72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_2498 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
474 aa  933  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  33.25 
 
 
487 aa  179  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  33.66 
 
 
457 aa  138  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  32.32 
 
 
524 aa  137  3e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  31.35 
 
 
497 aa  127  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.89 
 
 
515 aa  123  7e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  31.91 
 
 
478 aa  106  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  29.84 
 
 
469 aa  99.4  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  28.06 
 
 
447 aa  98.6  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  30.48 
 
 
530 aa  98.2  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  31.41 
 
 
468 aa  93.6  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  27 
 
 
441 aa  91.7  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  29.63 
 
 
397 aa  90.5  6e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  30.94 
 
 
433 aa  89  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  32.07 
 
 
413 aa  88.6  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  29.56 
 
 
453 aa  86.7  9e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2005  transcriptional regulator, XRE family  56.96 
 
 
388 aa  83.6  8e-15  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.445906  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  29.74 
 
 
452 aa  82  2e-14  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  28.18 
 
 
401 aa  76.6  8e-13  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  31.75 
 
 
249 aa  74.3  5e-12  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  26.48 
 
 
437 aa  73.9  6e-12  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  28.57 
 
 
449 aa  73.6  8e-12  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  26.61 
 
 
463 aa  72.8  1e-11  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  30.89 
 
 
467 aa  71.2  3e-11  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  28.16 
 
 
579 aa  71.2  3e-11  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  29.56 
 
 
412 aa  71.6  3e-11  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  27.53 
 
 
449 aa  71.2  4e-11  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  32.76 
 
 
510 aa  70.1  9e-11  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  32.91 
 
 
526 aa  69.3  2e-10  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  29.06 
 
 
398 aa  67.4  5e-10  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  30.86 
 
 
432 aa  65.5  2e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  3.76274e-09 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3993  hypothetical protein  36.13 
 
 
346 aa  63.2  1e-08  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.522345  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  27.6 
 
 
420 aa  62  2e-08  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  26.91 
 
 
477 aa  60.8  6e-08  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  34.85 
 
 
460 aa  59.3  1e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  25.07 
 
 
460 aa  58.2  4e-07  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  26.1 
 
 
429 aa  56.6  1e-06  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  26.68 
 
 
461 aa  54.7  3e-06  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  26.67 
 
 
456 aa  53.9  7e-06  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7229  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 
470 aa  52.8  1e-05  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  27 
 
 
444 aa  52.4  2e-05  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01940  hypothetical protein  49.12 
 
 
360 aa  50.8  5e-05  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.705916 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  25.85 
 
 
488 aa  50.8  5e-05  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 
242 aa  48.9  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 
374 aa  48.5  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  48.15 
 
 
272 aa  47.8  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  34.62 
 
 
358 aa  47.8  0.0004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 
185 aa  47.8  0.0004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 
196 aa  47.4  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1268  repressor protein, putative  41.38 
 
 
230 aa  47.4  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.019488  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  29.07 
 
 
460 aa  47.4  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  25.73 
 
 
374 aa  47  0.0007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  43.28 
 
 
131 aa  46.2  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.18001e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  36.11 
 
 
311 aa  46.2  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1789  transcriptional regulator, XRE family  32.91 
 
 
198 aa  45.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  7.70501e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  32.56 
 
 
374 aa  45.8  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0051  hypothetical protein  27.46 
 
 
565 aa  45.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  43.48 
 
 
227 aa  45.1  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  29.29 
 
 
374 aa  45.1  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  31.4 
 
 
374 aa  44.7  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 
370 aa  44.3  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  31.4 
 
 
374 aa  44.7  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 
368 aa  44.7  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  31.4 
 
 
374 aa  44.7  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  29.29 
 
 
374 aa  44.7  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  39.44 
 
 
459 aa  44.3  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  31.4 
 
 
374 aa  44.3  0.005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
380 aa  43.9  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 
163 aa  43.9  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  7.70328e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  38.1 
 
 
207 aa  43.5  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 
273 aa  43.5  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
178 aa  43.1  0.01  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>