More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_2061 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  100 
 
 		 301 aa  613  1e-175  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1766  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  82.39 
 
 		 301 aa  525  1e-148  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.918853 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  79.07 
 
 		 301 aa  502  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  77.41 
 
 		 301 aa  499  1e-140  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  77.74 
 
 		 301 aa  498  1e-140  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0363  SSU ribosomal protein S6P modification protein  76.08 
 
 		 301 aa  496  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0686  SSU ribosomal protein S6P modification protein  77.74 
 
 		 301 aa  496  1e-139  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000259145  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  75.33 
 
 		 302 aa  491  9.999999999999999e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  78.07 
 
 		 301 aa  493  9.999999999999999e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0234  ribosomal protein S6 modification protein  75.42 
 
 		 301 aa  488  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0173  S6 modification enzyme RimK  75.42 
 
 		 301 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  76.08 
 
 		 301 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  76.08 
 
 		 301 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0248  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  74.42 
 
 		 301 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0180089 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0262  SSU ribosomal protein S6P modification protein  75.08 
 
 		 301 aa  481  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0263  alpha-L-glutamate ligase  74.42 
 
 		 301 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.553998 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05140  ribosomal protein S6 modification enzyme RimK  75.08 
 
 		 301 aa  483  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  76.41 
 
 		 301 aa  481  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4964  alpha-L-glutamate ligase  74.42 
 
 		 301 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000940925 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  76.82 
 
 		 302 aa  478  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  74.09 
 
 		 301 aa  478  1e-134  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0273  alpha-L-glutamate ligase  74.42 
 
 		 301 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  74.09 
 
 		 301 aa  473  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  74.17 
 
 		 302 aa  473  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  73.42 
 
 		 301 aa  466  9.999999999999999e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2353  alpha-L-glutamate ligase  74.42 
 
 		 301 aa  466  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000863949  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1361  alpha-L-glutamate ligase  72.43 
 
 		 301 aa  466  9.999999999999999e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.934336  hitchhiker  0.0000103664 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2640  S6 modification enzyme RimK  73.75 
 
 		 301 aa  461  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.363149  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  73.42 
 
 		 301 aa  459  9.999999999999999e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  73.09 
 
 		 301 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  71.76 
 
 		 305 aa  459  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1212  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  72.76 
 
 		 301 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0387338  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  73.42 
 
 		 301 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  73.79 
 
 		 299 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  73.68 
 
 		 286 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  71.72 
 
 		 307 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  73.79 
 
 		 299 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  73.79 
 
 		 299 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  73.79 
 
 		 299 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2143  alpha-L-glutamate ligase  70.76 
 
 		 301 aa  449  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000119851  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  71.1 
 
 		 301 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  71.1 
 
 		 301 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  71.1 
 
 		 301 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  71.72 
 
 		 298 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  71.1 
 
 		 301 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  71.14 
 
 		 301 aa  444  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  70.53 
 
 		 302 aa  442  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  70.47 
 
 		 302 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  70.13 
 
 		 302 aa  436  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  68.77 
 
 		 301 aa  432  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1791  ribosomal protein S6 modification protein  65.45 
 
 		 301 aa  424  1e-118  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0386  ribosomal protein S6 modification protein  65.45 
 
 		 301 aa  424  1e-118  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.786331  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  65.75 
 
 		 300 aa  417  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  67.01 
 
 		 303 aa  414  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  68.51 
 
 		 299 aa  416  9.999999999999999e-116  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.014544 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  64.9 
 
 		 302 aa  412  1e-114  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  64.9 
 
 		 302 aa  412  1e-114  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  66.67 
 
 		 303 aa  411  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  66.11 
 
 		 300 aa  410  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  65 
 
 		 300 aa  410  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00857  ribosomal protein S6 modification protein  65.17 
 
 		 300 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  65.17 
 
 		 300 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  65.17 
 
 		 300 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  65.52 
 
 		 300 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0955  ribosomal protein S6 modification protein  65.17 
 
 		 300 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  65.17 
 
 		 300 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0546  alpha-L-glutamate ligase  66.67 
 
 		 301 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3484  alpha-L-glutamate ligase  66.67 
 
 		 301 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0545  alpha-L-glutamate ligase  65.97 
 
 		 301 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  65.17 
 
 		 300 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0546  ribosomal protein S6 modification protein  65.62 
 
 		 301 aa  403  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  65.17 
 
 		 300 aa  404  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1366  ribosomal protein S6 modification protein  63.33 
 
 		 300 aa  402  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0505  alpha-L-glutamate ligase  64.41 
 
 		 301 aa  400  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  64.41 
 
 		 301 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  66.32 
 
 		 301 aa  402  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2480  ribosomal protein S6 modification protein  65.17 
 
 		 300 aa  404  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3763  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  64.41 
 
 		 301 aa  400  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.86581 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3819  alpha-L-glutamate ligase  64.41 
 
 		 301 aa  400  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  64.07 
 
 		 301 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0912  ribosomal protein S6 modification protein  64.04 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  64.04 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0980  ribosomal protein S6 modification protein  64.04 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0524519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1028  ribosomal protein S6 modification protein  63.7 
 
 		 300 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.275544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1009  ribosomal protein S6 modification protein  64.04 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5981  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  62.29 
 
 		 301 aa  389  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02460  ribosomal protein S6 modification protein  62.98 
 
 		 290 aa  385  1e-106  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.76969  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0769  SSU ribosomal protein S6P modification protein  61.41 
 
 		 471 aa  372  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.974202  normal  0.327706 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  60.21 
 
 		 459 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  58.9 
 
 		 310 aa  363  2e-99  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  58.13 
 
 		 456 aa  363  2e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6087  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  59.47 
 
 		 302 aa  358  8e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3184  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  59.25 
 
 		 292 aa  357  9.999999999999999e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02302  ribosomal protein S6 modification protein  58.42 
 
 		 305 aa  352  4e-96  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2101  alpha-L-glutamate ligase  57.44 
 
 		 458 aa  348  5e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00703256  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2582  alpha-L-glutamate ligase  57.53 
 
 		 455 aa  344  1e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.151882  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3274  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  57.49 
 
 		 300 aa  343  2e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2103  ribosomal protein S6 modification protein  56.94 
 
 		 301 aa  343  2.9999999999999997e-93  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2024  alpha-L-glutamate ligase  56.25 
 
 		 301 aa  339  4e-92  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.095015  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3341  ribosomal protein S6 modification protein  59.25 
 
 		 471 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>