 
333 aa  293  2e-78  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.01 
 
 
330 aa  293  4e-78  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  46.73 
 
 
330 aa  289  4e-77  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  41.88 
 
 
319 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.01 
 
 
321 aa  250  3e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.97 
 
 
332 aa  250  3e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.3 
 
 
320 aa  249  5e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.91 
 
 
348 aa  249  5e-65  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.65 
 
 
333 aa  248  7e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  43.29 
 
 
320 aa  248  9e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.99 
 
 
351 aa  248  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  42.86 
 
 
347 aa  246  4e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.92 
 
 
354 aa  241  1e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.62 
 
 
322 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.4 
 
 
352 aa  241  1e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 
322 aa  240  2e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.26 
 
 
347 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  39.6 
 
 
326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  39.6 
 
 
326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 
346 aa  229  5e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.75 
 
 
317 aa  229  6e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.99 
 
 
343 aa  229  6e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.56 
 
 
328 aa  229  6e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  38.3 
 
 
343 aa  227  2e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.94 
 
 
324 aa  226  3e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.51 
 
 
327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.09 
 
 
333 aa  225  8e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.63 
 
 
337 aa  225  8e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  39.12 
 
 
347 aa  225  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.16 
 
 
318 aa  221  9.999999999999999e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 
353 aa  221  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.73 
 
 
327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  38.15 
 
 
325 aa  220  3e-56  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.92 
 
 
325 aa  220  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0013  NifR3/Smm1 family protein  36.02 
 
 
334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.74 
 
 
324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.33 
 
 
317 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  37.29 
 
 
347 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.22 
 
 
321 aa  218  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.62 
 
 
343 aa  218  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.74 
 
 
333 aa  218  1e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  38.12 
 
 
350 aa  217  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.32 
 
 
354 aa  218  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.02 
 
 
327 aa  216  2.9999999999999998e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35.6 
 
 
334 aa  217  2.9999999999999998e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.97 
 
 
393 aa  216  4e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.39 
 
 
358 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.34 
 
 
327 aa  214  9.999999999999999e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 
329 aa  214  9.999999999999999e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  40.33 
 
 
353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  34.59 
 
 
342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 
332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  38.92 
 
 
327 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.13 
 
 
334 aa  213  4.9999999999999996e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.89 
 
 
321 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  37.38 
 
 
325 aa  212  7e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.94 
 
 
331 aa  212  9e-54  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.34 
 
 
321 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.5 
 
 
346 aa  210  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.93 
 
 
338 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.81 
 
 
349 aa  210  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  36.39 
 
 
344 aa  210  3e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  36.09 
 
 
346 aa  209  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  39.25 
 
 
332 aa  209  5e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.32 
 
 
381 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  42.76 
 
 
342 aa  209  6e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  38.49 
 
 
319 aa  209  7e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  40.47 
 
 
336 aa  209  8e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.42 
 
 
335 aa  209  8e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  38.62 
 
 
353 aa  209  8e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.89 
 
 
332 aa  208  9e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2884  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  38.91 
 
 
354 aa  208  9e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.423298  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  42.32 
 
 
327 aa  208  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  36.99 
 
 
333 aa  207  1e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.15 
 
 
356 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.02 
 
 
321 aa  207  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  38.59 
 
 
332 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  38.59 
 
 
332 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.91 
 
 
332 aa  207  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.09 
 
 
352 aa  206  4e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.83 
 
 
332 aa  206  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.2 
 
 
370 aa  206  5e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  36.71 
 
 
325 aa  206  5e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.45 
 
 
321 aa  206  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.02 
 
 
328 aa  206  6e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.32 
 
 
396 aa  205  7e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>