297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0648 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 181 aa  367  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  47.43 
 
 		 176 aa  159  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  48 
 
 		 176 aa  158  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  46.86 
 
 		 176 aa  158  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  46.86 
 
 		 176 aa  156  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  47.16 
 
 		 177 aa  156  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  48 
 
 		 176 aa  155  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  43.02 
 
 		 175 aa  155  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  48.02 
 
 		 176 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  48.02 
 
 		 176 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  48.02 
 
 		 176 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  48.02 
 
 		 176 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  46.86 
 
 		 176 aa  155  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  46.86 
 
 		 176 aa  155  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  46.86 
 
 		 176 aa  153  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  45.14 
 
 		 176 aa  150  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  46.86 
 
 		 176 aa  149  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  47.43 
 
 		 176 aa  148  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  44.71 
 
 		 182 aa  143  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  44.71 
 
 		 182 aa  142  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  43.6 
 
 		 167 aa  140  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  39.64 
 
 		 183 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  39.64 
 
 		 183 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  39.64 
 
 		 183 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  39.64 
 
 		 183 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  39.64 
 
 		 183 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  41.24 
 
 		 175 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  43.93 
 
 		 184 aa  138  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  39.52 
 
 		 182 aa  137  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  41.04 
 
 		 175 aa  137  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  39.05 
 
 		 182 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  39.05 
 
 		 182 aa  137  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  39.05 
 
 		 182 aa  137  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  42.77 
 
 		 176 aa  137  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  39.05 
 
 		 182 aa  137  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  39.05 
 
 		 183 aa  137  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  39.05 
 
 		 183 aa  137  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  38.29 
 
 		 177 aa  137  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  39.05 
 
 		 182 aa  136  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  39.05 
 
 		 182 aa  137  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  39.05 
 
 		 182 aa  137  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  38.92 
 
 		 182 aa  136  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 		 181 aa  134  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  43.35 
 
 		 175 aa  133  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  39.66 
 
 		 169 aa  131  6e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  38.98 
 
 		 184 aa  131  6e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 		 182 aa  130  7.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  35.5 
 
 		 182 aa  129  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  37.13 
 
 		 182 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 		 182 aa  129  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 		 182 aa  129  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  37.13 
 
 		 182 aa  129  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  36.75 
 
 		 175 aa  128  4.0000000000000003e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  41.62 
 
 		 173 aa  125  4.0000000000000003e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  42.37 
 
 		 171 aa  122  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  41.07 
 
 		 178 aa  122  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  37.87 
 
 		 170 aa  122  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  39.31 
 
 		 176 aa  121  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  39.43 
 
 		 178 aa  120  9e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  36.05 
 
 		 172 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 175 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0197  16S rRNA processing protein RimM  34.71 
 
 		 175 aa  119  1.9999999999999998e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 175 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  43.71 
 
 		 160 aa  118  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  36.81 
 
 		 183 aa  117  7.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  36.63 
 
 		 170 aa  115  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  39.53 
 
 		 168 aa  114  7.999999999999999e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  37.06 
 
 		 168 aa  112  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  37.06 
 
 		 168 aa  111  5e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 		 178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  38.18 
 
 		 189 aa  108  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  35.23 
 
 		 176 aa  108  5e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  35.91 
 
 		 184 aa  107  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  37.36 
 
 		 178 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  37.36 
 
 		 178 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  38.37 
 
 		 178 aa  105  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 		 178 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  33.72 
 
 		 170 aa  104  6e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  36.78 
 
 		 178 aa  104  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 170 aa  103  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 		 220 aa  103  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0465  hypothetical protein  32.74 
 
 		 169 aa  103  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0441  hypothetical protein  32.74 
 
 		 169 aa  103  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  36.26 
 
 		 180 aa  103  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  37.43 
 
 		 172 aa  102  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  35.98 
 
 		 213 aa  100  9e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  34.92 
 
 		 202 aa  100  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  36.26 
 
 		 164 aa  100  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 		 179 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 221 aa  99.4  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 		 248 aa  98.6  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  34.66 
 
 		 177 aa  98.2  6e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  33.71 
 
 		 179 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  33.52 
 
 		 177 aa  97.4  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  34.27 
 
 		 244 aa  96.7  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 		 184 aa  94.7  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 		 184 aa  94.4  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  30.17 
 
 		 223 aa  90.5  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  31.38 
 
 		 184 aa  90.1  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 		 187 aa  89.7  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>