209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2688 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_4088  TonB-dependent receptor  61.55 
 
 		 750 aa  932    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2688  TonB-dependent receptor protein  100 
 
 		 772 aa  1596    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.96874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0619  TonB-dependent receptor  63.28 
 
 		 767 aa  991    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2193  TonB-dependent receptor  44.66 
 
 		 780 aa  647    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.968767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2221  TonB-dependent receptor  50.26 
 
 		 793 aa  752    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0217178  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3198  TonB-dependent receptor  61.2 
 
 		 766 aa  943    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2848  TonB-dependent receptor  44.28 
 
 		 729 aa  570  1e-161  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2027  TonB-dependent receptor  43.03 
 
 		 769 aa  531  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0554382  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0965  TonB-dependent receptor  37.58 
 
 		 773 aa  528  1e-148  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.195804  normal  0.489685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4299  TonB-dependent receptor  41.99 
 
 		 766 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.570809  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0465  TonB-dependent receptor  39.9 
 
 		 758 aa  512  1e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0422  TonB-dependent receptor  38.29 
 
 		 744 aa  502  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328306  normal  0.298969 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2653  TonB-dependent receptor  39.38 
 
 		 716 aa  497  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3750  TonB-dependent receptor  39.47 
 
 		 741 aa  480  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0763  TonB-dependent receptor  39.12 
 
 		 721 aa  464  1e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.72696  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0440  TonB-dependent receptor, putative  36.5 
 
 		 775 aa  451  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3454  TonB-dependent receptor  35.23 
 
 		 713 aa  411  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4077  TonB-dependent receptor, putative  34.98 
 
 		 708 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0496  TonB-dependent receptor  34.97 
 
 		 713 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3630  TonB-dependent receptor  35.72 
 
 		 713 aa  404  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0539  TonB-dependent receptor  34.64 
 
 		 708 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3804  TonB-dependent receptor  33.9 
 
 		 713 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0513  TonB-dependent receptor  34.24 
 
 		 713 aa  389  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0595  TonB-dependent receptor  33.9 
 
 		 713 aa  388  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0534  TonB-dependent receptor  33.9 
 
 		 713 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3368  TonB-dependent receptor  32.65 
 
 		 717 aa  377  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2202  TonB-dependent receptor  33.99 
 
 		 714 aa  366  1e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113523  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3233  TonB-dependent receptor, putative  30.89 
 
 		 701 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88155  normal  0.66393 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0541  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 718 aa  241  4e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3340  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 685 aa  164  6e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03808  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 		 705 aa  146  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0484  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 749 aa  140  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698636  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1053  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 705 aa  120  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0303  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 681 aa  111  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0484  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 702 aa  110  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.766292  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1564  TonB-dependent receptor  22.95 
 
 		 697 aa  106  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.298375  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0512  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 702 aa  103  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0165393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0517  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 702 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.392314  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0377  TonB-dependent receptor  21.66 
 
 		 661 aa  100  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.337812  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 698 aa  99  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2982  TonB dependent receptor, putative  23.28 
 
 		 699 aa  98.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1476  TonB-dependent receptor  23.65 
 
 		 668 aa  95.9  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3452  TonB-dependent receptor  22.43 
 
 		 699 aa  92  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4075  TonB-dependent copper receptor  22.75 
 
 		 725 aa  86.3  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3427  TonB-dependent copper receptor  23.21 
 
 		 698 aa  84.7  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.40271  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3560  TonB-dependent copper receptor  23.44 
 
 		 695 aa  84.3  0.000000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2133  TonB-dependent receptor  21.69 
 
 		 760 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.207681  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2368  TonB-dependent copper receptor  25.13 
 
 		 749 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.468955  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3205  TonB-dependent copper receptor  21.74 
 
 		 687 aa  81.6  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.742642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0821  TonB-dependent copper receptor  24.87 
 
 		 749 aa  81.3  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1606  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 		 696 aa  81.3  0.00000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000872297  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2507  TonB-dependent copper receptor  24.87 
 
 		 745 aa  80.9  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3613  TonB-dependent copper receptor  26.81 
 
 		 710 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4452  TonB-dependent copper receptor  26.81 
 
 		 710 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.876031  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1039  TonB-dependent copper receptor  22.07 
 
 		 667 aa  80.5  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377632 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3914  TonB-dependent copper receptor  26.81 
 
 		 710 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0427  TonB-dependent copper receptor  24.62 
 
 		 745 aa  78.2  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1806  TonB-dependent copper receptor  24.62 
 
 		 745 aa  78.2  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0477  TonB-dependent copper receptor  24.62 
 
 		 745 aa  78.2  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157724  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2174  TonB-dependent copper receptor  26.15 
 
 		 710 aa  78.2  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.25751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0638  TonB-dependent copper receptor  24.87 
 
 		 753 aa  77.8  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3292  TonB-dependent copper receptor  26.54 
 
 		 709 aa  77.8  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.49865 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3808  TonB-dependent copper receptor  26.54 
 
 		 687 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.494445  normal  0.660377 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4669  TonB-dependent copper receptor  25.48 
 
 		 713 aa  75.5  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0923349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4607  TonB-dependent copper receptor  22.75 
 
 		 724 aa  75.1  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0702651  normal  0.0726755 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1804  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 683 aa  72.4  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0894155  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4630  TonB-dependent copper receptor  27.17 
 
 		 688 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102852 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2981  TonB-dependent copper receptor  28.37 
 
 		 669 aa  68.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.724806  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1392  TonB-dependent copper receptor  23.84 
 
 		 691 aa  69.3  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2454  TonB-dependent copper receptor  25.1 
 
 		 684 aa  67.8  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0619  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 673 aa  67.8  0.0000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000412727  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4716  TonB-dependent copper receptor  25.98 
 
 		 688 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.129936 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0043  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 684 aa  65.1  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1325  TonB-dependent copper receptor  29.67 
 
 		 719 aa  65.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15070  outer membrane copper receptor OprC  29.67 
 
 		 723 aa  65.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127729 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4894  TonB-dependent copper receptor  25.98 
 
 		 688 aa  64.7  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.386711  normal  0.630866 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1189  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 702 aa  63.9  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000388358  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0596  TonB-dependent copper receptor  22.27 
 
 		 710 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.834175  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4838  TonB-dependent copper receptor  25.77 
 
 		 688 aa  63.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.412488 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40090  outer membrane copper transport protein  25.28 
 
 		 726 aa  62.8  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 672 aa  62  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0239  TonB-dependent copper receptor  27.92 
 
 		 681 aa  61.6  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0134  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 694 aa  61.6  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0999  nosA protein, putative  21.14 
 
 		 676 aa  61.2  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0655  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 768 aa  61.2  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3953  TonB-dependent copper receptor OprC  27.27 
 
 		 681 aa  60.1  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3712  TonB-dependent copper receptor OprC  27.27 
 
 		 686 aa  58.9  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0941  TonB-dependent copper receptor  20.99 
 
 		 676 aa  58.9  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.591251  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  24.64 
 
 		 687 aa  58.2  0.0000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.39 
 
 		 728 aa  58.2  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1306  iron-regulated outer membrane protein  26.87 
 
 		 692 aa  57.8  0.0000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000656516  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1519  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  29.44 
 
 		 677 aa  57.4  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3408  TonB-dependent copper receptor  27.83 
 
 		 668 aa  55.5  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.233269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3638  TonB-dependent receptor, putative  25.76 
 
 		 739 aa  55.1  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000240989 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2293  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 685 aa  55.1  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0621  TonB-dependent receptor plug  27.89 
 
 		 713 aa  54.7  0.000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0351  TonB-dependent copper receptor  25.15 
 
 		 661 aa  54.7  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 638 aa  54.7  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3532  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.41 
 
 		 657 aa  54.7  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.339275  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0622  TonB-dependent copper receptor  24.83 
 
 		 668 aa  54.3  0.000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>