More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2680 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2680  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  100 
 
 		 676 aa  1394    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.558636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3359  N-6 DNA methylase  53.86 
 
 		 709 aa  748    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.270263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4253  N-6 DNA methylase  48.95 
 
 		 708 aa  629  1e-179  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0795  N-6 DNA methylase  47.87 
 
 		 673 aa  627  1e-178  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364287 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2604  N-6 DNA methylase  46.59 
 
 		 728 aa  623  1e-177  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.205723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0960  N-6 DNA methylase  47.72 
 
 		 670 aa  615  1e-175  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1792  N-6 DNA methylase  46.25 
 
 		 725 aa  618  1e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0174866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1016  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  46.24 
 
 		 680 aa  610  1e-173  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1155  N-6 DNA methylase  47.75 
 
 		 659 aa  608  9.999999999999999e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3935  N-6 DNA methylase  46.43 
 
 		 676 aa  603  1.0000000000000001e-171  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3984  N-6 DNA methylase  46 
 
 		 676 aa  601  1e-170  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.604067  normal  0.0238771 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0413  N-6 DNA methylase  45.59 
 
 		 661 aa  595  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.190573  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0234  N-6 DNA methylase  45.44 
 
 		 661 aa  587  1e-166  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  47.81 
 
 		 663 aa  582  1.0000000000000001e-165  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0684916  normal  0.490543 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0604  type I restriction-modification system, M subunit; N-6 adenine-specific DNA methylase  46.95 
 
 		 655 aa  579  1e-164  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0075  N-6 DNA methylase  43.82 
 
 		 658 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1550  N-6 DNA methylase  45.18 
 
 		 673 aa  568  1e-160  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.677514 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0488  N-6 DNA methylase  56.08 
 
 		 580 aa  556  1e-157  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.19026 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2608  N-6 DNA methylase  44.27 
 
 		 683 aa  554  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.648611  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2687  N-6 DNA methylase  44.07 
 
 		 661 aa  549  1e-155  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.965628  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1060  type I restriction-modification  52.16 
 
 		 675 aa  527  1e-148  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000030221  normal  0.0378969 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0751  N-6 DNA methylase  42.18 
 
 		 686 aa  521  1e-146  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.309292 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1857  N-6 DNA methylase  50.39 
 
 		 611 aa  512  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.618647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22800  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  43.05 
 
 		 644 aa  510  1e-143  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.386245 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1495  N-6 DNA methylase  43.11 
 
 		 661 aa  508  9.999999999999999e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.304059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1328  N-6 DNA methylase  47.13 
 
 		 806 aa  503  1e-141  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.909053  normal  0.133174 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4760  type I restriction-modification system DNA methylase  40.89 
 
 		 659 aa  502  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.362482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4473  N-6 DNA methylase  40.62 
 
 		 677 aa  489  1e-137  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.1025 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0276  N-6 DNA methylase  48.14 
 
 		 569 aa  479  1e-134  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1480  N-6 DNA methylase  45.99 
 
 		 777 aa  480  1e-134  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4916  N-6 DNA methylase  46.36 
 
 		 607 aa  470  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  0.660274 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4454  N-6 DNA methylase  40.53 
 
 		 675 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0195788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2868  type I restriction-modification system DNA methylase  39.91 
 
 		 675 aa  462  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0465984  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1861  type I restriction-modification system specificity subunit  40.42 
 
 		 710 aa  458  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19060  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  45.34 
 
 		 586 aa  434  1e-120  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0947092 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6258  N-6 DNA methylase  35.01 
 
 		 787 aa  435  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0192  N-6 DNA methylase  46.15 
 
 		 583 aa  431  1e-119  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.341004 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3442  N-6 DNA methylase  37.29 
 
 		 592 aa  423  1e-117  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  0.982345 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0776  type I restriction-modification system, M subunit  37.04 
 
 		 636 aa  417  9.999999999999999e-116  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0115537  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3570  N-6 DNA methylase  38.66 
 
 		 647 aa  409  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0263  N-6 DNA methylase  43.09 
 
 		 589 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1367  putative DNA methylase HsdM  35.38 
 
 		 793 aa  408  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003234  type I restriction-modification system DNA-methyltransferase subunit M  35.74 
 
 		 794 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0641  N-6 DNA methylase  42.11 
 
 		 587 aa  397  1e-109  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2941  restriction/modification methyltransferase  40.49 
 
 		 783 aa  385  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1517  N-6 DNA methylase  34.24 
 
 		 691 aa  379  1e-104  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.140297 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2177  N-6 DNA methylase  42.03 
 
 		 793 aa  375  1e-102  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0278  type I restriction-modification system, M subunit  43.23 
 
 		 790 aa  370  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0657  N-6 DNA methylase  33.93 
 
 		 725 aa  370  1e-101  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2269  type I restriction-modification system DNA methylase  41.52 
 
 		 763 aa  354  4e-96  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1782  N-6 DNA methylase  40.37 
 
 		 829 aa  352  1e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.368234 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2201  N-6 DNA methylase  38.93 
 
 		 778 aa  348  2e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0841  hypothetical protein  40.08 
 
 		 608 aa  340  4e-92  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.0027333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2227  N-6 DNA methylase  48.28 
 
 		 371 aa  329  8e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  36.99 
 
 		 799 aa  327  5e-88  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1222  N-6 DNA methylase  41.31 
 
 		 552 aa  306  8.000000000000001e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2256  N-6 DNA methylase  48.43 
 
 		 316 aa  274  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0633793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1365  N-6 DNA methylase  29.6 
 
 		 697 aa  192  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.518057  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  28.66 
 
 		 574 aa  167  6.9999999999999995e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  28.44 
 
 		 574 aa  162  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  29.95 
 
 		 587 aa  160  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  26.92 
 
 		 574 aa  157  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3989  N-6 DNA methylase  52.05 
 
 		 356 aa  157  8e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  26.85 
 
 		 633 aa  152  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  31.66 
 
 		 585 aa  150  6e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  25.61 
 
 		 510 aa  149  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  28.03 
 
 		 822 aa  147  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  26.77 
 
 		 503 aa  145  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  28.81 
 
 		 523 aa  145  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  28.81 
 
 		 508 aa  144  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  26.96 
 
 		 497 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  27.17 
 
 		 498 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  25.05 
 
 		 505 aa  139  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  27.07 
 
 		 505 aa  138  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1102  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  26.21 
 
 		 548 aa  137  5e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.358797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  26.73 
 
 		 510 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  28.54 
 
 		 499 aa  137  9e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  26.1 
 
 		 499 aa  136  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  26.24 
 
 		 522 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0034  N-6 DNA methylase  25.86 
 
 		 544 aa  135  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966218 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  26.33 
 
 		 504 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  27.02 
 
 		 496 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3758  N-6 DNA methylase  26.76 
 
 		 511 aa  134  6e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.921564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  26.17 
 
 		 511 aa  134  6.999999999999999e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27.1 
 
 		 508 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  30.15 
 
 		 493 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1096  N-6 DNA methylase  27.42 
 
 		 543 aa  132  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  23.21 
 
 		 526 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  26.53 
 
 		 498 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2793  type I restriction-modification system, M subunit  29.48 
 
 		 525 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2418  N-6 DNA methylase  29.48 
 
 		 525 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.572428  normal  0.0719197 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0019  N-6 DNA methylase  25.64 
 
 		 501 aa  130  8.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00151011 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0697  N-6 DNA methylase  27.06 
 
 		 530 aa  130  8.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1594  N-6 DNA methylase  27.06 
 
 		 530 aa  130  8.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.153041  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4931  type I restriction-modification system, M subunit  26.82 
 
 		 539 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.748503  normal  0.593383 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  26.14 
 
 		 496 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  26.02 
 
 		 505 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  26.15 
 
 		 527 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0039  N-6 DNA methylase  25.76 
 
 		 501 aa  128  3e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.250679  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  27.63 
 
 		 499 aa  129  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>