More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1338 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 198 aa  404  1.0000000000000001e-112  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  60.64 
 
 		 218 aa  241  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  56.08 
 
 		 213 aa  240  9e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  54.08 
 
 		 212 aa  221  4e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  54.89 
 
 		 197 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 197 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  55.43 
 
 		 209 aa  218  5e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 220 aa  218  6e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  54.89 
 
 		 201 aa  216  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 200 aa  217  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 208 aa  212  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  48.97 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 234 aa  195  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  47.45 
 
 		 227 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 219 aa  190  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  47.4 
 
 		 219 aa  188  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  47.54 
 
 		 230 aa  173  9.999999999999999e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 224 aa  169  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  41.33 
 
 		 215 aa  164  6.9999999999999995e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 201 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  41.8 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  42.93 
 
 		 215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  39.68 
 
 		 232 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  39.58 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 222 aa  157  1e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  39.58 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 222 aa  154  6e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  38.83 
 
 		 201 aa  153  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  39.06 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  37.85 
 
 		 210 aa  135  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  34.95 
 
 		 198 aa  134  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 190 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  33.89 
 
 		 187 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 187 aa  109  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  35.58 
 
 		 173 aa  108  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  36.2 
 
 		 173 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  30.73 
 
 		 182 aa  104  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  35.19 
 
 		 173 aa  103  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  35.19 
 
 		 173 aa  103  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  32.78 
 
 		 190 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  32.4 
 
 		 190 aa  102  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  34.97 
 
 		 173 aa  102  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 198 aa  99  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 196 aa  97.8  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 197 aa  95.9  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  32 
 
 		 197 aa  94.7  7e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  32.96 
 
 		 181 aa  94.7  7e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  36.26 
 
 		 196 aa  94.7  8e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  33.84 
 
 		 199 aa  93.2  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  33.84 
 
 		 199 aa  92.8  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  35.75 
 
 		 192 aa  90.9  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 187 aa  90.1  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 192 aa  90.1  2e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 187 aa  89.7  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 187 aa  88.2  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  31.76 
 
 		 192 aa  87.8  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 192 aa  87.4  1e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 187 aa  86.3  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 187 aa  86.3  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.1 
 
 		 189 aa  86.7  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 204 aa  86.7  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 192 aa  86.3  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  29.94 
 
 		 188 aa  84.7  7e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  29.94 
 
 		 188 aa  84.3  9e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  31.71 
 
 		 188 aa  84  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  31.95 
 
 		 188 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 192 aa  83.2  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 192 aa  82.8  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  28.11 
 
 		 192 aa  81.6  0.000000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 229 aa  81.6  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4838  transcriptional regulator, XRE family  27.54 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0168811  hitchhiker  0.0000750229 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  30.59 
 
 		 192 aa  79  0.00000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  30 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 209 aa  77.4  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  29.44 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  29.44 
 
 		 187 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 208 aa  74.3  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  31.98 
 
 		 197 aa  74.7  0.0000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  29.24 
 
 		 201 aa  73.2  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 180 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 		 191 aa  72  0.000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 180 aa  72  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 276 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  29.88 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  28.05 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 178 aa  71.2  0.000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  28.89 
 
 		 187 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  28.89 
 
 		 187 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>