220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_0010 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_0010  putative periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 
280 aa  551  1e-156  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3557  putative periplasmic substrate-binding protein  73.09 
 
 
255 aa  352  5e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00679911  normal  0.410272 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1031  putative periplasmic substrate-binding protein  69.44 
 
 
253 aa  338  9e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.377319  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2040  hypothetical protein  63.07 
 
 
241 aa  298  7e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.05668  normal  0.0365755 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3150  hypothetical protein  62.5 
 
 
290 aa  282  4.0000000000000003e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2810  hypothetical protein  61.48 
 
 
250 aa  275  4e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2103  hypothetical protein  60.08 
 
 
243 aa  272  6e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000719716  normal  0.302438 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2246  hypothetical protein  61.54 
 
 
240 aa  264  1e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.155088  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2226  periplasmic binding protein  58.65 
 
 
251 aa  260  2e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.578911  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1761  hypothetical protein  60.08 
 
 
243 aa  251  8.000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.396883  hitchhiker  0.00317212 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0893  putative periplasmic substrate-binding protein  59.09 
 
 
251 aa  250  1e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07340  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  51.89 
 
 
263 aa  238  6.999999999999999e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4823  periplasmic binding protein  50.99 
 
 
252 aa  225  5.0000000000000005e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  37.6 
 
 
263 aa  156  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0112  periplasmic binding protein  40.54 
 
 
260 aa  145  6e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.195536 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  36.86 
 
 
278 aa  140  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3084  periplasmic binding protein  34.4 
 
 
276 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543299 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  40.48 
 
 
250 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2937  periplasmic binding protein  37.55 
 
 
270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000364974  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3666  periplasmic binding protein  33.86 
 
 
271 aa  129  6e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.035512 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2323  periplasmic binding protein  32.4 
 
 
266 aa  126  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06845  predicted ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  31.2 
 
 
266 aa  121  9.999999999999999e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0226932  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0828  periplasmic binding protein  39.33 
 
 
268 aa  120  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1134  periplasmic binding protein  33.76 
 
 
246 aa  112  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0216627  normal  0.720835 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4706  periplasmic binding protein  32.47 
 
 
296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0131  hypothetical protein  33.87 
 
 
275 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.881561  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0184  periplasmic binding protein  31.66 
 
 
270 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0283  hypothetical protein  32.46 
 
 
281 aa  88.2  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.915903  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0141  hypothetical protein  31.77 
 
 
281 aa  87  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40714  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0469  periplasmic binding protein  30.92 
 
 
272 aa  85.9  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.69845 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0133  hypothetical protein  31.41 
 
 
281 aa  85.5  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.76466  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0726  periplasmic binding protein  35.32 
 
 
279 aa  84.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4249  iron ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.54 
 
 
272 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.231782 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0100  hypothetical protein  32.53 
 
 
280 aa  82.4  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  28.24 
 
 
341 aa  80.1  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  26.82 
 
 
300 aa  79.7  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1584  periplasmic binding protein  28.41 
 
 
264 aa  79.3  0.00000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.409039  normal  0.308354 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  28.78 
 
 
318 aa  79  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  28.06 
 
 
318 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  31.63 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  27.7 
 
 
303 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  29.71 
 
 
317 aa  74.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  30 
 
 
309 aa  73.9  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  25.44 
 
 
338 aa  73.6  0.000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  25.44 
 
 
338 aa  73.6  0.000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  30.28 
 
 
304 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  28.76 
 
 
288 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  30.58 
 
 
289 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2214  periplasmic binding protein  30.31 
 
 
264 aa  73.6  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  33.16 
 
 
276 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  29.72 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  29.72 
 
 
332 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.72 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.72 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.72 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.72 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  27.88 
 
 
300 aa  72.4  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  27.4 
 
 
300 aa  72.4  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  29.72 
 
 
310 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  30.1 
 
 
312 aa  72  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  25.33 
 
 
338 aa  72  0.00000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  25.11 
 
 
337 aa  71.6  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  31.86 
 
 
292 aa  70.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  24.44 
 
 
300 aa  71.2  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.08 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  27.8 
 
 
339 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  27.83 
 
 
303 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  28.78 
 
 
300 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  29.28 
 
 
291 aa  69.3  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  27.16 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  31.5 
 
 
323 aa  68.6  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  30.87 
 
 
318 aa  68.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  28.64 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2820  periplasmic binding protein  26.89 
 
 
311 aa  67  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00857628  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  30.35 
 
 
300 aa  67  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  28.77 
 
 
305 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  28.77 
 
 
305 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  28.77 
 
 
305 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.65 
 
 
356 aa  65.5  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  31.25 
 
 
307 aa  64.7  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  30 
 
 
287 aa  65.1  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  24.64 
 
 
321 aa  64.7  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  27.67 
 
 
296 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1388  iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.23 
 
 
291 aa  63.5  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.783574  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1039  periplasmic binding protein  29.17 
 
 
272 aa  63.9  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3205  parallel beta-helix repeat-containing protein  22.6 
 
 
309 aa  63.2  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  27.19 
 
 
517 aa  63.2  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.49 
 
 
287 aa  62.8  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.583002  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3099  vitamin B12-transporter protein BtuF  26.21 
 
 
276 aa  62.8  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  28.43 
 
 
300 aa  62.8  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1449  periplasmic binding protein  27.98 
 
 
316 aa  62.4  0.000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.301306  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  29.09 
 
 
308 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  34.23 
 
 
315 aa  61.6  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  30.84 
 
 
310 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2132  periplasmic binding protein  25.47 
 
 
299 aa  62  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00334395 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3615  periplasmic binding protein  34.15 
 
 
304 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  24.04 
 
 
331 aa  61.6  0.00000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  26.7 
 
 
304 aa  61.2  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  27.55 
 
 
265 aa  61.2  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>