121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_2508 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  100 
 
 		 401 aa  817    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  50.15 
 
 		 415 aa  319  5e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  40.36 
 
 		 373 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3297  restriction modification system DNA specificity subunit  40.96 
 
 		 430 aa  222  9.999999999999999e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489204 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2742  type I restriction-modification system specificity determinant  39.02 
 
 		 398 aa  192  9e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971087  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0006  restriction modification system, type I  34.44 
 
 		 412 aa  189  8e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  31.9 
 
 		 412 aa  156  6e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  30.55 
 
 		 402 aa  139  8.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  26.74 
 
 		 451 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  40.34 
 
 		 429 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 		 420 aa  122  9e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  40 
 
 		 439 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.63 
 
 		 400 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  25.18 
 
 		 446 aa  110  6e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  41.1 
 
 		 425 aa  108  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  32.16 
 
 		 424 aa  107  3e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  24.82 
 
 		 438 aa  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.86 
 
 		 428 aa  101  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  39.41 
 
 		 549 aa  99.4  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  29.27 
 
 		 440 aa  96.7  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.01 
 
 		 384 aa  92.4  1e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  26.7 
 
 		 396 aa  92  1e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  29.38 
 
 		 469 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  23.51 
 
 		 463 aa  86.7  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  29.5 
 
 		 416 aa  84.3  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  34.32 
 
 		 444 aa  84  0.000000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  28.05 
 
 		 404 aa  82.8  0.000000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  23.42 
 
 		 434 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1360  restriction modification system DNA specificity subunit  33.14 
 
 		 453 aa  81.3  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  22.98 
 
 		 433 aa  79.3  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  26.79 
 
 		 419 aa  77  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  27.75 
 
 		 425 aa  77  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.76 
 
 		 444 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  23.42 
 
 		 371 aa  75.1  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.27 
 
 		 447 aa  75.5  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  26.96 
 
 		 492 aa  74.7  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  29.69 
 
 		 538 aa  74.3  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  42.55 
 
 		 471 aa  74.3  0.000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  40 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  31.56 
 
 		 374 aa  72  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  26.94 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  23.98 
 
 		 436 aa  70.5  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  23.06 
 
 		 432 aa  69.7  0.00000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  25.23 
 
 		 846 aa  69.7  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.42 
 
 		 459 aa  69.3  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 		 442 aa  67.4  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0035  hypothetical protein  29.03 
 
 		 400 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.89444 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  32.24 
 
 		 575 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  30.94 
 
 		 564 aa  64.7  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  23.2 
 
 		 397 aa  64.3  0.000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  24.62 
 
 		 405 aa  64.3  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  21.41 
 
 		 428 aa  64.3  0.000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  35.48 
 
 		 429 aa  63.9  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  29.01 
 
 		 412 aa  63.9  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  27.59 
 
 		 487 aa  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.39 
 
 		 435 aa  63.9  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.87 
 
 		 620 aa  63.5  0.000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  43.37 
 
 		 364 aa  63.5  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  25.23 
 
 		 416 aa  63.5  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.3 
 
 		 412 aa  63.2  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  24.35 
 
 		 412 aa  62.8  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  22.62 
 
 		 413 aa  61.6  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.37 
 
 		 443 aa  61.6  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3914  Restriction endonuclease S subunit  33.87 
 
 		 405 aa  62.4  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  29.11 
 
 		 420 aa  61.2  0.00000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.65 
 
 		 390 aa  60.1  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  24.44 
 
 		 438 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  23.15 
 
 		 391 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  22.51 
 
 		 422 aa  58.5  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.58 
 
 		 565 aa  58.2  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  23.95 
 
 		 418 aa  57.8  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  23.95 
 
 		 418 aa  57.8  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.85 
 
 		 572 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  23.75 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1095  hypothetical protein  39.18 
 
 		 401 aa  57.4  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2690  hypothetical protein  29.92 
 
 		 649 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  25.43 
 
 		 563 aa  55.8  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  25.43 
 
 		 561 aa  55.8  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3382  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 		 485 aa  55.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.04 
 
 		 423 aa  54.7  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  31.58 
 
 		 597 aa  54.3  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  25.58 
 
 		 290 aa  54.3  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 612 aa  53.5  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.44 
 
 		 419 aa  53.1  0.000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1808  restriction modification system DNA specificity subunit  27.11 
 
 		 483 aa  52.8  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.300643  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.33 
 
 		 493 aa  52.4  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  30.05 
 
 		 775 aa  52.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  23.6 
 
 		 351 aa  52  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.73 
 
 		 422 aa  51.6  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  28.77 
 
 		 364 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.67 
 
 		 398 aa  51.2  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  22.76 
 
 		 414 aa  50.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.28 
 
 		 296 aa  49.7  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  22.03 
 
 		 399 aa  49.7  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  33.94 
 
 		 425 aa  48.9  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  23.67 
 
 		 453 aa  48.9  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.58 
 
 		 423 aa  48.9  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  33.66 
 
 		 557 aa  47.8  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  25.32 
 
 		 390 aa  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  27.38 
 
 		 456 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>