186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2683 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2683  hypothetical protein  100 
 
 		 478 aa  976    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1600  ATPase  28.48 
 
 		 427 aa  158  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0426773  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0626  SMC domain protein  50.88 
 
 		 439 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3357  SMC domain-containing protein  31.79 
 
 		 437 aa  139  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.123972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2697  AAA ATPase  28.51 
 
 		 410 aa  135  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.308966  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0378  SMC domain protein  28.08 
 
 		 430 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3725  ATPase  27.64 
 
 		 455 aa  106  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1462  SMC domain protein  29.28 
 
 		 423 aa  103  5e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2489  SMC domain-containing protein  42.96 
 
 		 452 aa  100  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000889729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0257  ATPase  26.53 
 
 		 403 aa  99.8  1e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.116042  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5113  hypothetical protein  41.32 
 
 		 422 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4119  SMC domain protein  27.12 
 
 		 482 aa  97.1  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0742  antigen PgaA  26.04 
 
 		 445 aa  96.7  8e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3137  ATPas  30.18 
 
 		 449 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.828607 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0032  SMC domain protein  38.51 
 
 		 440 aa  94.4  4e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.841332  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0419  hypothetical protein  40.14 
 
 		 421 aa  92  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1964  hypothetical protein  52.17 
 
 		 203 aa  92.4  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1849  SMC domain protein  29.77 
 
 		 422 aa  89.4  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3030  SMC domain-containing protein  46.24 
 
 		 406 aa  89.4  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.726851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4982  hypothetical protein  35.71 
 
 		 464 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.577043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0004  ATP binding protein  53.16 
 
 		 454 aa  86.7  9e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6340  SMC domain protein  41.13 
 
 		 420 aa  85.1  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.815029  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0201  hypothetical protein  44.21 
 
 		 442 aa  84  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0853474 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5503  AAA ATPase  33.54 
 
 		 464 aa  83.6  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0328038  hitchhiker  0.00036536 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5461  AAA ATPase  43.88 
 
 		 769 aa  83.2  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.323053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3668  hypothetical protein  33.33 
 
 		 408 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.12244  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0397  ATPase  37.11 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3443  SMC domain-containing protein  47.95 
 
 		 709 aa  73.6  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0416993  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0023  AAA ATPase  30.67 
 
 		 736 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4173  AAA ATPase  37.84 
 
 		 415 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2940  hypothetical protein  41.98 
 
 		 410 aa  68.2  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7060  hypothetical protein  30.57 
 
 		 445 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2903  ATP-binding protein involved in virulence-like protein  23.19 
 
 		 453 aa  63.9  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.473037 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0743  hypothetical protein, putative phage gene  33.33 
 
 		 414 aa  62.8  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0641  AAA ATPase  35 
 
 		 418 aa  62  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.157065 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1497  ATP-dependent OLD family endonuclease  22.83 
 
 		 573 aa  62.4  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0928  SMC domain protein  40.86 
 
 		 577 aa  61.2  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.384804  normal  0.0676455 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1791  hypothetical protein  31.3 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1606  ATPase  24.61 
 
 		 368 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00139192 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0003  DNA replication and repair protein RecF  52.17 
 
 		 382 aa  53.9  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  50 
 
 		 357 aa  53.5  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  50 
 
 		 357 aa  53.9  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  50 
 
 		 357 aa  53.5  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  50 
 
 		 357 aa  53.9  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  38.81 
 
 		 362 aa  53.5  0.000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  50 
 
 		 357 aa  53.5  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  50 
 
 		 357 aa  53.1  0.000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0120  ATP-dependent OLD family endonuclease  36.17 
 
 		 429 aa  52.8  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1418  chromosome segregation protein SMC  30.48 
 
 		 1181 aa  51.2  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  50 
 
 		 359 aa  51.2  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3807  hypothetical protein  23.41 
 
 		 691 aa  51.2  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0465768  normal  0.185185 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  47.83 
 
 		 357 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  47.83 
 
 		 357 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  47.83 
 
 		 357 aa  50.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  47.83 
 
 		 357 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  47.83 
 
 		 357 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  47.83 
 
 		 357 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  47.83 
 
 		 357 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  47.83 
 
 		 357 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  47.83 
 
 		 357 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  50 
 
 		 361 aa  50.8  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1874  SMC domain protein  44.23 
 
 		 1021 aa  50.4  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  50 
 
 		 358 aa  50.8  0.00006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1874  hypothetical protein  40.74 
 
 		 703 aa  50.4  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.75491  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0545  ATP-dependent OLD family endonuclease  36.26 
 
 		 615 aa  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  47.83 
 
 		 361 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0676  hypothetical protein  44.68 
 
 		 712 aa  49.7  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54535 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1398  hypothetical protein  36.14 
 
 		 610 aa  50.1  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  47.83 
 
 		 361 aa  49.3  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  47.83 
 
 		 361 aa  49.3  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2343  SMC domain protein  34.09 
 
 		 912 aa  49.3  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  44.44 
 
 		 433 aa  49.3  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2124  chromosome segregation protein SMC  32.43 
 
 		 1191 aa  49.3  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00819579 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2076  chromosome segregation protein SMC  32.99 
 
 		 1217 aa  48.9  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.164859  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1302  ATP-dependent OLD family endonuclease  38.3 
 
 		 634 aa  48.5  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.314426  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  47.83 
 
 		 361 aa  49.3  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_52607  predicted protein  33.91 
 
 		 1232 aa  48.9  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09570  condensin subunit Smc  34.02 
 
 		 1199 aa  48.9  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.244608 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2356  chromosome segregation SMC protein  41.51 
 
 		 1173 aa  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0899656  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2531  hypothetical protein  34.29 
 
 		 608 aa  48.5  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.41472  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1159  chromosome segregation protein SMC  30.84 
 
 		 1203 aa  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  43.48 
 
 		 359 aa  47.8  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4025  chromosome segregation protein SMC  30.63 
 
 		 1188 aa  48.1  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115508  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2256  hypothetical protein  47.92 
 
 		 883 aa  48.1  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  43.48 
 
 		 357 aa  47.8  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3087  ATP-dependent OLD family endonuclease  31.63 
 
 		 605 aa  47.8  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.65 
 
 		 377 aa  47.8  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  47.83 
 
 		 361 aa  47.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  47.83 
 
 		 361 aa  47.4  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0801  SMC domain protein  35.85 
 
 		 564 aa  47.4  0.0006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.779455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  47.17 
 
 		 359 aa  47.4  0.0006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0748  SMC domain-containing protein  42.22 
 
 		 935 aa  47.4  0.0006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.874201  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  47.83 
 
 		 361 aa  47.4  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1462  chromosome segregation protein SMC  31.96 
 
 		 1186 aa  47  0.0007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0128703  normal  0.569809 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  45.65 
 
 		 373 aa  47  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1883  SMC protein-like protein  32.76 
 
 		 688 aa  47.4  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  43.48 
 
 		 356 aa  47  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1362  DNA replication and repair protein RecF  36.36 
 
 		 339 aa  47  0.0007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  30.89 
 
 		 364 aa  47  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5952  chromosome segregation protein SMC  32.99 
 
 		 1194 aa  47  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>