More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_2001 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  100 
 
 		 375 aa  754    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  37.14 
 
 		 349 aa  216  5.9999999999999996e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  36.11 
 
 		 354 aa  202  6e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.44 
 
 		 355 aa  189  9e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.29 
 
 		 368 aa  186  5e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  35.12 
 
 		 353 aa  183  5.0000000000000004e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  34.7 
 
 		 376 aa  181  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  33.33 
 
 		 361 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 382 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  33.33 
 
 		 406 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.64 
 
 		 371 aa  176  6e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 		 360 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.26 
 
 		 360 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 		 360 aa  176  9e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 		 360 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 361 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  36.05 
 
 		 360 aa  172  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  34.01 
 
 		 375 aa  172  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 		 361 aa  170  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  33.91 
 
 		 361 aa  169  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  32.69 
 
 		 382 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 360 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 360 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 360 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  30.96 
 
 		 417 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  30.65 
 
 		 368 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  32.41 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  31.48 
 
 		 368 aa  160  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  29.76 
 
 		 360 aa  160  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  33.22 
 
 		 381 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  30.17 
 
 		 318 aa  159  8e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  32.87 
 
 		 360 aa  158  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  31.23 
 
 		 382 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  30.6 
 
 		 385 aa  158  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  30.06 
 
 		 374 aa  156  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  32.11 
 
 		 366 aa  156  7e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.79 
 
 		 388 aa  153  5e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  31.01 
 
 		 368 aa  153  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  30.7 
 
 		 369 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  32.79 
 
 		 375 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  30.89 
 
 		 369 aa  152  8e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  30.57 
 
 		 369 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  29.85 
 
 		 367 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  31.53 
 
 		 350 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3081  RND family efflux transporter MFP subunit  32.21 
 
 		 371 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  30.57 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.57 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 372 aa  150  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  31.29 
 
 		 352 aa  149  8e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.95 
 
 		 362 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  30.84 
 
 		 376 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 		 365 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  29.91 
 
 		 372 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 365 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 365 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 365 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 365 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 365 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  30.19 
 
 		 365 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 365 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 365 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 		 418 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1851  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 		 361 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000181813  hitchhiker  0.00565244 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  28.41 
 
 		 390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  30.65 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  28.03 
 
 		 366 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 364 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  30.1 
 
 		 394 aa  138  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.7 
 
 		 380 aa  139  1e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  29.75 
 
 		 370 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  29.75 
 
 		 373 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  30.06 
 
 		 370 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  28.4 
 
 		 372 aa  138  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 373 aa  138  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 372 aa  138  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.6 
 
 		 370 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  29.7 
 
 		 467 aa  136  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 376 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  28.8 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  26.8 
 
 		 372 aa  133  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 372 aa  133  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  27.16 
 
 		 381 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  30.46 
 
 		 351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.3 
 
 		 397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  30.1 
 
 		 373 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.63 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.97 
 
 		 396 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  27.36 
 
 		 359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  30.16 
 
 		 370 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  26.69 
 
 		 354 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  27.72 
 
 		 366 aa  127  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  27.64 
 
 		 357 aa  127  5e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3255  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 388 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 394 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  27.96 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 390 aa  124  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>