More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1113 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1113  translation initiation factor IF-1  100 
 
 		 72 aa  148  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000744837  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1409  translation initiation factor IF-1  81.94 
 
 		 77 aa  130  7.999999999999999e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0978791  normal  0.347802 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1569  translation initiation factor IF-1  81.94 
 
 		 77 aa  130  7.999999999999999e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.471735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1932  translation initiation factor IF-1  85.71 
 
 		 74 aa  130  9e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000750543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1927  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 		 72 aa  126  9.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.11346 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01031  translation initiation factor IF-1  81.94 
 
 		 78 aa  125  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00987912  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06135  translation initiation factor IF-1  81.94 
 
 		 78 aa  125  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0613852  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2296  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  119  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2255  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  119  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0195898  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1826  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.904504  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4007  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.676038  normal  0.0864617 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28260  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3182  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142859  normal  0.0830693 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2392  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0390575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3589  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3612  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.242621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1688  translation initiation factor 1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000115833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3411  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.209503 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30240  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2588  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374819  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1809  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  117  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.23928  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3352  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  117  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0756524  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0718  translation initiation factor 1  75 
 
 		 87 aa  117  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1756  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  117  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0788  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  116  9e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0700  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  116  9e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2132  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 72 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02359  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  116  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000147738  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1837  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  115  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0378537  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1762  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  115  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2055  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00014827  normal  0.33014 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2927  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  116  9.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000377018  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0229  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 75 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00409892  normal  0.0798851 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1790  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1338  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0544501  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1880  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000177082  hitchhiker  0.000711222 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2625  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1734  translation initiation factor IF-1  76.39 
 
 		 73 aa  115  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1734  translation initiation factor IF-1  76.39 
 
 		 73 aa  115  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2471  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000828096  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0232  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 75 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2439  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003955  translation initiation factor 1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000363825  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2464  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000082982  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3259  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.015028  hitchhiker  0.0000000000497253 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1649  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1724  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000101127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2379  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0001894  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01568  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1754  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000140297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2226  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000048053  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2584  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000190707  normal  0.0919283 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0211  translation initiation factor IF-1  73.61 
 
 		 72 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479703  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3972  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  114  3e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1446  translation initiation factor 1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.43996  normal  0.245774 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00888  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.21001  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2759  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000433006  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0987  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.500622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0959  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.483968  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2712  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.18852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0988  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00216132  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1019  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1068  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2237  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00895  hypothetical protein  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.220909  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2445  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00419515  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1053  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1046  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00368143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0957  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000550237  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0680  translation initiation factor IF-1  72.22 
 
 		 72 aa  114  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.453286 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2215  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  114  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0331971  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1835  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  114  5e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000358057  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2373  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  114  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000287842  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0705  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  114  5e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2253  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  114  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000207147  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1887  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  114  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000185401  hitchhiker  0.0000121311 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1567  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  114  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000216088  normal  0.728764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2698  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  114  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000441165  normal  0.11278 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0080  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  113  6.9999999999999995e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0000359666  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1885  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  113  6.9999999999999995e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000000423872  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0782  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  113  7.999999999999999e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000198783  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1163  translation initiation factor IF-1  74.29 
 
 		 73 aa  113  7.999999999999999e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000296746  normal  0.0905518 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2598  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  113  7.999999999999999e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000268171  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0218  translation initiation factor 1 (bIF-1)  70.83 
 
 		 85 aa  113  7.999999999999999e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4004  translation initiation factor IF-1  74.29 
 
 		 73 aa  113  7.999999999999999e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000265509  hitchhiker  0.000014317 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0309  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  113  7.999999999999999e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.776821  normal  0.33267 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1603  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1981  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1312  translation initiation factor IF-1  72.86 
 
 		 74 aa  112  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.108243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0711  translation initiation factor IF-1  72.86 
 
 		 74 aa  112  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.0000000000000362397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2604  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.62411  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2691  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  113  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000360853  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1675  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  113  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.764362  normal  0.675465 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2531  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000132982  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2579  translation initiation factor IF-1  72.86 
 
 		 74 aa  112  1.0000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.243719  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2375  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  113  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2992  translation initiation factor IF-1  72.86 
 
 		 74 aa  112  1.0000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2366  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.302955  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1407  translation initiation factor IF-1  70.83 
 
 		 72 aa  113  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0166318  normal  0.655554 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0744  translation initiation factor IF-1  69.44 
 
 		 72 aa  112  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>