More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0122 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0122  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 400 aa  814    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000715595  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2312  diguanylate phosphodiesterase  37.88 
 
 		 423 aa  291  2e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  37.12 
 
 		 403 aa  286  4e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0920  diguanylate phosphodiesterase  37.4 
 
 		 416 aa  283  3.0000000000000004e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.135015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0860  diguanylate phosphodiesterase  38.44 
 
 		 397 aa  258  1e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0127  hypothetical protein  34.61 
 
 		 402 aa  255  8e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  40.05 
 
 		 402 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1888  diguanylate phosphodiesterase  35.41 
 
 		 400 aa  250  3e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.61283  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3129  diguanylate phosphodiesterase  36.22 
 
 		 415 aa  241  2e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  34 
 
 		 405 aa  233  4.0000000000000004e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  35.41 
 
 		 408 aa  233  4.0000000000000004e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  33.42 
 
 		 428 aa  228  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  32.02 
 
 		 411 aa  227  3e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000004717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  32.1 
 
 		 419 aa  227  3e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1442  hypothetical protein  36.19 
 
 		 404 aa  226  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000750338  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2615  diguanylate phosphodiesterase  32.35 
 
 		 411 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  31.82 
 
 		 404 aa  226  7e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1598  diguanylate phosphodiesterase  33.43 
 
 		 411 aa  224  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2383  hypothetical protein  32.67 
 
 		 408 aa  223  3e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3300  EAL  33.91 
 
 		 417 aa  223  3e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3130  diguanylate phosphodiesterase  34.42 
 
 		 413 aa  222  7e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  33.83 
 
 		 408 aa  222  7e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2930  putative signaling protein  33.84 
 
 		 406 aa  222  8e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3947  diguanylate phosphodiesterase  34.89 
 
 		 413 aa  222  9e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103414  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  35.34 
 
 		 400 aa  221  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  33 
 
 		 412 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  33.06 
 
 		 407 aa  217  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  31.16 
 
 		 413 aa  216  4e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  31.83 
 
 		 397 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000029399  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2098  diguanylate phosphodiesterase  34.25 
 
 		 405 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  31.25 
 
 		 407 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  33.51 
 
 		 410 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3736  diguanylate phosphodiesterase  31.83 
 
 		 406 aa  214  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000203381 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  33.69 
 
 		 408 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  33.17 
 
 		 412 aa  212  7.999999999999999e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  34.42 
 
 		 422 aa  211  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0347  diguanylate phosphodiesterase  35.16 
 
 		 400 aa  211  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.145586  normal  0.218991 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  34.11 
 
 		 409 aa  210  3e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2937  diguanylate phosphodiesterase  32.35 
 
 		 411 aa  209  7e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.64133  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  33.69 
 
 		 411 aa  208  1e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1814  diguanylate phosphodiesterase  33.15 
 
 		 405 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  30.47 
 
 		 411 aa  207  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3464  EAL domain-containing protein  33.6 
 
 		 406 aa  205  9e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126352  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  30.92 
 
 		 431 aa  202  7e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1693  EAL domain protein  33.43 
 
 		 410 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003840  predicted signal transduction protein  34.15 
 
 		 404 aa  199  7e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000123266  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  34.65 
 
 		 423 aa  196  7e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2912  diguanylate phosphodiesterase  32.42 
 
 		 447 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03534  diguanylate phosphodiesterase  29.55 
 
 		 411 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0852439  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  31.6 
 
 		 414 aa  191  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1776  diguanylate phosphodiesterase  32.88 
 
 		 448 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.265098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1332  diguanylate phosphodiesterase  32.27 
 
 		 424 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  32.8 
 
 		 406 aa  189  8e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1571  diguanylate phosphodiesterase  31.9 
 
 		 445 aa  186  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4244  diguanylate phosphodiesterase  29.75 
 
 		 428 aa  183  4.0000000000000006e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  30.58 
 
 		 413 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0010  diguanylate phosphodiesterase  31.7 
 
 		 487 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0508854 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  31.83 
 
 		 444 aa  182  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1852  diguanylate phosphodiesterase  30.93 
 
 		 412 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.12834  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2840  diguanylate phosphodiesterase  28.36 
 
 		 403 aa  164  3e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  30.53 
 
 		 411 aa  162  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  28.4 
 
 		 429 aa  152  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  29.41 
 
 		 431 aa  144  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  29.41 
 
 		 431 aa  143  5e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  26.65 
 
 		 464 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  28.22 
 
 		 448 aa  139  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  29.8 
 
 		 449 aa  138  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  25.5 
 
 		 419 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  28.08 
 
 		 407 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  26.15 
 
 		 423 aa  133  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  26.15 
 
 		 423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4213  EAL  30.87 
 
 		 402 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  24.93 
 
 		 397 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1476  putative signal transduction protein  25.79 
 
 		 403 aa  117  5e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542008  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0592  hypothetical protein  26.9 
 
 		 379 aa  116  6.9999999999999995e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1497  putative signal transduction protein  26.46 
 
 		 414 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0573  hypothetical protein  26.81 
 
 		 379 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3084  putative signal transduction protein  26.7 
 
 		 419 aa  113  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1384  putative signal transduction protein  26.39 
 
 		 463 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1779  diguanylate phosphodiesterase  23.63 
 
 		 450 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2159  signal transduction protein  24.86 
 
 		 480 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140137  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1568  diguanylate phosphodiesterase  23.31 
 
 		 460 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2915  diguanylate phosphodiesterase  24.92 
 
 		 458 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2212  putative signal transduction protein  27.16 
 
 		 394 aa  101  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.566783 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0056  signal transduction protein  22.91 
 
 		 444 aa  87.8  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.680301  normal  0.542378 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2227  diguanylate phosphodiesterase  30.65 
 
 		 207 aa  87.4  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.118815  hitchhiker  0.00585618 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4155  putative signal transduction protein  27.88 
 
 		 438 aa  86.3  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.78127  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2907  signal transduction protein  26.48 
 
 		 439 aa  83.2  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386149  normal  0.411691 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2226  diguanylate phosphodiesterase  29.65 
 
 		 242 aa  79.3  0.0000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0863855  hitchhiker  0.00537893 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3725  putative signal transduction protein  24.76 
 
 		 378 aa  73.2  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2723  putative signal transduction protein  28.1 
 
 		 399 aa  70.1  0.00000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000022717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.91 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  27.23 
 
 		 249 aa  68.9  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31360  predicted signal transduction protein containing EAL and modified HD-GYP domains  21.1 
 
 		 418 aa  69.3  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.041924 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  28.87 
 
 		 291 aa  68.9  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  27.88 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  29.49 
 
 		 254 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2992  diguanylate phosphodiesterase  27.97 
 
 		 387 aa  65.5  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.84 
 
 		 723 aa  63.2  0.000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.48099  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  28.07 
 
 		 257 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>