More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_0871 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 
168 aa  345  2e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  87.5 
 
 
168 aa  309  1e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0811  PadR family transcriptional regulator  41.77 
 
 
170 aa  110  7.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  39.63 
 
 
175 aa  109  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  37.35 
 
 
174 aa  105  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  37.5 
 
 
174 aa  103  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  35.5 
 
 
194 aa  100  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  35.63 
 
 
210 aa  100  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  37.95 
 
 
179 aa  99.8  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  36.88 
 
 
174 aa  99  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  36.84 
 
 
175 aa  99  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7926  transcriptional regulator, PadR-like family  37.95 
 
 
178 aa  99  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4160  transcriptional regulator, PadR-like family  33.94 
 
 
222 aa  98.2  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.354182  normal  0.0431624 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  37.34 
 
 
174 aa  97.4  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4806  transcriptional regulator, PadR-like family  35.33 
 
 
200 aa  95.5  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0379  transcriptional regulator, PadR-like family  36.59 
 
 
177 aa  95.1  4e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4637  transcriptional regulator, PadR-like family  38.61 
 
 
183 aa  93.6  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0904166  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4689  transcriptional regulator  43.64 
 
 
177 aa  93.6  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.284032  normal  0.787552 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  33.14 
 
 
179 aa  91.7  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  37.89 
 
 
174 aa  91.3  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  34.81 
 
 
176 aa  90.5  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0527  PadR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
175 aa  87.4  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0828  transcriptional regulator, PadR-like family  32.56 
 
 
202 aa  86.3  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.845057 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1343  transcriptional regulator PadR family protein  32.21 
 
 
186 aa  80.9  0.000000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0701  transcriptional regulator, PadR-like family  31.67 
 
 
242 aa  80.5  0.00000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002309  predicted transcriptional regulator  34.11 
 
 
179 aa  79.3  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  29.88 
 
 
176 aa  79  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4159  transcriptional regulator, PadR-like family  37.74 
 
 
176 aa  78.2  0.00000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  31.03 
 
 
179 aa  78.2  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000756416  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00046  transcriptional regulator  29.07 
 
 
201 aa  77  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2179  PadR-like family transcriptional regulator  32.72 
 
 
186 aa  76.6  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00487663 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06230  predicted transcriptional regulator  32.35 
 
 
194 aa  76.3  0.0000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.946193  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4576  PadR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
181 aa  75.5  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  31.25 
 
 
190 aa  73.9  0.0000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  28.26 
 
 
194 aa  73.9  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2496  transcriptional regulator, PadR-like family  27.71 
 
 
177 aa  70.9  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0617263  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1946  transcriptional regulator, PadR family  33.93 
 
 
179 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1669  PadR family transcriptional regulator  33.93 
 
 
179 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.107785  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1645  transcriptional regulator  33.93 
 
 
179 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  30 
 
 
183 aa  70.5  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  29.41 
 
 
187 aa  69.3  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  32.09 
 
 
184 aa  70.1  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2019  transcriptional regulator, PadR-like family  32.06 
 
 
160 aa  69.3  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.41981 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1910  PadR family transcriptional regulator  33.04 
 
 
174 aa  68.9  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3512  transcriptional repressor PadR  33.66 
 
 
179 aa  68.9  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0057  transcriptional regulator, PadR-like family  34.13 
 
 
168 aa  68.6  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3177  transcriptional regulator, PadR-like family  28.57 
 
 
204 aa  68.6  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.556918  normal  0.03966 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
204 aa  68.6  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  29.07 
 
 
195 aa  68.6  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  26.74 
 
 
181 aa  67.4  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3146  PadR-like family transcriptional regulator  39 
 
 
185 aa  66.2  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.280559 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1272  transcriptional regulator  35.11 
 
 
185 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546135  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05461  hypothetical protein  34.33 
 
 
178 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.144264 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0095  PadR-like family regulatory protein  35.11 
 
 
196 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1600  PadR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
185 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.797294  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1517  PadR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
196 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.178756  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  27.75 
 
 
182 aa  64.7  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1371  transcriptional regulator, PadR-like family  32.54 
 
 
182 aa  64.7  0.0000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0218081  normal  0.0807721 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4818  transcriptional regulator, PadR-like family  32.84 
 
 
179 aa  63.9  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.683048  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3741  transcriptional regulator, PadR-like family  32.84 
 
 
179 aa  63.9  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4729  transcriptional regulator, PadR-like family  28.42 
 
 
197 aa  64.3  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1318  transcriptional regulator, PadR-like family  31.18 
 
 
185 aa  63.5  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1362  transcriptional regulator, PadR-like family  36.89 
 
 
223 aa  63.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323106  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  27.75 
 
 
325 aa  63.2  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
216 aa  62.8  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  30.46 
 
 
176 aa  62.4  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11201  hypothetical protein  28.02 
 
 
189 aa  62.4  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.705014  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  23.84 
 
 
305 aa  62.4  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0613  transcriptional regulator, PadR-like family  37.62 
 
 
185 aa  62.4  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121754  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4824  transcriptional regulator, PadR-like family  29.65 
 
 
184 aa  62  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  27.27 
 
 
185 aa  60.1  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5591  PadR family transcriptional regulator  31.3 
 
 
196 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
183 aa  60.1  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  43.59 
 
 
203 aa  60.1  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7317  PadR-like family transcriptional regulator  37.14 
 
 
229 aa  58.9  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.16375 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1999  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 
198 aa  57.8  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.893773  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  32 
 
 
195 aa  57.8  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1163  transcriptional regulator, PadR-like family  37.25 
 
 
191 aa  57  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.984047 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1322  PadR-like family transcriptional regulator  31.69 
 
 
183 aa  57  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.704884 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1892  PadR-like family transcriptional regulator  30.93 
 
 
176 aa  57  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.481903  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0862  PadR-like family transcriptional regulator  34.23 
 
 
202 aa  57  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1343  PadR-like family transcriptional regulator  34.23 
 
 
202 aa  57  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  35.4 
 
 
195 aa  57  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4528  PadR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
272 aa  56.2  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  37.8 
 
 
184 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2736  PadR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
236 aa  55.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.504798 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
173 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4476  PadR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
192 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
173 aa  55.1  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
173 aa  55.1  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0957  transcriptional regulator, PadR-like family  34.16 
 
 
204 aa  55.1  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0586102  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4874  PadR-like family transcriptional regulator  40.48 
 
 
189 aa  55.1  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2816  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 
121 aa  55.1  0.0000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.270433  normal  0.376795 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  41.25 
 
 
182 aa  54.7  0.0000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0503  transcriptional regulator, PadR-like family  30.91 
 
 
179 aa  54.7  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100232  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2204  PadR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
179 aa  54.7  0.0000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0586729  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6303  transcriptional regulator, PadR-like family  29.7 
 
 
188 aa  54.7  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113883  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0172  PadR-like family transcriptional regulator  29.75 
 
 
242 aa  54.7  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13740  predicted transcriptional regulator  32.38 
 
 
196 aa  54.3  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1993  transcriptional regulator, PadR-like family  41.77 
 
 
107 aa  53.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.765293  normal  0.399206 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>