More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcur_0004 on replicon NC_013510
Organism: Thermomonospora curvata DSM 43183



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
379 aa  733  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  67.18 
 
 
390 aa  489  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  68.25 
 
 
377 aa  486  1e-136  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  66.25 
 
 
401 aa  476  1e-133  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  65.04 
 
 
381 aa  464  1e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  68.5 
 
 
377 aa  460  1e-128  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  60.67 
 
 
390 aa  439  1e-122  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  3.32989e-05  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  64.29 
 
 
371 aa  437  1e-121  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  57.85 
 
 
420 aa  433  1e-120  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  58.21 
 
 
414 aa  430  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  59.7 
 
 
399 aa  422  1e-117  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  62.43 
 
 
380 aa  418  1e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  61.88 
 
 
380 aa  421  1e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  62.43 
 
 
380 aa  417  1e-115  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  63.17 
 
 
391 aa  416  1e-115  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  62.43 
 
 
380 aa  417  1e-115  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.79 
 
 
397 aa  413  1e-114  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.73 
 
 
378 aa  411  1e-113  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.01 
 
 
399 aa  410  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  60.69 
 
 
377 aa  407  1e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  59.78 
 
 
386 aa  406  1e-112  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  60.59 
 
 
390 aa  405  1e-112  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  58.22 
 
 
389 aa  402  1e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  60.73 
 
 
376 aa  403  1e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  1.75389e-08 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  55.14 
 
 
402 aa  395  1e-109  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15476e-13 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.54 
 
 
398 aa  395  1e-109  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  57.29 
 
 
401 aa  389  1e-107  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  54.02 
 
 
401 aa  391  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  57.34 
 
 
385 aa  383  1e-105  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  52.25 
 
 
371 aa  343  3e-93  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  48.14 
 
 
415 aa  337  1e-91  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  9.51254e-07  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  50.13 
 
 
397 aa  337  2e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  48.64 
 
 
414 aa  336  4e-91  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.62 
 
 
485 aa  333  4e-90  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  52.93 
 
 
404 aa  322  5e-87  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  64.53 
 
 
457 aa  266  5e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  37.01 
 
 
375 aa  243  3e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  39.18 
 
 
395 aa  224  2e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  38.6 
 
 
398 aa  219  5e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  34.29 
 
 
371 aa  217  3e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.72 
 
 
376 aa  209  6e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  31.83 
 
 
369 aa  208  1e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  37.44 
 
 
392 aa  207  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  29.89 
 
 
361 aa  206  7e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  29.89 
 
 
361 aa  206  7e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  29.64 
 
 
433 aa  204  1e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.56 
 
 
386 aa  205  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  31.81 
 
 
374 aa  203  3e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.87 
 
 
371 aa  203  4e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.95 
 
 
365 aa  202  1e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  32.19 
 
 
375 aa  200  3e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  31.66 
 
 
375 aa  200  4e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  31.66 
 
 
375 aa  199  1e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  31.4 
 
 
375 aa  199  1e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.04808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  31.4 
 
 
375 aa  199  1e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  31.4 
 
 
375 aa  199  1e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  32.19 
 
 
375 aa  198  1e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  31.4 
 
 
375 aa  197  2e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  31.4 
 
 
375 aa  197  2e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  31.4 
 
 
375 aa  197  2e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.81 
 
 
360 aa  194  1e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  31.4 
 
 
373 aa  194  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.12 
 
 
370 aa  194  3e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  36.36 
 
 
387 aa  192  1e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  30.71 
 
 
374 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.14234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  32.89 
 
 
374 aa  190  3e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.01 
 
 
372 aa  189  9e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  31.25 
 
 
370 aa  187  3e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  37.5 
 
 
394 aa  187  3e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  31.25 
 
 
370 aa  187  3e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  30.37 
 
 
374 aa  186  5e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  31.76 
 
 
372 aa  186  8e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  28.27 
 
 
362 aa  185  1e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.39 
 
 
382 aa  184  2e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  31.71 
 
 
371 aa  183  3e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  30.18 
 
 
369 aa  184  3e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  32.68 
 
 
371 aa  182  7e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  29.82 
 
 
364 aa  182  7e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  35.69 
 
 
370 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  30.39 
 
 
364 aa  180  4e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  32.29 
 
 
366 aa  179  5e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  36.8 
 
 
385 aa  180  5e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.68 
 
 
373 aa  178  1e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.61 
 
 
359 aa  176  5e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.77 
 
 
363 aa  171  2e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  33.76 
 
 
365 aa  170  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  34.7 
 
 
365 aa  170  4e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  26.83 
 
 
359 aa  169  6e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.76 
 
 
369 aa  167  3e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.96 
 
 
374 aa  166  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  33.25 
 
 
364 aa  166  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.51 
 
 
364 aa  166  7e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.24 
 
 
360 aa  166  9e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  28.05 
 
 
367 aa  165  1e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  2.41058e-09 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.23 
 
 
370 aa  165  1e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  33.82 
 
 
386 aa  163  4e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  33.07 
 
 
376 aa  162  9e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  33.24 
 
 
384 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  31.78 
 
 
390 aa  161  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.09 
 
 
363 aa  160  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>