More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1272 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1272  ribonuclease H  100 
 
 		 207 aa  421  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  63.3 
 
 		 211 aa  226  2e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  61.88 
 
 		 203 aa  221  6e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1263  ribonuclease H  61.05 
 
 		 197 aa  215  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1569  ribonuclease HII  59.49 
 
 		 217 aa  214  7e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  54.73 
 
 		 207 aa  214  8e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  54.59 
 
 		 213 aa  214  8e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2962  ribonuclease H  57.75 
 
 		 204 aa  211  7.999999999999999e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118797 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  57.75 
 
 		 198 aa  209  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1867  ribonuclease HII  53.88 
 
 		 218 aa  209  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  57.75 
 
 		 198 aa  209  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0193  ribonuclease HII  57.75 
 
 		 198 aa  209  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.614653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0176  ribonuclease HII  57.75 
 
 		 198 aa  209  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0723713  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  57.75 
 
 		 198 aa  209  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  57.75 
 
 		 198 aa  209  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  54.5 
 
 		 201 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01386  ribonuclease HII  59.57 
 
 		 190 aa  208  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00865993  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  54.55 
 
 		 201 aa  207  6e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002761  ribonuclease HII  56.76 
 
 		 211 aa  207  7e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  55.56 
 
 		 212 aa  206  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  56.99 
 
 		 197 aa  206  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0721  ribonuclease HII  57.75 
 
 		 198 aa  206  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3039  ribonuclease HII  53.77 
 
 		 208 aa  206  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.982104  normal  0.582676 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2621  ribonuclease HII  57.45 
 
 		 208 aa  206  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322497  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  57.53 
 
 		 198 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  57.53 
 
 		 198 aa  206  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2583  ribonuclease HII  55.38 
 
 		 199 aa  205  3e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.584045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4172  ribonuclease HII  53.43 
 
 		 207 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.709481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  57.53 
 
 		 198 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1605  ribonuclease HII  53.43 
 
 		 207 aa  205  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.388739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  59.89 
 
 		 218 aa  204  5e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1568  ribonuclease HII  57.45 
 
 		 214 aa  204  5e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0878508  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  53.43 
 
 		 207 aa  204  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  53.43 
 
 		 207 aa  204  9e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  56.12 
 
 		 217 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  56.38 
 
 		 198 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  56.38 
 
 		 198 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3147  ribonuclease HII  57.67 
 
 		 213 aa  202  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.236655  normal  0.0126167 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  56.38 
 
 		 198 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  57.84 
 
 		 198 aa  202  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  56.38 
 
 		 198 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  57.84 
 
 		 198 aa  202  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  56.38 
 
 		 198 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  57.3 
 
 		 198 aa  202  4e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  57.3 
 
 		 198 aa  200  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  54.36 
 
 		 218 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1027  ribonuclease HII  57.22 
 
 		 198 aa  199  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3421  ribonuclease HII  57.22 
 
 		 198 aa  199  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.329934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  55.21 
 
 		 206 aa  199  3e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5315  ribonuclease HII  55.79 
 
 		 214 aa  198  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.120662  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1271  ribonuclease HII  56.84 
 
 		 210 aa  197  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.329181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1080  ribonuclease HII  56.68 
 
 		 198 aa  197  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1907  ribonuclease HII  57.14 
 
 		 217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2038  ribonuclease HII  57.14 
 
 		 217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.886397  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  53.47 
 
 		 226 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  58.38 
 
 		 208 aa  195  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2025  ribonuclease HII  55.79 
 
 		 214 aa  194  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6072  ribonuclease HII  55.79 
 
 		 214 aa  194  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.236887  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2005  ribonuclease HII  55.79 
 
 		 214 aa  194  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1324  ribonuclease HII  55.68 
 
 		 249 aa  193  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0444833  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  53.65 
 
 		 236 aa  192  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1643  ribonuclease HII  55.67 
 
 		 209 aa  192  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2413  ribonuclease HII  54.05 
 
 		 207 aa  193  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1284  ribonuclease HII  56.32 
 
 		 212 aa  193  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.103887  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1362  ribonuclease HII  58.95 
 
 		 209 aa  192  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1495  ribonuclease HII  57.81 
 
 		 210 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0185949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  54.89 
 
 		 248 aa  190  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1459  ribonuclease HII  57.81 
 
 		 210 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0235521  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1292  ribonuclease HII  52.55 
 
 		 232 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.060784  normal  0.581124 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2694  ribonuclease HII  56.84 
 
 		 209 aa  189  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.529016  hitchhiker  0.00296162 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  56.91 
 
 		 198 aa  189  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1464  ribonuclease HII  57.81 
 
 		 210 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0142588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2888  ribonuclease HII  57.29 
 
 		 210 aa  188  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0614829  normal  0.459177 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2627  ribonuclease HII  55.26 
 
 		 209 aa  188  4e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0862434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2801  ribonuclease HII  56.32 
 
 		 209 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.907957 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  53.8 
 
 		 248 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  53.27 
 
 		 240 aa  187  5.999999999999999e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2681  ribonuclease HII  53.97 
 
 		 199 aa  188  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1153  ribonuclease HII  56.52 
 
 		 206 aa  187  7e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.344887  normal  0.712948 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  51.87 
 
 		 202 aa  187  7e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1356  ribonuclease HII  52.04 
 
 		 232 aa  187  8e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1756  ribonuclease HII  56.68 
 
 		 196 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.384083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2164  ribonuclease HII  56.38 
 
 		 203 aa  187  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.159466  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1437  ribonuclease HII  55.03 
 
 		 196 aa  186  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.480003  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2534  ribonuclease H  53.8 
 
 		 227 aa  186  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0521  ribonuclease HII  53.97 
 
 		 197 aa  184  9e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3267  ribonuclease HII  57.14 
 
 		 213 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.279787  normal  0.160809 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1286  ribonuclease H  57.75 
 
 		 199 aa  182  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2041  ribonuclease HII  55.56 
 
 		 214 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000010241  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1516  RNase HII  52.41 
 
 		 193 aa  182  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  54.89 
 
 		 240 aa  181  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2047  ribonuclease HII  52.49 
 
 		 198 aa  181  7e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000947482  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  54.3 
 
 		 235 aa  180  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0799  RNase HII  55.19 
 
 		 204 aa  180  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2568  ribonuclease HII  55.56 
 
 		 214 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.446358  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1313  ribonuclease HII  55.56 
 
 		 214 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00162066  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1541  ribonuclease HII  55.56 
 
 		 214 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0283248  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  53.77 
 
 		 209 aa  179  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2041  ribonuclease HII  55.56 
 
 		 214 aa  179  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00230414  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2478  ribonuclease HII  55.56 
 
 		 214 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0544675  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>