214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0019 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  91.7  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0937559  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  95.74 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0005  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0009  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.207835  normal  0.0298119 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60580  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.223284  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0016  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.460002  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0086  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.115514  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0062  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.185406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  93.62 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222202 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00029  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000361603  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0046  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111621  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1178  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100662  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t36  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0727385  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0049  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000237414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA43  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815799  normal  0.0189224 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1301  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000334703  hitchhiker  0.000000433032 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1274  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000352128  hitchhiker  0.000541618 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4669  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.9786200000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5037  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000374172  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2647  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794839  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0243  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0025  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.262204  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0051  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000584609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0980  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000163209  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0025  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0926964  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2157  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00076268  hitchhiker  0.000000000132078 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2098  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000256224  hitchhiker  0.00730061 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2681  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000136258  normal  0.046213 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2105  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000470601  hitchhiker  1.53435e-16 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0025  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna29  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.181713  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0043  tRNA-Leu  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000409272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0068  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0085  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.196786  normal  0.612491 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0838  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.30479e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R48  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331195 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05676  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna121  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000362621  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0694  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.108922  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02743  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05682  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0041  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168959  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0030  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.512133  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0050  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0866765  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0039  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0011  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000652863  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0027  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000316581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1788  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.309259  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0014  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000912382  normal  0.0597094 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0044  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1651  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0033  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.44508 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA26  tRNA-Leu  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  85.29 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.517107  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t036  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t043  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1164  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.973303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0045  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0084  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0085  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000347265  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>