192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1033 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1033  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  100 
 
 
343 aa  689    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000831458  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2237  electron transport complex protein RnfD  45.35 
 
 
361 aa  308  9e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000430242 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01600  electron transport complex protein RnfD  45.22 
 
 
352 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0168831  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01590  hypothetical protein  45.22 
 
 
352 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0216636  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1819  electron transport complex protein RnfD  45.22 
 
 
352 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202474  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2011  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.93 
 
 
352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875517  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1569  electron transport complex protein RnfD  44.93 
 
 
352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.08013  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1706  electron transport complex protein RnfD  44.93 
 
 
352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.19724  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1999  electron transport complex protein RnfD  45.22 
 
 
352 aa  306  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00297126  normal  0.240124 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2342  electron transport complex protein RnfD  44.93 
 
 
352 aa  306  3e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0357526  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1838  electron transport complex protein RnfD  44.64 
 
 
352 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00396997  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1172  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  48.97 
 
 
345 aa  304  1.0000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1626  electron transport complex protein RnfD  45.22 
 
 
352 aa  299  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  normal  0.410442 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1554  electron transport complex protein RnfD  45.22 
 
 
352 aa  299  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.52008  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1718  electron transport complex protein RnfD  45.22 
 
 
352 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447234  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1566  electron transport complex protein RnfD  45.22 
 
 
352 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.094034 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1818  electron transport complex protein RnfD  44.06 
 
 
350 aa  297  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.452065  decreased coverage  0.000391515 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1886  electron transport complex protein RnfD  44.93 
 
 
352 aa  296  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115078  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2322  electron transport complex protein RnfD  45.51 
 
 
351 aa  295  5e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2022  electron transport complex protein RnfD  44.93 
 
 
351 aa  293  3e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1898  electron transport complex protein RnfD  45.64 
 
 
351 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000890803  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2010  electron transport complex protein RnfD  45.64 
 
 
364 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.079391  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2157  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  46.06 
 
 
350 aa  292  6e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.853366  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002946  electron transport complex protein RnfD  43.73 
 
 
348 aa  292  6e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.892545  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2250  electron transport complex protein RnfD  45.35 
 
 
364 aa  291  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000198545  normal  0.637976 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2629  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.27 
 
 
352 aa  290  2e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.794178  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2559  electron transport complex protein RnfD  44.44 
 
 
350 aa  288  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.055004 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02967  electron transport complex protein RnfD  44.07 
 
 
328 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1869  electron transport complex protein RnfD  47.01 
 
 
351 aa  284  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173921  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2896  electron transport complex, D subunit  44.44 
 
 
343 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.478147  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3235  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.32 
 
 
338 aa  282  5.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.467841  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2062  electron transport complex protein RnfD  43.23 
 
 
349 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000244661  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2109  electron transport complex protein RnfD  43.23 
 
 
349 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4548  electron transport complex protein RnfD  42.94 
 
 
349 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2262  electron transport complex protein RnfD  42.94 
 
 
349 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0535  electron transport complex protein RnfD  44.41 
 
 
348 aa  281  1e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000134913  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2196  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.32 
 
 
353 aa  281  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2041  electron transport complex protein RnfD  43.59 
 
 
350 aa  281  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.460383  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2968  electron transport complex protein RnfD  42.32 
 
 
357 aa  280  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2276  electron transport complex protein RnfD  42.94 
 
 
349 aa  279  5e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.034866  normal  0.800478 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2067  electron transport complex protein RnfD  42.36 
 
 
349 aa  278  1e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0541155  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1908  electron transport complex protein RnfD  42.36 
 
 
349 aa  278  1e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2175  electron transport complex protein RnfD  41.09 
 
 
350 aa  277  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.164146  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2171  electron transport complex protein RnfD  42.07 
 
 
349 aa  277  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0839879  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1160  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.69 
 
 
338 aa  275  7e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1062  electron transport complex protein RnfD  41.24 
 
 
363 aa  275  1.0000000000000001e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1847  electron transport complex protein RnfD  42.07 
 
 
349 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000941791  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2511  electron transport complex protein RnfD  41.94 
 
 
349 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1833  electron transport complex protein RnfD  42.77 
 
 
348 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.457327  normal  0.122422 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0735  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.66 
 
 
350 aa  274  2.0000000000000002e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.170289  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2403  electron transport complex protein RnfD  42.24 
 
 
357 aa  273  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.469732  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1866  electron transport complex protein RnfD  41.86 
 
 
350 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19240  Electron transport complex, subunit D  41.72 
 
 
343 aa  273  4.0000000000000004e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1784  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.76 
 
 
349 aa  269  5e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02732  electron transport complex protein RnfD  43.81 
 
 
342 aa  268  8.999999999999999e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1542  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.95 
 
 
352 aa  267  2e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.142338 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2356  electron transport complex protein RnfD  40.23 
 
 
350 aa  264  2e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0935  electron transport complex protein RnfD  43.06 
 
 
350 aa  260  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.495036  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1919  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.49 
 
 
353 aa  258  8e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2069  electron transport complex protein RnfD  40.94 
 
 
350 aa  257  2e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1401  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.06 
 
 
343 aa  255  9e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2821  electron transport complex, D subunit  39.77 
 
 
359 aa  249  6e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1793  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.89 
 
 
353 aa  248  7e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573708 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18910  hypothetical protein  41.86 
 
 
344 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00596612  normal  0.053372 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2018  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.26 
 
 
342 aa  228  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4510  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.04 
 
 
327 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000355636 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1637  hypothetical protein  40.52 
 
 
344 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0687  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.98 
 
 
355 aa  226  5.0000000000000005e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50950  Electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.79 
 
 
366 aa  219  5e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0710127  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0286  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.47 
 
 
357 aa  215  9.999999999999999e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364924  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3934  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.38 
 
 
362 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00796702  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0262  NADH:ubiquinone oxidoreductase, RnfD subunit-like  34.42 
 
 
334 aa  199  7.999999999999999e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0813  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.88 
 
 
313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.337614  normal  0.474705 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.92 
 
 
357 aa  196  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.476973  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3195  RnfD protein  34.8 
 
 
362 aa  196  6e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0987  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.82 
 
 
324 aa  194  1e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.379961  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2992  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.24 
 
 
357 aa  193  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3195  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  33.62 
 
 
360 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.176851  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0305  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.65 
 
 
327 aa  188  1e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1530  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.37 
 
 
331 aa  187  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0274515  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1311  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.85 
 
 
330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.412273 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0388  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.43 
 
 
325 aa  177  3e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1156  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.02 
 
 
324 aa  176  5e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.45037 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0080  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.54 
 
 
335 aa  172  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0300271  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0703  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.92 
 
 
318 aa  169  5e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0679  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.92 
 
 
318 aa  169  5e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14340  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  29.67 
 
 
307 aa  166  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000923733  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1734  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.3 
 
 
361 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.509539  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0611  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  28.9 
 
 
326 aa  160  2e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.798046  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0721  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.85 
 
 
314 aa  160  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.270161  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1572  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.81 
 
 
318 aa  159  9e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.732649  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1124  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.65 
 
 
327 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1082  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.68 
 
 
315 aa  153  4e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0800979 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0064  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.53 
 
 
338 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.601171  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1326  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  29.04 
 
 
325 aa  151  2e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000145207  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2431  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.29 
 
 
321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000125331  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0343  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.95 
 
 
315 aa  146  5e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1092  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.81 
 
 
318 aa  146  5e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0582  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  28.82 
 
 
319 aa  142  6e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1135  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.03 
 
 
323 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.811052 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>