122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0014 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  97.62 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 86 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 86 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 86 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 96 bp  65.9  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  95 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0028  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000693874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1785  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0034  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.248772  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1758  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1981  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1542  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1653  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0007  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna117  tRNA-Ser  83.56 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna009  tRNA-Ser  83.56 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna016  tRNA-Ser  83.56 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000103361  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00325  tRNA-Ser  83.56 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03029  tRNA-Ser  83.56 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05459  tRNA-Ser  83.56 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06826  tRNA-Ser  83.56 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna043  tRNA-Ser  83.56 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0061  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0952351  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  82.14 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0007  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>