More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_0002 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  84.17 
 
 
379 aa  637  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
378 aa  749  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  69.31 
 
 
375 aa  511  1e-144  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  6.84448e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  66.93 
 
 
379 aa  481  1e-135  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  64.4 
 
 
380 aa  472  1e-132  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  1.43991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  58.12 
 
 
379 aa  437  1e-121  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.47 
 
 
376 aa  431  1e-120  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  57.14 
 
 
376 aa  429  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.23 
 
 
377 aa  420  1e-116  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.43 
 
 
378 aa  417  1e-115  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.37 
 
 
408 aa  409  1e-113  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.81 
 
 
396 aa  409  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.7 
 
 
376 aa  405  1e-112  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  8.49521e-07  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.7 
 
 
387 aa  404  1e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  56.48 
 
 
384 aa  399  1e-110  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.81 
 
 
386 aa  399  1e-110  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  52.24 
 
 
402 aa  392  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  1.38278e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  52.39 
 
 
374 aa  392  1e-108  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.82 
 
 
398 aa  392  1e-108  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  56.58 
 
 
377 aa  386  1e-106  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  3.16606e-10  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  51.99 
 
 
365 aa  385  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.32 
 
 
377 aa  387  1e-106  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  1.86271e-08 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.41 
 
 
388 aa  383  1e-105  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  51.93 
 
 
398 aa  382  1e-105  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.93 
 
 
398 aa  382  1e-105  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.93 
 
 
398 aa  382  1e-105  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.67 
 
 
383 aa  381  1e-104  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.39 
 
 
374 aa  380  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.5514e-14 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  53.19 
 
 
378 aa  381  1e-104  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  52.05 
 
 
398 aa  379  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.13 
 
 
374 aa  377  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  53.37 
 
 
386 aa  372  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.62 
 
 
378 aa  369  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.74 
 
 
396 aa  366  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.09 
 
 
408 aa  368  1e-100  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  49.49 
 
 
402 aa  363  2e-99  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  50.93 
 
 
374 aa  361  1e-98  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  54.57 
 
 
379 aa  358  7e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  2.51098e-09  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.13 
 
 
380 aa  351  1e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  48.27 
 
 
364 aa  323  2e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  42.06 
 
 
374 aa  310  2e-83  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  34.92 
 
 
374 aa  281  1e-74  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  42.61 
 
 
404 aa  262  6e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  38.05 
 
 
433 aa  237  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 
366 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 
366 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  31.58 
 
 
366 aa  181  2e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  5.53224e-06  hitchhiker  3.89013e-07 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.1 
 
 
375 aa  175  1e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.7 
 
 
367 aa  167  4e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.59 
 
 
369 aa  167  4e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.79 
 
 
397 aa  166  7e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.21 
 
 
365 aa  165  1e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  5.99685e-05 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.79 
 
 
377 aa  164  2e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.79 
 
 
377 aa  164  2e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.89 
 
 
365 aa  164  3e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.84 
 
 
385 aa  163  5e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.06 
 
 
385 aa  162  7e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.15 
 
 
365 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.74 
 
 
388 aa  161  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  28.28 
 
 
377 aa  161  2e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.85 
 
 
370 aa  159  6e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  28.83 
 
 
372 aa  159  8e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.8 
 
 
385 aa  159  1e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.29 
 
 
385 aa  157  3e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  28.68 
 
 
376 aa  155  9e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 
378 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.6 
 
 
366 aa  154  3e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.98 
 
 
390 aa  153  6e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  29.02 
 
 
381 aa  152  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  1.66783e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  25 
 
 
366 aa  151  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  28.83 
 
 
366 aa  151  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.12219e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  27.25 
 
 
382 aa  150  3e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  27.66 
 
 
386 aa  150  5e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.56 
 
 
366 aa  149  6e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 
379 aa  149  7e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 
379 aa  149  8e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 
379 aa  149  8e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.23 
 
 
365 aa  149  9e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  3.18907e-05  decreased coverage  0.000394754 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0001  DNA polymerase III, beta subunit  28.23 
 
 
365 aa  149  9e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.336764  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.16 
 
 
386 aa  148  1e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  26.68 
 
 
376 aa  149  1e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  1.88302e-11  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 
379 aa  148  2e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  26.74 
 
 
379 aa  148  2e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  8.20509e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 
379 aa  148  2e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.74 
 
 
379 aa  148  2e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 
378 aa  147  4e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.85 
 
 
380 aa  145  8e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.6 
 
 
367 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  28.18 
 
 
393 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  27.56 
 
 
366 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  28.18 
 
 
393 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  2.81863e-09 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.37 
 
 
381 aa  144  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.57 
 
 
385 aa  144  4e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.74 
 
 
378 aa  144  4e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.67002e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.23 
 
 
361 aa  143  5e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  3.20383e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.09 
 
 
381 aa  143  6e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 
369 aa  142  7e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  27.81 
 
 
378 aa  142  1e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  5.12645e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  28.2 
 
 
378 aa  142  1e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  3.28779e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  27.81 
 
 
378 aa  142  1e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.28167e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>