More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_2338 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  100 
 
 		 321 aa  632  1e-180  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  57.14 
 
 		 436 aa  317  2e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  53.67 
 
 		 477 aa  285  5e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  52.68 
 
 		 316 aa  271  8.000000000000001e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  48.14 
 
 		 495 aa  258  6e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  49.69 
 
 		 852 aa  258  8e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  47.63 
 
 		 815 aa  253  4.0000000000000004e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  45.08 
 
 		 758 aa  247  2e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  45.08 
 
 		 758 aa  247  2e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  44.76 
 
 		 758 aa  245  8e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  45.54 
 
 		 759 aa  242  7e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  43.85 
 
 		 763 aa  241  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.37 
 
 		 797 aa  238  9e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  43.41 
 
 		 766 aa  235  7e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  47.32 
 
 		 847 aa  235  8e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  48.39 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  45.69 
 
 		 831 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  48.39 
 
 		 312 aa  229  5e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  41.51 
 
 		 316 aa  228  7e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  43.17 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  44.76 
 
 		 376 aa  216  4e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  45.39 
 
 		 828 aa  215  7e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  41.56 
 
 		 656 aa  212  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  42.45 
 
 		 845 aa  207  3e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  45.19 
 
 		 311 aa  206  5e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  42.45 
 
 		 684 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.59 
 
 		 858 aa  203  3e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  43.27 
 
 		 329 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  43.27 
 
 		 329 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  44.01 
 
 		 816 aa  200  3e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  42.19 
 
 		 658 aa  199  7e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  40.89 
 
 		 320 aa  198  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  42.14 
 
 		 683 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  37.74 
 
 		 608 aa  194  1e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  43.31 
 
 		 847 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  42.07 
 
 		 358 aa  191  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.33 
 
 		 778 aa  190  2.9999999999999997e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  40.75 
 
 		 837 aa  189  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  40.06 
 
 		 882 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  40.94 
 
 		 837 aa  186  7e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 351 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  33.44 
 
 		 896 aa  182  6e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  37.04 
 
 		 644 aa  182  7e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  37.23 
 
 		 603 aa  182  7e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  38.17 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  38.23 
 
 		 863 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  35.94 
 
 		 851 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  39.26 
 
 		 658 aa  179  8e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  34.98 
 
 		 902 aa  179  8e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  38.46 
 
 		 840 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  38.41 
 
 		 847 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.54 
 
 		 861 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  33.12 
 
 		 855 aa  177  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  38.77 
 
 		 847 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  36.22 
 
 		 818 aa  176  4e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  37.62 
 
 		 867 aa  175  9e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  36.31 
 
 		 853 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  34.66 
 
 		 895 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  36.67 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  38.98 
 
 		 822 aa  174  1.9999999999999998e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  32.82 
 
 		 877 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  35.2 
 
 		 866 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  36.14 
 
 		 834 aa  172  5.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  38.7 
 
 		 872 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  40.45 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  35.29 
 
 		 845 aa  166  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  38.94 
 
 		 825 aa  166  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  40.96 
 
 		 878 aa  165  9e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  31.7 
 
 		 813 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  36.51 
 
 		 534 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  40.65 
 
 		 939 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  36.59 
 
 		 871 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  37.87 
 
 		 856 aa  163  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.44 
 
 		 646 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  36.67 
 
 		 651 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  34.57 
 
 		 914 aa  162  7e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  38.79 
 
 		 846 aa  162  8.000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  37.46 
 
 		 871 aa  162  9e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  34.48 
 
 		 930 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  34.29 
 
 		 848 aa  159  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  36.05 
 
 		 845 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  33.85 
 
 		 657 aa  156  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  33.73 
 
 		 864 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  37.85 
 
 		 896 aa  155  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  33.13 
 
 		 865 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  32.71 
 
 		 882 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 883 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  32.29 
 
 		 911 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  32.11 
 
 		 1001 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  34.18 
 
 		 914 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.71 
 
 		 336 aa  153  5e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  26.84 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  33.96 
 
 		 886 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  31.33 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  36.25 
 
 		 901 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  35.35 
 
 		 833 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  35.76 
 
 		 936 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  35.67 
 
 		 832 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 881 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  35.76 
 
 		 936 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>