More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0274 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  100 
 
 		 398 aa  818    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000805907  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  37.67 
 
 		 392 aa  240  2.9999999999999997e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.09 
 
 		 379 aa  208  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 		 397 aa  206  6e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.21 
 
 		 390 aa  205  9e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.04 
 
 		 388 aa  202  7e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.51 
 
 		 388 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.46 
 
 		 404 aa  200  3e-50  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.53 
 
 		 379 aa  199  9e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.13 
 
 		 391 aa  192  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.79 
 
 		 393 aa  191  2e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  34.14 
 
 		 390 aa  178  1e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31322  Ornithine decarboxylase  33.25 
 
 		 547 aa  177  3e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0025491  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  32.51 
 
 		 434 aa  174  2.9999999999999996e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000212473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.12 
 
 		 376 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  32.22 
 
 		 388 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 		 376 aa  169  7e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.23 
 
 		 388 aa  168  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.83 
 
 		 386 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.98 
 
 		 388 aa  166  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.95 
 
 		 392 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  31.73 
 
 		 388 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.33 
 
 		 388 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  33.33 
 
 		 387 aa  164  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.68 
 
 		 397 aa  163  5.0000000000000005e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  33.07 
 
 		 390 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.01 
 
 		 433 aa  162  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  32.81 
 
 		 387 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  30.67 
 
 		 380 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  31.58 
 
 		 390 aa  160  3e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  32.81 
 
 		 387 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.89 
 
 		 376 aa  160  4e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  32.71 
 
 		 371 aa  160  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  30.97 
 
 		 391 aa  160  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  31.45 
 
 		 377 aa  159  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  32.8 
 
 		 387 aa  159  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  32.5 
 
 		 377 aa  158  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  32.55 
 
 		 387 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  32.5 
 
 		 377 aa  158  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.62 
 
 		 380 aa  157  4e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  31.13 
 
 		 380 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.79 
 
 		 377 aa  157  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  30.73 
 
 		 389 aa  156  6e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.23 
 
 		 376 aa  155  9e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  33.79 
 
 		 421 aa  155  9e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  31.12 
 
 		 380 aa  155  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  32.98 
 
 		 380 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  31.54 
 
 		 387 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.37 
 
 		 377 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  32.03 
 
 		 380 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  28.72 
 
 		 400 aa  155  2e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.15 
 
 		 377 aa  155  2e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  31.75 
 
 		 387 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  32.17 
 
 		 387 aa  154  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  31.48 
 
 		 387 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.1 
 
 		 377 aa  153  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  30.81 
 
 		 391 aa  153  7e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  32.31 
 
 		 380 aa  152  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.12 
 
 		 377 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  31.84 
 
 		 377 aa  151  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  30.05 
 
 		 390 aa  151  2e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC04890  ornithine decarboxylase, putative  30 
 
 		 527 aa  150  3e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.447794  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  30.54 
 
 		 391 aa  150  4e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  30.34 
 
 		 388 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2895  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.63 
 
 		 382 aa  147  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000922142 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  30.31 
 
 		 392 aa  144  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  31.49 
 
 		 359 aa  144  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  29.24 
 
 		 391 aa  144  4e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  30.68 
 
 		 389 aa  143  5e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  30.97 
 
 		 391 aa  142  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.13 
 
 		 403 aa  142  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  31.79 
 
 		 398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  29.01 
 
 		 458 aa  140  3.9999999999999997e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  29.59 
 
 		 391 aa  139  7e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  29.59 
 
 		 391 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000602971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  29.59 
 
 		 391 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000739123  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  29.59 
 
 		 391 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  30.77 
 
 		 389 aa  139  7.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.94 
 
 		 391 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  29.59 
 
 		 391 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  29.4 
 
 		 391 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  29.13 
 
 		 391 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.22 
 
 		 376 aa  137  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  28.94 
 
 		 391 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  28.94 
 
 		 391 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  28.39 
 
 		 391 aa  135  9e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000026968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  30.77 
 
 		 417 aa  135  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1794  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.7 
 
 		 401 aa  126  7e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.28 
 
 		 420 aa  126  9e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1197  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.15 
 
 		 397 aa  125  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  24.36 
 
 		 412 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  28.39 
 
 		 421 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4664  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.07 
 
 		 397 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.634259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2027  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.03 
 
 		 406 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3656  diaminopimelate decarboxylase  26.94 
 
 		 457 aa  121  3e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  28.12 
 
 		 421 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  26.12 
 
 		 418 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  26.94 
 
 		 415 aa  117  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  25.72 
 
 		 422 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2448  diaminopimelate decarboxylase  26.56 
 
 		 421 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.147668  normal  0.347917 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>