168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0012 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1415  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000411683  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t27  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0226872  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA53  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224894  normal  0.311657 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0096  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.157485 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t63  tRNA-Arg  88 
 
 		 69 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.198832 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0077  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.749348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0046  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00661721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0065  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025488  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00007  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0045  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000178577  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20500  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0314727  normal  0.242417 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0052  tRNA-Val  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000137415  normal  0.324257 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0586  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00782572  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>