68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1672 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  100 
 
 		 266 aa  554  1e-157  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  45.24 
 
 		 275 aa  243  1.9999999999999999e-63  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  45.67 
 
 		 271 aa  236  4e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  43.02 
 
 		 272 aa  234  9e-61  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  44.72 
 
 		 272 aa  231  9e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  45.05 
 
 		 302 aa  228  9e-59  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  44.49 
 
 		 269 aa  225  5.0000000000000005e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  42.56 
 
 		 282 aa  218  6e-56  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  42.39 
 
 		 282 aa  218  7e-56  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  41.06 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  41.15 
 
 		 282 aa  211  7.999999999999999e-54  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 281 aa  211  9e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  42.06 
 
 		 283 aa  211  9e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  40.98 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  40.6 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  41.06 
 
 		 282 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  39.92 
 
 		 306 aa  203  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  40 
 
 		 275 aa  202  3e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  39.6 
 
 		 284 aa  202  6e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  40.08 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  39.47 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  40.55 
 
 		 279 aa  199  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  39.93 
 
 		 315 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  39.93 
 
 		 315 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  39.68 
 
 		 279 aa  198  9e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  39.1 
 
 		 315 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  39.1 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  38.85 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  39.2 
 
 		 279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  39.41 
 
 		 281 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  40 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  38.58 
 
 		 291 aa  192  5e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  37.12 
 
 		 295 aa  192  7e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  38.31 
 
 		 337 aa  191  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  41.25 
 
 		 375 aa  190  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  38.4 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  36.06 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  38.34 
 
 		 270 aa  188  8e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  34.18 
 
 		 317 aa  187  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  41.25 
 
 		 326 aa  187  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  37.25 
 
 		 282 aa  186  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  38.58 
 
 		 290 aa  185  6e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  36.88 
 
 		 288 aa  185  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  36.58 
 
 		 292 aa  182  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  36.47 
 
 		 279 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  36.11 
 
 		 298 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  37.55 
 
 		 303 aa  172  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  37.87 
 
 		 282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  26.67 
 
 		 437 aa  59.3  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  24.56 
 
 		 306 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  26.1 
 
 		 437 aa  58.9  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  26.1 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  26.1 
 
 		 412 aa  57  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  27.46 
 
 		 833 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  23.43 
 
 		 855 aa  45.8  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  27.05 
 
 		 936 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  27.05 
 
 		 936 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  25.43 
 
 		 845 aa  44.3  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  27.64 
 
 		 608 aa  44.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  36.99 
 
 		 831 aa  43.9  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  29.45 
 
 		 432 aa  43.9  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120841  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  29.05 
 
 		 828 aa  42.7  0.006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  26.34 
 
 		 833 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  28 
 
 		 927 aa  42.4  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  24.07 
 
 		 847 aa  42.4  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0266  hypothetical protein  26.27 
 
 		 455 aa  42.4  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186221 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  26.67 
 
 		 365 aa  42  0.01  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  26.6 
 
 		 817 aa  42  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>