103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0333 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 371 aa  764    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  38.79 
 
 		 438 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.62 
 
 		 378 aa  218  8.999999999999998e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.15 
 
 		 620 aa  143  5e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  34.47 
 
 		 446 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  28.64 
 
 		 397 aa  124  4e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  26.01 
 
 		 414 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  28.77 
 
 		 363 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  32.45 
 
 		 413 aa  114  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  31.71 
 
 		 405 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  29.9 
 
 		 412 aa  107  3e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  25.7 
 
 		 417 aa  106  5e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  35.06 
 
 		 364 aa  103  5e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  26.35 
 
 		 453 aa  103  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  25.83 
 
 		 429 aa  103  6e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  31.12 
 
 		 285 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.34 
 
 		 428 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.4 
 
 		 422 aa  98.6  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  25.43 
 
 		 416 aa  98.6  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  29.77 
 
 		 454 aa  96.3  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  26.29 
 
 		 290 aa  95.1  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  34.23 
 
 		 430 aa  90.9  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  24.8 
 
 		 422 aa  88.6  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  37.3 
 
 		 351 aa  87  5e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  27.38 
 
 		 404 aa  84.3  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.75 
 
 		 433 aa  82.8  0.000000000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  23.76 
 
 		 418 aa  82.4  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  23.76 
 
 		 418 aa  82.4  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  35.42 
 
 		 424 aa  79.7  0.00000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  27.6 
 
 		 411 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  27.6 
 
 		 411 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  22.65 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  24.21 
 
 		 373 aa  77.4  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  32.3 
 
 		 413 aa  75.5  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3152  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  33.62 
 
 		 141 aa  75.5  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.218767  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  25.94 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  24.47 
 
 		 400 aa  73.9  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  27.42 
 
 		 303 aa  72  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  31.51 
 
 		 382 aa  71.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  30.46 
 
 		 354 aa  70.1  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  24.09 
 
 		 430 aa  69.7  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.52 
 
 		 385 aa  69.7  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  22.2 
 
 		 412 aa  69.3  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  22.64 
 
 		 422 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  27.55 
 
 		 457 aa  68.2  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  23.28 
 
 		 419 aa  67.8  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  30.41 
 
 		 394 aa  67.4  0.0000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  22.15 
 
 		 412 aa  67.4  0.0000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  23.16 
 
 		 401 aa  67.4  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  30.46 
 
 		 429 aa  67  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  21.45 
 
 		 374 aa  66.6  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  26.3 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  22.69 
 
 		 415 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.44 
 
 		 442 aa  65.5  0.000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  32.37 
 
 		 511 aa  65.5  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  25.23 
 
 		 398 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0844  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.37 
 
 		 386 aa  63.9  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.25 
 
 		 423 aa  63.9  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  31.69 
 
 		 398 aa  62.4  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  31.43 
 
 		 411 aa  60.8  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2924  restriction endonuclease S subunit  30.2 
 
 		 394 aa  60.5  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  21.24 
 
 		 425 aa  60.5  0.00000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  25.33 
 
 		 368 aa  59.7  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3985  restriction modification system DNA specificity subunit  28.67 
 
 		 401 aa  59.3  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  32.14 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2180  restriction modification system DNA specificity subunit  32.33 
 
 		 405 aa  58.5  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.17 
 
 		 412 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3173  restriction modification system, type I  31.3 
 
 		 394 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000252983 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.45 
 
 		 493 aa  57.4  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  24.91 
 
 		 420 aa  56.2  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  30.67 
 
 		 340 aa  55.8  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.01 
 
 		 429 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  22.3 
 
 		 416 aa  54.3  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  29.71 
 
 		 571 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  21.18 
 
 		 428 aa  53.5  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  29.63 
 
 		 390 aa  53.5  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  28.87 
 
 		 402 aa  53.5  0.000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  27.17 
 
 		 360 aa  52.8  0.000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.85 
 
 		 417 aa  52.8  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  22.5 
 
 		 411 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  37.96 
 
 		 477 aa  51.6  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  22.55 
 
 		 390 aa  51.6  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  21.84 
 
 		 549 aa  51.2  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  24.36 
 
 		 417 aa  50.8  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3607  restriction modification system, type I  23.29 
 
 		 396 aa  50.1  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  23.46 
 
 		 427 aa  50.1  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  20.98 
 
 		 429 aa  50.1  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  21.41 
 
 		 364 aa  49.7  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.16 
 
 		 423 aa  49.7  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 388 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.9 
 
 		 400 aa  48.1  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  27.68 
 
 		 175 aa  47.4  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  23.8 
 
 		 415 aa  47.4  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  23.05 
 
 		 487 aa  47  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  20.38 
 
 		 400 aa  47.4  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.94 
 
 		 428 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  24.21 
 
 		 417 aa  45.1  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  25.95 
 
 		 364 aa  44.7  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  22.08 
 
 		 380 aa  43.5  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.91 
 
 		 415 aa  43.9  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>