More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_0004 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
401 aa  771  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  72.32 
 
 
390 aa  512  1e-144  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  63.22 
 
 
377 aa  466  1e-130  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  65.34 
 
 
377 aa  466  1e-130  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  67.74 
 
 
379 aa  456  1e-127  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.11 
 
 
381 aa  432  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  60.65 
 
 
371 aa  433  1e-120  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  57.36 
 
 
390 aa  422  1e-117  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  3.32989e-05  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  58.07 
 
 
399 aa  420  1e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  56.84 
 
 
420 aa  420  1e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.56 
 
 
391 aa  416  1e-115  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  57.56 
 
 
397 aa  409  1e-113  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.75 
 
 
378 aa  410  1e-113  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  59.75 
 
 
377 aa  405  1e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.5 
 
 
380 aa  404  1e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  60.15 
 
 
376 aa  404  1e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  1.75389e-08 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  54.55 
 
 
414 aa  402  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.52 
 
 
398 aa  398  1e-110  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  54.2 
 
 
402 aa  399  1e-110  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15476e-13 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  55.99 
 
 
386 aa  400  1e-110  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  57.61 
 
 
380 aa  389  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  57.61 
 
 
380 aa  389  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  57.61 
 
 
380 aa  389  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  55.98 
 
 
389 aa  391  1e-107  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  53.27 
 
 
401 aa  391  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  56.44 
 
 
390 aa  386  1e-106  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.29 
 
 
399 aa  384  1e-105  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  54.71 
 
 
401 aa  380  1e-104  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  56.25 
 
 
385 aa  369  1e-101  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  54.08 
 
 
371 aa  355  9e-97  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  50.64 
 
 
397 aa  348  1e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  47.62 
 
 
414 aa  339  5e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.19 
 
 
485 aa  326  5e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  46.21 
 
 
415 aa  320  2e-86  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  9.51254e-07  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  48.73 
 
 
404 aa  300  4e-80  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  59.68 
 
 
457 aa  251  1e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 
375 aa  222  7e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  38.77 
 
 
398 aa  213  5e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  35.11 
 
 
395 aa  202  6e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.57 
 
 
386 aa  199  7e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  29.93 
 
 
375 aa  198  2e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  29.93 
 
 
375 aa  196  5e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  29.68 
 
 
375 aa  195  9e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  29.68 
 
 
375 aa  195  9e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.04808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  29.68 
 
 
375 aa  195  9e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  29.93 
 
 
375 aa  196  9e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  29.68 
 
 
375 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  28.81 
 
 
433 aa  194  2e-48  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.47 
 
 
382 aa  194  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  29.68 
 
 
375 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  29.68 
 
 
375 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.66 
 
 
364 aa  193  5e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  30.87 
 
 
369 aa  193  6e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  30.17 
 
 
375 aa  192  8e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  33.16 
 
 
371 aa  191  2e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.56 
 
 
376 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  32.17 
 
 
374 aa  190  4e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  25.79 
 
 
361 aa  190  4e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  25.79 
 
 
361 aa  190  4e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  33.67 
 
 
364 aa  190  5e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  37.5 
 
 
392 aa  189  5e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  29.6 
 
 
371 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  30.67 
 
 
370 aa  188  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  30.67 
 
 
370 aa  188  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  29.27 
 
 
373 aa  187  3e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  38 
 
 
394 aa  186  6e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  29.97 
 
 
374 aa  185  1e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.14 
 
 
371 aa  184  2e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.43 
 
 
360 aa  184  2e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  29.27 
 
 
364 aa  184  2e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  29.97 
 
 
371 aa  184  3e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.18 
 
 
365 aa  182  7e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  30.17 
 
 
372 aa  179  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  27.93 
 
 
374 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.14234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  27.3 
 
 
369 aa  176  5e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  26 
 
 
362 aa  175  1e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.18 
 
 
373 aa  173  4e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  36.43 
 
 
385 aa  172  6e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  27.61 
 
 
374 aa  169  7e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.93 
 
 
372 aa  168  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.61 
 
 
370 aa  166  7e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  33.42 
 
 
365 aa  166  9e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.6 
 
 
370 aa  163  4e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  34.58 
 
 
387 aa  162  7e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  32.18 
 
 
365 aa  162  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.74 
 
 
374 aa  162  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.71 
 
 
369 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  28.11 
 
 
366 aa  160  5e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  32 
 
 
360 aa  160  5e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  28.77 
 
 
384 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.11 
 
 
358 aa  157  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  32.33 
 
 
386 aa  157  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  29.82 
 
 
370 aa  155  9e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  28.29 
 
 
365 aa  155  1e-36  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  31.87 
 
 
376 aa  155  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  34.21 
 
 
387 aa  154  4e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  32.19 
 
 
390 aa  153  7e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  28.23 
 
 
364 aa  152  1e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  24.54 
 
 
359 aa  151  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  28.57 
 
 
359 aa  150  3e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>