More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_1084 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 
301 aa  587  1e-167  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  62.62 
 
 
330 aa  363  2e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  57.09 
 
 
308 aa  329  3e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  56.71 
 
 
301 aa  328  7e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58.39 
 
 
301 aa  327  1.0000000000000001e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.81 
 
 
321 aa  310  2e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.44 
 
 
313 aa  307  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.33 
 
 
301 aa  297  1e-79  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.72 
 
 
326 aa  287  1e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  50.33 
 
 
311 aa  280  2e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  57.67 
 
 
306 aa  276  4e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53 
 
 
300 aa  276  4e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  57.81 
 
 
291 aa  270  2e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  47.32 
 
 
321 aa  251  9.000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.52 
 
 
304 aa  242  5e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.03 
 
 
305 aa  239  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.52 
 
 
304 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.84 
 
 
304 aa  239  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.52 
 
 
304 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.52 
 
 
304 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.86 
 
 
307 aa  238  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.18 
 
 
304 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.79 
 
 
303 aa  236  3e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.84 
 
 
304 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.41 
 
 
303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00000952381  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.49 
 
 
304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.49 
 
 
304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.18 
 
 
301 aa  232  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.86 
 
 
303 aa  231  8.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.69 
 
 
305 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.81 
 
 
303 aa  231  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.81 
 
 
303 aa  231  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.41 
 
 
303 aa  228  7e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.96 
 
 
328 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.72 
 
 
303 aa  225  6e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.61 
 
 
305 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.58 
 
 
305 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.44 
 
 
303 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.44 
 
 
303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.44 
 
 
303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.78 
 
 
303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  41.1 
 
 
303 aa  222  6e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.44 
 
 
303 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.78 
 
 
303 aa  221  9e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.75 
 
 
303 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.24 
 
 
303 aa  219  5e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  45.86 
 
 
313 aa  218  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.24 
 
 
312 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.24 
 
 
312 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  45.17 
 
 
301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  45.17 
 
 
301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.64 
 
 
311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.11 
 
 
336 aa  210  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.07 
 
 
307 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.07 
 
 
308 aa  208  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.96 
 
 
301 aa  208  9e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.21 
 
 
301 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.79 
 
 
301 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.37 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.52 
 
 
304 aa  193  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.44 
 
 
304 aa  191  1e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.48 
 
 
304 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.27 
 
 
304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.24 
 
 
304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0196  dihydrodipicolinate synthetase  37.58 
 
 
307 aa  118  9e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  31 
 
 
291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5532  dihydrodipicolinate synthetase  33.45 
 
 
301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4464  dihydrodipicolinate synthetase  31.65 
 
 
299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.130904  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4436  dihydrodipicolinate synthetase  31.8 
 
 
311 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0722382  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1458  dihydrodipicolinate synthase  33.8 
 
 
291 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.370783  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4210  dihydrodipicolinate synthetase  31.54 
 
 
319 aa  108  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4457  dihydrodipicolinate synthetase  29.24 
 
 
312 aa  105  8e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.0032522  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  28.43 
 
 
294 aa  105  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2744  dihydrodipicolinate synthase  30.77 
 
 
309 aa  104  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.67132  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4989  dihydrodipicolinate synthetase  33.1 
 
 
299 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  28.57 
 
 
290 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0647  dihydrodipicolinate synthase  29.24 
 
 
292 aa  103  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.443428  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2421  dihydrodipicolinate synthase  29.97 
 
 
293 aa  103  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000015991  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3972  dihydrodipicolinate synthetase  33.69 
 
 
299 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12766  dihydrodipicolinate synthase  32.06 
 
 
300 aa  102  8e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0147  dihydrodipicolinate synthase  28.43 
 
 
291 aa  102  9e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4039  dihydrodipicolinate synthetase  33.69 
 
 
299 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5022  dihydrodipicolinate synthetase  33.69 
 
 
299 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3086  dihydrodipicolinate synthase  33.47 
 
 
326 aa  102  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.167482  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3007  dihydrodipicolinate synthase  40.12 
 
 
292 aa  101  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0527103  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3845  dihydrodipicolinate synthetase  30.51 
 
 
299 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1503  dihydrodipicolinate synthase  32.09 
 
 
308 aa  100  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00000230491  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3930  dihydrodipicolinate synthetase  33.33 
 
 
299 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  36.14 
 
 
290 aa  100  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  29.81 
 
 
293 aa  99.4  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0794  dihydrodipicolinate synthase  30.23 
 
 
314 aa  99  8e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0843  dihydrodipicolinate synthase  34.73 
 
 
290 aa  99  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0686751  normal  0.56042 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0987  dihydrodipicolinate synthase  34.73 
 
 
290 aa  99  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.193638  normal  0.417753 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  28.24 
 
 
291 aa  98.6  1e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51270  dihydrodipicolinate synthase  30.43 
 
 
292 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000235612 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1548  dihydrodipicolinate synthase  31.88 
 
 
292 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0406446  normal  0.0313891 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0257  dihydrodipicolinate synthase  25.66 
 
 
296 aa  98.2  2e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.457936  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1371  dihydrodipicolinate synthase  32.02 
 
 
292 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.418519  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4387  dihydrodipicolinate synthase  30.43 
 
 
292 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1540  dihydrodipicolinate synthase  37.35 
 
 
300 aa  97.8  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>