More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_0543 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.82 
 
 
1342 aa  714    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.105802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4008  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.82 
 
 
1342 aa  714    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0589  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.57 
 
 
1252 aa  729    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0603  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.91 
 
 
1272 aa  1216    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60 
 
 
1370 aa  763    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0447  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.07 
 
 
1357 aa  703    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.4615  unclonable  0.00000104807 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2421  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.52 
 
 
1167 aa  1009    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.142717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.69 
 
 
1183 aa  1050    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1066  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.4 
 
 
1358 aa  739    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369234  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3034  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.17 
 
 
1368 aa  705    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0207324 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.13 
 
 
1177 aa  1090    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.907147  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4769  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.16 
 
 
1342 aa  708    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.63 
 
 
1191 aa  1019    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1243  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.13 
 
 
1377 aa  744    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.510388  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0224  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.14 
 
 
1345 aa  735    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0619  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.4 
 
 
1357 aa  706    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.739155  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.01 
 
 
1177 aa  1089    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0098  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.13 
 
 
1177 aa  1090    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.12 
 
 
1284 aa  916    Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0096  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.13 
 
 
1177 aa  1090    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0387  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.03 
 
 
1368 aa  741    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0362  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.88 
 
 
1368 aa  741    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4555  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.24 
 
 
1357 aa  705    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00695009 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1887  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.18 
 
 
1372 aa  719    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2654  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  85.81 
 
 
1155 aa  2047    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.679256  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.94 
 
 
1095 aa  1206    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0988562  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0398  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.85 
 
 
1359 aa  726    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0653652  normal  0.0371296 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.4 
 
 
1380 aa  769    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.05 
 
 
1117 aa  1230    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3786  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.32 
 
 
1368 aa  721    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2331  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.29 
 
 
1359 aa  724    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5086  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.57 
 
 
1357 aa  708    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0807983  normal  0.53434 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1699  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.1 
 
 
1377 aa  749    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.01 
 
 
1368 aa  762    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.46808  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58 
 
 
1368 aa  719    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1962  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.9 
 
 
1301 aa  707    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.768715  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0605  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.03 
 
 
1097 aa  1201    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.3 
 
 
1097 aa  1197    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.883429  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0619  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.68 
 
 
1370 aa  753    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000502856 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2997  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.28 
 
 
1375 aa  711    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.01 
 
 
1177 aa  1089    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1578  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.25 
 
 
1097 aa  1204    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.702205  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1522  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.2 
 
 
1100 aa  1236    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0759  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.84 
 
 
1357 aa  705    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0070  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.11 
 
 
1287 aa  944    Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2695  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.62 
 
 
1393 aa  764    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.85 
 
 
1141 aa  1486    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3076  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.32 
 
 
1368 aa  723    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.32 
 
 
1422 aa  769    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0573  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  84.01 
 
 
1141 aa  1975    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.48 
 
 
1390 aa  765    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0576876  normal  0.366235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.8 
 
 
1392 aa  747    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0568  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.6 
 
 
1385 aa  730    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.941099 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0924  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.62 
 
 
1361 aa  732    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.235944  hitchhiker  0.0000468436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3458  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.64 
 
 
1373 aa  767    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4442  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.24 
 
 
1370 aa  704    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0306  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.32 
 
 
1368 aa  716    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.98 
 
 
1343 aa  733    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0257445  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3195  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.48 
 
 
1374 aa  764    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.07 
 
 
1380 aa  767    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.18 
 
 
1372 aa  719    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0502999 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4676  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.67 
 
 
1489 aa  721    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.765247  hitchhiker  0.00735061 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0636  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  52.45 
 
 
1152 aa  1157    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.86 
 
 
1379 aa  756    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.25 
 
 
1392 aa  764    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.792933  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2767  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.16 
 
 
1368 aa  722    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0969  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78.04 
 
 
1166 aa  1845    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2162  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  62.23 
 
 
1141 aa  1397    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.906254  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1819  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.7 
 
 
1379 aa  749    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.48 
 
 
1234 aa  1109    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.64 
 
 
1234 aa  1109    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.47 
 
 
1342 aa  727    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2939  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.92 
 
 
1102 aa  1222    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.98 
 
 
1325 aa  733    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.167231  hitchhiker  0.000258915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0187  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.98 
 
 
1345 aa  733    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.248481  normal  0.0219546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0451  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.43 
 
 
1355 aa  738    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.82 
 
 
1343 aa  728    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.683785  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  60.97 
 
 
1107 aa  1402    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1802  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.44 
 
 
1357 aa  745    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.817598  normal  0.172687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0259  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.16 
 
 
1368 aa  721    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.84046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  52.01 
 
 
1357 aa  709    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00338261 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.8 
 
 
1196 aa  1037    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  61.78 
 
 
1197 aa  1023    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.5 
 
 
1212 aa  1054    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.24 
 
 
1202 aa  1022    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.04 
 
 
1193 aa  1030    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2984  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  75.95 
 
 
1171 aa  1800    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.816436  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.16 
 
 
1368 aa  722    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1549  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  59.77 
 
 
1370 aa  733    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0840  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.94 
 
 
1360 aa  739    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00386613 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.98 
 
 
1345 aa  733    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.409883  hitchhiker  0.000180599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  82.93 
 
 
1169 aa  1982    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0747  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.84 
 
 
1382 aa  745    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712795  decreased coverage  0.00979449 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0711  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78.78 
 
 
1166 aa  1864    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0206  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.27 
 
 
1342 aa  728    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.255589  hitchhiker  0.000288245 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0987  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78.04 
 
 
1172 aa  1845    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.65546 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.41 
 
 
1346 aa  717    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428905 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1257  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78.22 
 
 
1161 aa  1856    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.568598 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.03 
 
 
1358 aa  714    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.982891  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.88 
 
 
1372 aa  709    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.746649  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>